packmol建模流程-计算
一、建模流程(modelling procedure):
1.美国数据库下载amc、cif文件:http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php
2.导入vesta转成pdb1文件
3.再将pdb1文件放到vmd转成pdb2文件
(1)测模型中心点的坐标,
命令: set sel [atomselect top all]
measure center $sel
中心点:1.5594003200531006 4.472419738769531 6.06.083080291748047
(2)測量周期最大最小边界
set everyone [atomselect top all]
measure minmax $everyone
(3)get the scale of our box(盒子尺寸):
measure minmax $sel
X:-2.062 to 5.181 y:0 to 8.945 z:0 to 12.166
4.将pdb2文件和所需建模文件(如:water文件), 一并放到有packmol.exe的文件夹里
5.写好inp文件
6.打开cmd,输入计算命令packmol.exe<xx.inp,即可得到所需模型的pdb3文件。
* packmol建模流程的操作视频链接:
链接:https://pan.baidu.com/s/1rq3js1cvbMHBWWJXhu6-hA
提取码:xu08
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二、Modify the charge of atom
# modify charge:
set 0 [atomselect top "name O"]
$0 set charge -1.0500
set 1 [atomselect top "name Al"]
$1 set charge 1.700
set 2 [atomselect top "name Si"]
$2 set charge 2.2700
set 3 [atomselect top "name Ca"]
$3 set charge 1.48
set sel [atomselect top all]
$sel writepsf m1.psf
$sel writepdb m1.pdb
mol load psf m1.psf pdb m1.pdb
topo writelammpsdata m1.data
三、VMD用到几条重要命令
1.# get the scale of our box:
measure minmax $sel
2.测模型中心点的坐标,命令:
set sel [atomselect top all]
measure center $sel
3.
#1.将模型各原子赋予电荷,用vmd命令——source charge.tcl
#lammps计算时肯定会显示电荷不呈中性,所以data中电荷还需要修改,平衡电荷后还能成为最终的data:
#法一:excel:excel---数据----导入外部数据-----导入数据-------选择文本文件1.txT--------选中固定宽度后点击下一步------下一步------完成-------选择表中存放位置
#4.上一步中的data 还需要把盒子参数写进去,source charge.tcl中最后一个命令已算出
四、计算命令:
计算命令:
lmp-mpi < mmt.in >mmt.out &
lmp_mkl < mmt.in >mmt.out
& 查看计算状态:
“top” 进入后台
“q” 退出来
“Ctrl+ C” 停止计算(前台)
“kill+编号” 停止计算(后台)
转载于:https://www.cnblogs.com/sysu/p/10712294.html
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