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病毒组揭示牡蛎体内的新型RNA病毒

https://doi.org/10.1002/imt2.65

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●  2022年11月8日，中国水产科学研究院南海水产研究所姜敬哲团队和中山大学医学院施莽团队等在iMeta在线发表了题为“Novel RNA viruses in oysters revealed by virome”的文章。

●  本研究发现了sobemo-like viruses和Weiviruses之间重组的证据以及两种在牡蛎样本中高丰度且广泛存在的picobirnavirus。

●  第一作者：朱鹏

●  通讯作者：施莽（shim23@mail.sysu.edu.cn）；姜敬哲（jingzhejiang@gmail.com）

●  合作作者：刘广锋、刘畅、杨李玲、刘敏、谢科明、时少坤

●  主要单位：中国水产科学研究院南海水产研究所、上海海洋大学海洋生态与环境学院、中山大学医学院、壹健生物科技（苏州）有限公司、广东药科大学生命科学与生物制药学院、深圳市渔业发展研究中心

亮   点

●在香港牡蛎中发现了18种新型RNA病毒

● 系统发育分析显示病毒主要基因重组的证据

● Picobirnaviruses在牡蛎中无处不在且含量丰富

摘   要

牡蛎是近岸海洋生态环境的基石物种，是世界上产量最高的海水养殖品种，为人们提供了大量的优质蛋白。然而牡蛎相关病毒研究数据匮乏，相关病原鉴定工作进展缓慢，日益严峻的牡蛎病害问题正严重威胁着牡蛎养殖业的健康发展。本研究基于前期获得的牡蛎病毒组数据（DOV），对其中的18条接近全长的RNA病毒基因组进行了深入分析。研究发现它们分属于5个病毒科或目（Sobelivirales, Picornavirales, Leviviridae, Durnavirales, and Yanvirus）。其中17株病毒与已知病毒有较大差异，蛋白质相似性仅为30%-70%，是新的病毒类群。我们进一步发现了sobemo-like viruses和Weiviruses之间重组的证据以及两种在牡蛎样本中高丰度且广泛存在的picobirnavirus。

视频解读

Bilibili：https://www.bilibili.com/video/BV1b8411J74k/

Youtube：https://youtu.be/Y2Z4BcMucjc

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全文解读

引  言

牡蛎隶属于软体动物门（Mollusca）、双壳纲（Bivalvia）、珍珠贝目（Pterioida），为全球性分布的贝类生物。牡蛎是人类可利用的重要海洋生物资源之一，牡蛎的营养价值高，是世界第一大养殖贝类。据FAO 2019年数据，我国牡蛎年产量达到82,593,752吨，是世界最大的牡蛎生产国，占世界总产量的85.3%。作为潮间带广泛分布的固着性贝类，以集群生活的牡蛎（即牡蛎礁）为近岸海洋环境提供了稳定而持久地保护，如降低水体混浊度、提供生态栖息地和防止海岸带侵蚀等。值得注意的是，作为滤食性贝类，牡蛎每小时可以通过鳃滤过高达5 L的海水，并浓缩一千到十万倍浓度的悬浮颗粒物，从而使得病毒等微生物易于在牡蛎体内富集，但是牡蛎没有获得性免疫系统，这或许为病毒在牡蛎间储存和传播提供了便利。

1972年Farley等在美国首次从无脊椎动物中发现疱疹类病毒感染病例，证明在高温条件下疱疹病毒会引起牡蛎死亡，并将其命名为1型牡蛎疱疹病毒（Ostreid Herpesvirus-1，OsHV-1）。被感染贝苗及幼贝的死亡率超过90%，对产业危害严重。除OsHV-1，其它报道过的与牡蛎相关的病毒还包括：乳多空病毒科（Papovaviridae）病毒，可能导致牡蛎“卵囊炎”，引起卵子和配子细胞肥大；虹彩病毒科的鳃坏死病毒（Gill Necrosis Virus ，GNV）可能是导致20世纪60年代后期葡萄牙牡蛎（Crassostrea angulata）种群大规模死亡的主要原因；另外，披膜病毒（Togaviridae）、呼肠孤病毒（Reoviridae）和小RNA病毒（Picornavridae）在贝类宿主中也有报道，但这些病毒研究多只停留于病理和电镜观察水平，没有深入的报道。如果牡蛎养殖水域受到人类活动影响，牡蛎体内可能还会富集诸如：诺如病毒（Norovirus，NV）、甲型肝炎病毒（Hepatitis A Virus，HAV）和星状病毒（Astrovirus，AV）等人类相关病毒，但这些病毒并不是牡蛎的病原。目前牡蛎相关病毒的研究进展非常缓慢，着力开展牡蛎病毒的相关研究工作是进行养殖牡蛎病害防控、海洋微生态健康评价和生物安全风险评估的重要前提。

