生物信息学_分子数据库（三）蛋白质数据库
蛋白质的空间结构是其行使功能的基础，所以蛋白质既有序列数据库还有结构数据库。
蛋白质序列数据库
蛋白质序列数据库有很多，如SwissProt，TrEMBL，Pir等。
Pir是世界上第一个具有分类和功能注释的蛋白质序列数据库。
SwissProt包括了从EMBL翻译而来的蛋白质序列，经过人工校验和注释，冗余度较小。
为了解决人工注释较慢的问题，建立了由计算机注释的TrEMBL数据库，该数据库序列由EMBL中核酸序列翻译而来，其中剔除了包含在SwissProt数据库中的蛋白质序列。
UniProt数据库
整合了SwissProt，TrEMBL，Pir三家数据库的资源构建了通用蛋白质数据库。
UniProt分为三层：
- UniParc
由于蛋白质序列冗余，将序列相同的合并为一条，为每条序列提供唯一的编号。
- UniRef
为了加快检索速度，将UniParc中的序列根据一定的条件进行分类并去除冗余。
- UniProtKB
分为UniRef/TrEMBL和UniRef/SwissProt两部分，为其提供序列的详细信息。
蛋白质结构数据库
蛋白质空间结构
一级：组成蛋白质的氨基酸序列。
二级：由氨基酸序列在空间构成的有规律的结构，一般依靠氢键，疏水键等非共价键维持空间结构，如α螺旋，β折叠。
结构域：介于二级和三级结构之间，蛋白质上的功能区域。
三级：在二级基础上经过进一步弯曲折叠形成的结构。
四级：单体蛋白通过非共价键结合形成的聚合体。
PDB数据库
PDB通过存储原子坐标数据记录蛋白质分子空间结构，数据主要来源是X射线衍射，核磁共振等试验方法所得。
PDB以文本形式存储数据，为了方便查应与结构模型显示软件（RasMol，MBT，JSmol）结合起来以图形方式显示三维结构。
蛋白质结构家族分类数据库
蛋白质结构相比序列在进化上相对更加保守，相同的结构家族同源关系更加可靠，且同一家族功能往往相似，可以进行功能推断。
蛋白质结构家族分类数据库主要由：SCOP,CATH,FSSP。
SCOP（人工分类）
CATH（半自动分类）
蛋白质组
基因组 转录组 蛋白质组
基因组：构成完整生物体的全部DNA。
转录组：一个基因组表达的全部RNA。
蛋白质组：一个基因组表达的全部蛋白质。
蛋白质组随着时间而变化，并且蛋白质组因为选择性剪切和翻译后修饰等存在，蛋白质组总是多于基因组的基因数目。
生物信息学_分子数据库（三）蛋白质数据库相关推荐
- 生物信息学_分子数据库（一）分子数据库概述
为什么需要分子数据库? 数据库记录包括两部分: 1.原始序列数据 2.描述原始数据的生物学信息的注释 随着研究的积累,生物信息数据越来越多,且在研究中,如果仅仅知道数据的来源 而对其他方面知之甚少,研 ...
- 生物信息学_分子数据库（四）其他数据库
生物数据库除核酸和蛋白质还有一些专用数据库. 当你明确研究对象,应尽可能多的寻找并阅读相关文献. 文献数据库 PubMed数据库 Pubmed是互联网最著名的免费Medline数据库,由NLM的生物信 ...
- 常见蛋白质种类_[转载]常用蛋白质数据库
1.PDB数据库 蛋白质的基本立体结构数据库为PDB (Protein Data Bank),1971年建立于美国布鲁海克海文国家实验室.该数据库中收集了通过X射线衍射和核磁共振(NMR)试验测定的蛋 ...
- c access mysql数据库_基于C#的Access MsSQL MySQL 三种数据库访问演示（含源文件Demo）...
基于C#的Access MsSQL MySQL 三种数据库访问演示(含源文件Demo) 一.三种数据库的主要对比 数据库类型 特点 Microsoft Access 桌面数据库.数据库载体是单个文件 ...
- easyui数据表格重置_数据库三种删除方式
第一种 使用delete 语句 特点: delete 属于数据库操纵语言DML,表示删除表中的数据, 删除过程是每次从表中删除一行,并把该行删除操作作为事务记录在日志中保存 可以配合事件(transa ...
- sql 单引号_三种数据库的 SQL 注入详解
SQL 注入原理 SQL注入攻击指的是通过构建特殊的输入作为参数传入Web应用程序,而这些输入大都是SQL语法里的一些组合,通过执行SQL语句进而执行攻击者所要的操作,其主要原因是程序没有细致地过滤用 ...
- 实验三 mysql数据库与表的创建_实验二 数据库和表的创建与管理
实验二 数据库和表的创建与管理 创建用于企业管理的员工管理数据库,数据库名为YGGL中,YGGL数据库中包括三个表:Employees(员工信息表).Departments(部门信息表).Salary ...
- db2 删除索引_数据库三种删除方式
第一种 使用delete 语句 特点: delete 属于数据库操纵语言DML,表示删除表中的数据, 删除过程是每次从表中删除一行,并把该行删除操作作为事务记录在日志中保存 可以配合事件(transa ...
- 使用DB2 pureXML管理蛋白质数据库
蛋白质数据库( PDB.org )是有关生物分子(主要是蛋白质)的结构数据的全球档案. 蛋白质数据库(PDB)由多个成员组织管理,这些组织负责存放,维护,加工和免费提供此生物学数据给科学界. 为了提供 ...
最新文章
- 样本不均衡常见解决方法
- Asp.net中的Cache--HttpRuntim.Cache 和 HttpContext.Current.Cache
- YTU_3137: 动态规划基础题目之拦截导弹
- @onetoone中被控表不能做自我删除吗?_儿童生活自律表，孩子总是不能坚持，那是因为父母犯了这4个错误...
- [蓝桥杯][算法训练VIP]方格取数（双线程dp）
- c语言将字母的acsaii,C语言上机实验 答案
- 8月12号=》391页-395页
- math 向上取整_自我说明：关于Math和File类的具体说明.
- python 波动率_旧文：历史波动率的计算 (Python)
- 【1489】求二叉树的先序遍历 SDUTOJ
- 我就是TMD很无聊的女生怎么样。
- ssh连接服务器时特别慢的问题的解决方法
- JavaScript语言精粹 ——笔记
- 新工作上班九天心得(附 bootstrap分页写法)
- Oracle书籍推荐
- 追求神乎其技的程式设计之道
- 基于mybatis的数据库脱敏
- SLAM导航全栈书的正确打开方式（强烈推荐）
- 由于磁盘坏道导致的系统卡顿令我抓狂
- 2020年的计算机专业就业形势,2020计算机专业就业分析