R语言和医学统计学(11):球形检验
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文章目录
- 前言
- 球对称检验
- 使用课本**表12-3**的数据
- 使用课本**例12-3**的数据
前言
这是R语言和医学统计学的第11篇内容。
主要是用R语言复现课本中的例子。我使用的课本是孙振球主编的《医学统计学》第4版,封面如下:
球对称检验
今天就解决1个问题!
如何使用R语言进行球形检验?
球形检验是非常重要的内容,在进行重复测量方差分析之前,都应该先进行球形假设检验!
R语言作为专为统计而生的语言,球形检验的函数就内置在stats
包中,就是mauchly.test()
,但是用法却和其他常见统计检验函数很不一样。
下面我将会为大家讲解如何使用R语言进行球形检验!
使用课本表12-3的数据
这是一个只有1组的!
读取数据:
df <- foreign::read.spss("E:/各科资料/医学统计学/研究生课程/析因设计重复测量/9重复测量18-9研/表12-3重复测量ANOVA.sav",to.data.frame = T, reencode = "utf-8")
## re-encoding from utf-8str(df)
## 'data.frame': 8 obs. of 4 variables:
## $ t0 : num 5.32 5.32 5.94 5.49 5.71 6.27 5.88 5.32
## $ t45 : num 5.32 5.26 5.88 5.43 5.49 6.27 5.77 5.15
## $ t90 : num 4.98 4.93 5.43 5.32 5.43 5.66 5.43 5.04
## $ t135: num 4.65 4.7 5.04 5.04 4.93 5.26 4.93 4.48
## - attr(*, "variable.labels")= Named chr(0)
## ..- attr(*, "names")= chr(0)
## - attr(*, "codepage")= int 936
数据一共4列,就是4个时间点的血糖值。
首先将数据变为矩阵:
df <- as.matrix(df)
然后进行球对称检验(球形检验):
mauchly.test(lm(df ~ 1), X = ~ 1)
##
## Mauchly's test of sphericity
## Contrasts orthogonal to
## ~1
##
##
## data: SSD matrix from lm(formula = df ~ 1)
## W = 0.06273, p-value = 0.008207
结果就有了,就是这么简单直接,网上很多资料都是直接复制粘贴帮助文档里的内容,非常费脑子!
使用课本例12-3的数据
这个数据有2组!
直接读取:
df1 <- foreign::read.spss("E:/各科资料/医学统计学/研究生课程/析因设计重复测量/9重复测量18-9研/例12-03.sav",to.data.frame = T)str(df1)
## 'data.frame': 15 obs. of 7 variables:
## $ No : num 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
## $ group: Factor w/ 3 levels "A","B","C": 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 ...
## $ t0 : num 120 118 119 121 127 121 122 128 117 118 ...
## $ t1 : num 108 109 112 112 121 120 121 129 115 114 ...
## $ t2 : num 112 115 119 119 127 118 119 126 111 116 ...
## $ t3 : num 120 126 124 126 133 131 129 135 123 123 ...
## $ t4 : num 117 123 118 120 126 137 133 142 131 133 ...
## - attr(*, "variable.labels")= Named chr [1:7] "序号" "组别" "" "" ...
## ..- attr(*, "names")= chr [1:7] "No" "group" "t0" "t1" ...
数据一共7列,第1列是患者编号,第2列是诱导方法(3种),第3-7列是5个时间点的血压。
首先将数据变为矩阵,转换数据格式:
df2 <- as.matrix(cbind(df1[1:5,3:7], df1[6:10,3:7], df1[11:15,3:7]))
把测量点和分组单独建立,注意要和上面的顺序一致:
times = ordered(rep(1:5,3))
group = factor(rep(c("A","B","C"),each = 5))
然后进行球对称检验(球形检验):
mauchly.test(lm(df2 ~ 1), M = ~ group + times, X = ~ times)
##
## Mauchly's test of sphericity
## Contrasts orthogonal to
## ~times
##
## Contrasts spanned by
## ~group + times
##
##
## data: SSD matrix from lm(formula = df2 ~ 1)
## W = 0.427, p-value = 0.279
真的是有点费事儿!
以后会介绍一种更为简单的方法,在进行重复测量方差分析时会自动进行球形检验!
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