随着高通量测序技术的发展，病毒组和宏转录组等方法克服了传统病毒学研究对宿主细胞培养的依赖，极大地提高了无脊椎动物新病毒的发现和鉴定效率。例如，施莽等（2016）通过对9个动物门的220多种无脊椎动物进行宏转录组分析，发现了1445种具有完整基因组的新型RNA病毒，这极大地提升了人们对RNA病毒的了解。Rosani等从长牡蛎和贻贝寄主转录组数据中获得了7个完整的RNA病毒基因组，并归类为小核病毒目（Picornavirales）；其中6个是新病毒。对腹足纲的加利福尼亚海兔（Aplysia Calfornica）和青蛙（Microhyla Fisipe）的细胞内RNA文库进行了测序，发现了两种新的Nidovirales病毒的完整基因组。一项对健康海星和受感染海星的对比研究发现了一种疑似细小病毒科的病原体，并证实它也广泛存在于浮游生物和海洋沉积物中。崔杰等在横跨三个海洋的58种无脊椎动物物种中发现了117种包含RdRp基因的RNA病毒的基因组片段，这些病毒被分布在9个病毒科或目。

DOV是由项目团队于2022年报道的牡蛎病毒组数据集（Dataset of Oyster Virome）。DOV中包含728,784个重叠群（≥ 800 bp VOTU）和3473个高质量的病毒基因组，首次全面描述了牡蛎病毒群落结构。其中，DOV中发现的4958个与RNA病毒相关的vOTU特别值得关注。本研究进一步分析了DOV中与RNA病毒相关的18个接近完整的新型病毒基因组，研究结果为牡蛎相关病毒研究和病原鉴定提供了重要的参考依据。

结   果

在牡蛎中发现了18个新颖的RNA病毒

我们使用了之前从DOV获得的18个RNA病毒序列进行深入分析。由于这18个RNA病毒的序列差异很大，无法将它们的RdRP做统一的对齐、比对，因此不能直接构建统一和可靠的系统发育树。因此，我们根据编码的RdRp和衣壳蛋白氨基酸序列的相似性构建了一个聚类网络。18个牡蛎相关RNA病毒和NR数据库中相关病毒的RdRp蛋白序列大致聚为5个集群（图1A），这意味着它们分属于5个科或目，即Sobelivirales、Picornevirales、Leviviridae、Durnevirales和Yanvirus（表S1）。而18个基因组中只有10个注释到了衣壳蛋白，它们被分成三组（图1B，表S1），即Sobelivirales-Weivirus, Picornavirales和Leviviridae。

图 1. 在牡蛎中发现的新颖RNA病毒的多样性

（A）147个RdRp蛋白序列的聚类网。（B）99个衣壳蛋白蛋白序列的聚集网

RNA病毒间基因交换的证据

类南方菜豆花叶病毒目（Sobelivirales）是一类与植物或无脊椎动物相关的、基因组在4-4.6 kb、不分节段的（+）ssRNA病毒。我们在牡蛎中发现了两种Sobelivirales的相关病毒（图1和图2）。其中Huangsha sobemo-like virus HSd1-611299与Superphylum Lophotrochozoa的混合样品中发现的Beihai sobemo-like virus 6（YP_00933713）亲缘关系最近，RdRp的AAI 达到了93.11%，且衣壳蛋白也处于同一个分支上（图2B），但AAI略低，为89.23%。因此我们认为该两株病毒为同一种的不同毒株。Tanwei sobemo-like virus TWr1-33874 与从节肢动物门中发现的Beihai sobemo-like virus 7聚在一起，但是AAI小于30%。与节肢动物以植物为食类似，滤食性双壳贝类同样可以以水生植物或藻类为食。Sobemoviruses曾被认为是植物特异性的病毒，但在节肢动物和软体动物中发现这种病毒，为该病毒在不同的营养级的宿主间穿梭提供了依据。

