构建进化树可以用DNA序列，也可以用protein序列。本文就如何利用蛋白序列进行进化树的构建步骤进行详细解析：

一、利用phylip进行蛋白序列进化树分析步骤

1.       运行Clustalw，得到protein.phy文件；

2.       运行seqboot，输入protein.phy文件，输出protein_1.outfile。R选择1000，seed number： 3，然后选择Y。将得到的protein_1.outfile改名为protein_2.infile。

3.       运行protpars，输入protein_2.infile，输出protein_2.outfile和protein_2.outtree。J选择3(seed number)，5(jumple number)，M值选择D，然后输入1000 (sets)。最后选择Y。将得到的protein_2.outtree改为.

4.       运行consense，输入protein_3.intree，选择Y。得到protein_3.outfile和protein_3.outtree

到此为止，利用seqboot计算的bootstrap值已经完成，但是protein_3.outtree构建的tree没有branch length数据，无法直观的显示序列之间的差异。此时，应该利用tree-puzzle来计算branch length。http://java.com/en/download/index.jsp )

Tree-puzzle使用说明

利用tree-puzzle计算branch length步骤：

1． Windows下，进入tree-puzzle所在src文件夹，双击Puzzle，弹出对话框，输入文件。文件为clustalW运行的protein.phy文件。

2． 然后依次选择K、W、C，输入4，最后输入Y确定。

3． 输入consense操作得到的文件protein_3.outtree。将要生成的文件改名为protein.complz。

4． 点击enter运行。

5． 将得到的consense文件protein_3.outtree和protein.complz文件同时拷出到新文件夹。

6． 利用eATV进行bootstrap和branchlength的显示，输出PDF文件。

7． 将相应的bootstrap值，算成百分比，通过Adobe illustrator 加到puzzle计算的树上。

8． Done

eATV是一个java应用程序，需要先安装java运行环境程序(http://java.com/en/download/index.jsp )

利用DNA序列建进化树的步骤与上面大同小异，参照phylip documentation文件。(http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/phylip.html )

这些步骤均可在windows下完成。但是如果序列较大，建议在linux系统下操作。其中protpars步骤特别耗时，经常需要过夜运行，请一定要耐心等待。祝大家顺利！

Phylip 下载：http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/getme.html

Tree-puzzle下载：http://www.tree-puzzle.de/#download

eATV下载：http://www.softpedia.com/get/Science-CAD/ATV.shtml (rather small: 93kb)

上述方法及其参数设置得到了密苏里大学哥伦比亚分校张学成博士的悉心指导，在此表示衷心的感谢！(http://www.staceylab.missouri.edu/personnel/1232960286/ )