详解Linux 下 Aspera 获取 SRA 数据
1. 下载
官网下载:http://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list
csdn下载:https://download.csdn.net/download/u011262253/10402259
2. 安装
$ tar -zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz
$ ./aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh
$ sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin/
3. 使用
3.1 下载地址
NCBI的FTP下载链接:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra
EBI的aspera下载链接era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/ERA012/ERA012008/sff/library08_GJ6U61T06.sff
NCBI的aspera下载链接:anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra
通过观察可以发现只需要把ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov
换为era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:
或anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:
3.2 输入命令
$ ~/.aspera/connect/bin/ascp -k 1 -QT -l 100M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -T anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra .
命令 | 含义 |
---|---|
~/.aspera/connect/bin/ascp | aspera的可执行文件 |
-k 1 | 断点续传 |
-QT 100M | 提高下载速度 |
-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh | 密钥文件路径 |
-T anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra | 下载路径 |
. | 表示当前目录 |
需要注意的是命令末尾的
.
密钥文件:终端执行使用~/asperaweb_id_dsa.putty,ssh终端执行使用asperaweb_id_dsa.openssh
3.3 批量下载
$ ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty --mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp --file-list aspera_download.txt
4. 问题
错误 |
Server unable to hear from client (check UDP port and firewall) Client unable to connect to server (check UDP port and firewall) |
---|---|
原因 |
aspera 需要的端口33001 被防火墙禁止
|
解决 |
# iptables -I INPUT -p udp --dport 33001 -j ACCEPT # iptables -I OUTPUT -p udp --dport 33001 -j ACCEPT
|
错误 | Session Stop (Error: Server aborted session: Client requests stronger encryption than server allows) |
---|---|
原因 | 使用ssh登录服务器,密钥文件错误 |
解决 | 秘钥文件改成asperaweb_id_dsa.openssh |
https://www.plob.org/article/3013.html
https://www.plob.org/article/7338.html
https://support.asperasoft.com/hc/en-us/articles/216125578-Resuming-file-transfers-with-ascp
https://blog.csdn.net/jiangpeng59/article/details/72902218
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