魏病毒（Weivirus）是从无脊椎动物中分离出来的+ve/dsRNA病毒。然而我们对Huangsha sobemo-like virus HSd1-611299的衣壳蛋白进行分析时发现（图7），Huangsha sobemo-like virus HSd1-611299，Beihai sobemo-like 6，Beihai sobemo-like 8，Beihai sobemo-like 10的衣壳蛋白跟一些Weivirus的衣壳蛋白意外地聚在一起（图2B），而用RdRp蛋白序列构建的系统发育树则不包含任何Weivirus（图2A）。这一发现表明，sobemo-like viruses和Weivirus的衣壳蛋白基因可能有共同的起源，暗示着这两个病毒家族成员间曾经发生了基因的重组。然而，这种食物来源的植物病毒与宿主动物病毒间的重组是否具有普遍性，还值得进一步的深入论证。

图2. 系统发育分析显示了主要病毒蛋白之间重组的证据

牡蛎相关Sobelivirales的RdRp（A）和衣壳蛋白（B）的系统发育树。

微小核糖核酸病毒目（Picornavirales）是近海水域中含量最高的（+）ssRNA病毒。在我们的研究中共有6株病毒归属为Picornavirales，其中Oyster picorna-like virus T8S1-348502与Heterosigma Akashiwo（一种海洋藻类）来源的RNA病毒（NP_944776）亲缘关系较近；Oyster picorna-like virus ZHr1-40939和Oyster picorna-like virus VIs1-51363分别与多种无脊椎动物混合样品中发现的Wenzhou picorna-like virus 5（YP_009337362）和Beihai picorna-like virus 31（APG78919）的亲缘关系最近；Oyster picorna-like virus SZr1-211549与已发现病毒的亲缘关系均较远；Oyster picorna-like virus VIs1-91049与来源于节肢动物门螯肢亚门的Beihai picorna-like virus 29（YP_009337362）的亲缘关系最近；Oyster picorna-like virus TWr1-22141与来源于节肢动物门甲壳纲的Wenzhou picorna-like virus 10（APG785830）的亲缘关系最近。但是上述6株属于Picornavirales的病毒与已发现的Picornavirales未分类的病毒的RdRp的平均氨基酸相似性均 < 90%，所以我们认为它们均为新发现的病毒。

当比较Picornavirales的RdRp和衣壳蛋白系统发生树的拓扑结构时（图3），虽然没有发现主要分支之间存在重组，但我们仍然观察到一些小分支之间的基因交换（图3，黄线）。与Picornavirales不同的是，作为RNA噬菌体的Leviviridae即使在其系统发育树的小分支之间也没有发现这种重组（图S1）。

图3. 牡蛎中发现的微小核糖核酸病毒的RdRp和衣壳系统发生树之间的拓扑结构比较

根据RdRp（A）和衣壳蛋白（B）的蛋白序列，使用Iqtree构建系统发育树。

光滑噬菌体科（Leviviridae）是一类可以感染多种革兰氏阴性细菌的（+）ssRNA噬菌体，所有Leviviridae都具有相同的核心基因组，跨越 3.4-4.3 kb，编码成熟蛋白、外壳蛋白和 RdRp的一个亚基（RNA_replicase_B superfamily，cl27276）。我们共发现3株病毒属于Leviviridae噬菌体，均注释到了上述3种蛋白。其中在广东发现的Taishan levi-like virus T4S1-79710和Huangsha levi-like virus HSd1-59787分别与在广西北海发现的Beihai levi-like virus 28（APG7701）和在湖北发现的Hubei Levi-like virus 4（APG77248）亲缘关系较近，但是RdRp的AAI仅有61.49%和44.07%。有趣的是，在广东台山的香港牡蛎中发现Taishan levi-like virus T4S1-672536与广西北海的甲壳亚门中发现的Beihai levi-like virus 17（APG77031）亲缘关系很近，共享96.04%的蛋白RdRp序列同一性（图 3），通过衣壳蛋白进化树分析（附图 2），它们两个的衣壳蛋白的也聚在一起，AAI达到了97.61%。因为RdRp跟衣壳蛋白的AAI均大于95%，所以我们认为这两株病毒为同一种病毒的不同毒株。同种噬菌体在两个不同区域和宿主中被发现，说明了这种噬菌体可能具有较强的生态适应性和广泛的分布。

