（一）转录组学与蛋白组学联合分析

1.1 简介

转录组是特定发育阶段或生理条件下细胞内的完整转录信息的集合，代表了基因表达的中间状态。转录组测序可以对所有转录物进行分类、确定基因的转录结构、量化转录物的表达水平。其含量的变化在生物体的生长、环境应激、疾病发生发展等过程中发挥着重要的作用。且从DNA、mRNA到蛋白质的过程中涉及到一整套精细的表达调控机制，如转录调控、转录后调控、翻译调控、翻译后调控等。因此，要全面探究毒液的组成，致病机理，生物学活性和药理作用，同步检测mRNA和蛋白质的表达量并进行联合分析已成为当前研究的必然趋势。

1.2 解决的问题

通过蛋白组和转录组的联合分析，可以：

·实现mRNA和蛋白质的互补和整合，对生物体特定状态下的应激机理进行全方位分析。

· 通过分析同一基因转录水平和翻译水平的变化，挖掘关键基因表达调控机制，全面阐释生物基因表达调控机制。

·针对蛋白数据库不全的物种，利用转录组数据看构建的蛋白质库，可提高蛋白鉴定数目与质量。

1.3 方法流程

（二）脂质组学与蛋白组学联合分析

2.1 简介

脂质组学是代谢组学的一个重要分支，是对生物体（如有毒物种）、组织或细胞中的脂质以及与其相互作用的分子进行全面系统的分析、鉴定，了解脂质的结构和功能，进而揭示脂质代谢与生命活动的关系的科学。蛋白质组学是从整体水平上分析一个生物体、组织或细胞中的蛋白质组成及其活动规律的科学。

蛋白质组学和脂质组学整合分析，是指对来自蛋白质组和脂质组的批量数据进行归一化处理及统计学分析，建立不同层次分子间数据关系。同时结合功能分析、代谢通路富集、分子互作等生物功能分析，系统全面地解析生物分子功能和调控机制，最终实现对生物变化大趋势与方向的综合了解，进而提出分子生物学变化机制模型，并筛选出重点代谢通路或者基因、代谢产物进行后续深入实验分析与应用。对有毒物种或者其分泌的毒液进行分析，可以为毒液的多样性、进化生物学和药理学研究提供新的研究视角。

2.2 解决的问题

通过对不同层面的表达水平进行分析，实现对基因及脂质的全谱分析。
同时实现从“因”和“果”两个方向探究生物学问题，相互间的验证作用更明显。
阐述分子调控-表型间的关联机制，系统全面地解析生物分子功能和调控机制。
从海量的数据中去伪存真，筛选出重点代谢通路或者基因、代谢产物进行后续深入实验分析与应用。

2.3 方法流程

2.4 整合分析内容

1.蛋白质组与脂质组多变量统计学整合分析, O2PLS关联分析、OPLS相关变量的筛选.
2. 生物学重复数≥15时，可以进行Weighted gene co-expression network analysis(WGCNA).
3. 蛋白质组与脂质组相关性分析。
4. 相关系数矩阵热图、相关性分析层次聚类热图、相关系数调控网络分析。
5. 蛋白质组与脂质组PCA比较分析（限≥3组）。

（三）转录组学与代谢组学联合分析

3.1 简介

转录组学和代谢组学整合分析，是指对来自转录组和代谢组的批量数据进行归一化处理及统计学分析，建立不同层次分子（如mRNA, 代谢物）间数据关系。同时结合功能分析、代谢通路富集、分子互作等生物功能分析，系统全面地解析生物分子功能和调控机制，最终实现对生物变化大趋势与方向的综合了解。对有毒物种或者毒液进行转录组学和代谢组学整合分析，可以从原因和结果两个层次分析生物体的内在变化（如毒液的合成）。从而更系统全面地解析毒液的分子功能和调控机制，以及毒液的合成机制以及毒液的进化过程。

3.2 解决的问题

通过对不同层面的表达水平分析，实现对基因表达及代谢物的全谱分析。
从基因表达和代谢物两个方向探究生物学问题，进行相互验证。筛选出重要的代谢通路，基因，或者代谢产物，为后续深入实验分析与应用提供数据基础。
通过转录组学和代谢组学研究，基于相关性分析，构建基因-代谢物调控网络，筛选如毒液合成的关键基因，为毒液研究奠定基础。

3.3 方法流程

（四）转录组与脂质组联合分析

4.1 简介

转录组是一定发育阶段或生理条件下细胞内的完整mRNA的集合，转录组学是在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控的规律。脂质组是特定发育阶段或生理条件下细胞内的所有脂质的集合，脂质组学是代谢组学的一个重要分支，是在整体水平上分析和鉴定生物体、组织或细胞中的脂质以及与其相互作用的分子。

转录组学和脂质组学整合分析，是指对来自转录组和脂质组的批量数据进行归一化处理及统计学分析，建立mRNA以及脂质分子间的数据关系。结合功能分析、代谢通路富集、分子互作等生物功能分析，系统全面地解析生物分子功能和调控机制，最终实现对生物变化大趋势与方向的综合了解。对毒液或者有毒物种进行转录组学和脂质组学整合分析，可以对毒液的合成机制，致病机理，毒液成份，以及进化等生物学功能进行解析，为后续实验研究提供数据基础。同时也为毒液相关新药设计和治疗提供新的思路。

4.2 技术优势

通过对mRNA以及脂质不同层面的表达水平分析，实现对基因表达及脂质的全谱分析。
同时实现从mRNA的表达和脂质合成两个方向研究生物学问题，探究特定基因的表达对毒液脂质合成的调控关系。
通过脂质数据分析找到与毒液相关的脂质，借助相关性分析找到跟脂质变化相关的重要基因，通过对这些基因的KEGG通路分析和相关性分析，找到调控关键脂质变化的重要脂代谢酶，最终阐明毒液合成的相关机制。

4.3 方法流程

（五）蛋白质组学与代谢组学联合分析

5.1 简介

蛋白质组是一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。代谢组是一种细胞乃至一种生物所有代谢物的集合。代谢过程和代谢物的产生是一系列调节事件的最终结果，蛋白质组引起的功能改变会在代谢层面表现出来。
蛋白质组学和脂质组学整合分析，是指对来自蛋白组学和代谢组学的高通量测序数据进行归一化处理。进行比较分析和相关性分析等统计学分析，最终建立蛋白质和代谢物分子间的数据关系。将生物样本（如有毒物种／毒液）进行蛋白质组学和代谢组学整合分析，可以相互验证和相互补充，从而更系统全面地解析生物分子功能和调控机制。为毒液的多样性、进化生物学和新药合成以及中毒治疗等研究提供新的研究视角。

5.2 技术优势

通过对蛋白层面和代谢层面的表达水平分析，实现对蛋白及代谢物的全谱分析。
通过蛋白质与代谢物共同参与的代谢通路，将差异代谢物与差异蛋白关联起来，相互验证，快速鉴定代谢相关功能基因或者相关蛋白。
通过主成分分析，观察组内样本的聚集程度和组间样本的总体分布趋势; 以及比较不同的组学的分布趋势的变化。
通过相关性分析，直观地反映显著性差异的蛋白和差异的代谢物的表达模式的差异和相关性。
通过多元变量统计模型分析，对蛋白组学和代谢组学的数据进行双向建模和预测，客观描述两数据组间是否存在关联趋势，尽可能从源头上避免假阳性关联。

5.3 方法流程

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