Picobirnaviruses在牡蛎中广泛存在且数量丰富

双RNA病毒目（Durnavirales）是一类以dsRNA为基因组的、既可以感染脊椎动物也可以感染无脊椎动物的病毒类群。本研究中我们发现6株RNA病毒跟未分类的小双节RNA病毒科（Picobirnaviridae）的病毒聚集在一个分支（附图3）。进一步结合基因组特征分析发现，它们均含有保守结构域RT_like superfamily（cl02808），但是它们ORF的个数不同（1-4个）。其中，Oyster-associated RNA virus ZHd1-112402， Oyster picobirna-like virus SZr1-72709及Oyster picobirna-like virus YJd1-298692与亲缘关系最近的RdRp的AAI均小于60%。Oyster picobirna-like virus ZHr1-41827，Oyster picobirna-like virus YJr1-11446与Oyster picobirna-like virus YJr1-2332在nr数据库中没有比对到亲缘关系近的序列，而Oyster picobirna-like virus YJr1-11446与Oyster picobirna-like virus  YJr1-2332之间的RdRp的AAI也小于90%。因此，本研究发现的6株picobirnaviridae的病毒属于6种新发现的病毒。

我们计算了18条RNA病毒在全部54个DOV文库中的丰度（表S2），发现多数病毒丰度较低，并且只在少数文库中有检出。值得关注的是，在24个文库中均发现了高丰度的oyster-associated RNA virus ZHd1-112402，最高FPKM值为11132.95。在13个文库中均发现了Oyster picobirna-like virus YJd1-298692，最高FPKM值为3124.75（表S2）。上述结果说明picobirnavirus可能是牡蛎体内的重要成员，至于其是作为共生病毒还是致病性病原值得进一步的深入研究。

燕病毒（Yanvirus）是一类（+）ss/dsRNA病毒。在本研究中发现了一株与Wenzhou yanvirus-like virus 2亲缘关系较近的病毒 Oyster yanvirus-like virus SZr1-117762（图S4A），但是两者RdRp蛋白的平均相似性仅有68.57%。Wenzhou yanvirus-like virus 2来源于多种无脊椎动物的混合样品，包括双壳纲、腹足纲、头足纲等共7个类群组成，与Oyster yanvirus-like virus SZr1-117762来源的牡蛎样品相近。虽然我们通过CDD并没有预测到Oyster yanvirus-like virus SZr1-117762的RdRp结构域，但是蛋白序列比对结果显示，在RdRp保守结构域区段有较高的一致性（图S4B），说明其具备了非典型的RdRp结构域。

讨  论

病毒是海洋中最丰富的生命体，以贝类为代表的软体动物门是海洋中最大的动物类群。但是人们对于二者的交叉领域——贝类病毒的了解却十分有限。宏病毒组学方法已经在众多生物和环境样品中得到了广泛的应用，突显了高通量测序技术在发现新病毒方面的巨大潜力。在这项研究中，我们使用宏病毒组技术鉴定了香港牡蛎中发现的新型RNA病毒，其中17种新发现的RNA病毒显示出与他们最接近的病毒仅有30%-70%的相似性（表S1），彰显了海洋贝类体内RNA病毒的丰富多样性。然而，当前对于新病毒基因组的分类鉴定还有两个关键技术环节需要解决。一方面，由于我们对病毒的识别主要依赖于相似性的搜索，因此这或许制约了我们发现、鉴定差异更大的或者从来未被发现过的病毒类群。另一方面，对RNA病毒的分类通常是根据保守性较高的RdRp蛋白序列来进行。然而，我们在研究中发现RdRp基因与衣壳蛋白基因之间具有不同步的进化模式（图1），加之不同病毒类群间频繁发生的基因交流（图2和图3），因此用单个基因，如RdRp，来推断RNA病毒的进化史是有局限的。

同一科或种的病毒可以同时感染不同门甚至不同界的物种，我们将这种现象称为宿主共享和转换。研究宿主转换和共享事件，有利于我们对发现潜在人畜共患病毒和防疫新发疫病的发生等具有重要意义，如在爬行动物、两栖动物、鱼类体内分离到的Ranaviruses（family Iridoviridae）以及新型冠病毒（SARS-CoV-2）的跨物种传播。结合基因组系统发育树来看，本研究也得到一些病毒可能具有宿主共享的线索：例如（1）sobemo-like病毒分别在节肢动物门和软体动物门中以及植物中均有发现；（2）Oyster picorna-like virus T8S1-348502与藻类RNA病毒（NP_944776）聚在一起。

当前，已有多个研究团队从牡蛎样本中鉴定到了多种类型的病毒。Rosani 等从 C. gigas 和 C. corteziensis 的公开转录组数据中组装了 26 个新的几乎完整的 RNA 病毒基因组，主要包括Dicistroviridae、Picornavirales、herpes-like viral family以及感染藻类的病毒Heterosigma akashiwo RNA virus和Chaetoceros socialism f. radians RNA virus 1。Zhang等报告了4个来源于牡蛎（C. gigas）样本的RNA病毒基因组片段。施莽等从混合的双壳类样本（包括2种牡蛎物种C. hongkongensis 和 C. ariakensis）中鉴定出33个新型RNA病毒，分属于Narnaviridae（nara-like）、Yanvirus（yanvirus-like）、Weivirus（weivirus-like）、Totiviridae（toti-like）、Tombusviridae（tombus-like）、Picornavirales（picorna-like）以及Nodaviridae（noda-like）。此外，从日本珍珠牡蛎（Pictada fucata）中分离出一种导致大规模死亡的病毒，命名为“Marine birnavirus”（MABV）。在阿拉斯加采集的象拔蚌（Panope abrupta）和小颈幼贝（Protothaca stempea）中发现了aquabirnaviruses。本研究所发现的RNA病毒虽在大类上与上述成果有较多吻合，但就具体物种上仅有一条与上述发现病毒的RdRp与衣壳蛋白的AAI相似性较高（均大于90%），其他病毒均与已发现的病毒具有较大的差异性。另外，我们在牡蛎中还发现了两个从未被发现过的病毒类型：Sobelivirales（sobemo-like）和Leviviridae。另外，在我们前期对DOV数据的挖掘发现，牡蛎体内还存在大量的、未分类的圆环病毒（Ciroviridae）。

牡蛎体内病毒的来源及其独特性也是值得关注的问题。例如，Picornavirus作为近岸水域中最丰富的RNA病毒，也在海水鱼和虾中被频繁检出；Zhang等在腹足类和甲壳类动物中也发现了Duranvirales和Sobemo-like viruses；应用PCR方法可在贝类（包括牡蛎）和海水中检测到白斑综合症病毒、病毒性神经坏死病毒、Marine birnavirus和病毒性出血性败血症病毒等。因为它们的滤食方式、低水平的免疫防御机制和高密度的固着生活方式，牡蛎可以被视为海洋病毒的储存库和媒介。虽然许多研究表明牡蛎中的微生物区系主要受外界环境的干扰和影响，但它与环境有很大的不同。说明牡蛎对其体内微生物群落具有选择性作用。基于对DOV数据的分析及本研究的结果，我们可以肯定牡蛎具有非常丰富、多样且独特的病毒类群，这些病毒与迄今为止在海水中或海洋无脊椎动物中发现的病毒有很大不同。深入研究牡蛎等双壳类病毒的多样性及其组成，将有助于理解它们在海岸微生物区系调节、疾病传播以及海岸生态系统保护和恢复中的作用。

方  法

序列组装与病毒鉴定 课题组前期工作通过对中国华南沿海多地养殖牡蛎进行宏病毒组测序，得到约25亿条测序原始序列（reads）。对测序数据进行Fastp质控去除低质量和接头序列，用Megahit将reads组装成重叠群（contig）片段，以NCBI非冗余蛋白质数据库为参考，用Diamond（进行比对注释，并用Megan6进一步对注释结果进行分类，筛选其中18条基因组完整的、疑似为RNA病毒的病毒序列进一步分析。

ORF预测及注释 基于cenote-taker2对基因组进行ORF预测，并将预测得到的ORF进行Blastp比对，其中数据库选择nr数据库，E值为10-5，取一致性最高的蛋白序列用Blastn反向比对本研究中的病毒基因组序列，以验证ORF的预测是否完整。同时使用CDD（NCBI）预测保守结构域，并使用Snapgene画出基因组图谱。

网络图聚类分析和进化树构建  基于Blastp比对得到的结果，分别取其总得分值前十的序列，使用Diamond比对，并使用Gephi根据Score值构建网络图。使用MAFFT进行多序列比对，并使用trimal进一步修建去除对其不明确的区域，利用IQtree构建最大似然树，设置MODEL-FINDER为 MFP ，Replicates for ultrafast bootstrap为1000，使用iTOL（https://itol.embl.de）进行可视化。

病毒相对丰度分析 首先合并18条病毒基因组序列用salmon index命令生成参考基因组数据集，然后再利用salmon quant命令将全部牡蛎病毒组文库的clean reads逐一映射（mapping）到参考基因组上，统计映射上的reads数，根据调整后的FPKM（Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments）计算公式计算各病毒的相对丰度值。

FPKM=（Genome reads）/（Total reads×Genome length）

代码和数据可用性：

支持本文结果的数据集已保存在基因组序列档案库中，注册代码为PRJCA007058（https://ngdc.cncb.ac.cn/search/?dbId=&q=PRJCA007058），所有RNA病毒基因序列已保存在国家基因组数据中心基因组库中：GWHBJCN01000000, GWHBJCM01000000, GWHBJCK01000000, GWHBJCJ01000000, GWHBJCI01000000, GWHBJCH01000000, GWHBJCG01000000, GWHBJCF01000000, GWHBJCE01000000, GWHBJCD01000000, GWHBJCC01000000, GWHBJCB01000000, GWHBJCA01000000, GWHBJBZ01000000, GWHBJBX01000000, GWHBJBW01000000, GWHBJBV01000000, GWHBJBT01000000，可在https://bigd.big.ac.cn/gwh.公开访问。补充材料（图、表、脚本、图形摘要、幻灯片、视频、中文译本和更新材料）可在在线DOI或iMeta Science http://www.imeta.science/中找到。

引文格式：

Zhu, P., Liu, G.-F., Liu, C., Yang, L.-L., Liu, M., Xie, K.-M., Shi, S.-K., Shi, M. and Jiang, J.-Z. (2022), Novel RNA viruses in oysters revealed by virome. iMeta, 1: e65. https://doi.org/10.1002/imt2.65

作者简介

朱鹏（第一作者）

●  上海海洋大学与中国水产科学研究院南海水产研究所联合培养硕士

●  目前研究方向为水生动物病毒

姜敬哲（通讯作者）

● 中国水产科学研究院南海水产研究所研究员

● 中国水产科学研究院“贝类病害与生态防控创新团队”首席专家（PI），广东省环境功能基因芯片工程技术研究中心主任，广东省“特支计划”科技创新青年拔尖人才（2014）。研究方向包括：（1）创新、升级病毒（组）学研究方法和工具，发现、鉴定新型海洋病毒和潜在疫病病原；（2）运用微生物生态学、分子诊断和培养组学等研究理论和方法，进行病害预警、养殖健康调控、噬菌体制剂等方面的应用开发。 主持包括国家自然科学基金等各类项目总经费超过1000万元，在Microbiome、Plos Pathogens、Briefs in Bioinformatics、Aquaculture等期刊发表学术论文50余篇，获国家发明专利授权十余项，成果转化2项，获得海南省科技进步一等奖1项、广东省科技进步二等奖1项

施莽（通讯作者）

● 中山大学医学院教授

● 国家海外高层次人才计划青年项目获得者，广东省珠江学者，深圳市国家级领军人才获得者。硕士毕业于香港大学，博士毕业于悉尼大学， 后留校成为讲师，2019年加盟中山大学担任教授。主要开展病原基因组学，新病原发现，以及病原体和宿主之间的相互作用的课题，并且致力于将最前沿的高通量测序技术和生物信息学方法运用于病原体的研究，在组学病原学和信息病原学等前沿学科领域做出了许多开创性的工作。施莽教授的学术成果先后在Nature、Cell、Nature Microbiology、Microbiome、PNAS等主流国际权威学术期刊上发表，共计120篇SCI论文，总引用率达12856次

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“iMeta” 是由威立、肠菌分会和本领域数百位华人科学家合作出版的开放获取期刊，主编由中科院微生物所刘双江研究员和荷兰格罗宁根大学傅静远教授担任。目的是发表原创研究、方法和综述以促进宏基因组学、微生物组和生物信息学发展。目标是发表前10%(IF > 15)的高影响力论文。期刊特色包括视频投稿、可重复分析、图片打磨、青年编委、前3年免出版费、50万用户的社交媒体宣传等。2022年2月正式创刊发行！

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