R语言绘制气泡矩阵图

示例图

之前在一些文章中看到过气泡矩阵的表达方法，该图形表达的意思就是不同样本中不同物种的丰度分布情况，气泡越大则是代表物种的相对丰度（或者说16S得到的绝对丰度）越大，在这个例图中则是表达了四个样本中三类不同的菌的分布情况。

实操

整个过程都是通过R代码复现，因为没有原数据所以这里使用的是示例数据，后期得到的图形还需要经过AI修改这里就不详细阐述了，水平有限勿喷。

示例数据格式：

代码：

setwd("C:/Users/机械师/desktop")#设置工作路径
data<-read.csv('xijun.csv',header = T)#读入示例数据
library(reshape2)#载入包
library(ggplot2)#载入包
data_melt<-melt(data,id.vars = "species")#把data中按照“species”的宽数据变成长数据
names(data_melt)=c("species","sample","value")#重命名数据列名
ggplot(data_melt,aes(x=sample,y=species,size=value,color=sample))+geom_point()+theme(panel.background = element_blank(),panel.grid = element_line("gray"),panel.border = element_rect(colour = "black",fill=NA))#ggplot2绘图，有点粗糙，见谅

结果：

调整：

导出pdf之后用AI修整即可

存留的问题：

该图形的一个问题是丰度为零的数据也显示了气泡大小，这个我琢磨了好一会没解决掉，各位有好的方法欢迎评论区指出。淦饭去了，么么哒

R语言绘制气泡矩阵图相关推荐

r语言绘制精美pcoa图_R语言绘制交互式热图
热图通过热图可以简单地聚合大量数据,并使用一种渐进的色带来优雅地表现,最终效果一般优于离散点的直接显示,可以很直观地展现空间数据的疏密程度或频率高低.但也由于很直观,热图在数据表现的准确性并不能保证 ...
R语言绘制核密度图实战（Kernel Density Plot）
R语言绘制核密度图实战(Kernel Density Plot) 目录 R语言绘制核密度图实战(Kernel Density Plot) #仿真数据
R 语言绘制环状热图
作者:佳名来源:简书 - R 语言文集 1. 读取并处理基因表达数据这是我的基因表达量数据: 图 Fig 1 > myfiles <- list.files(pattern = &qu ...
使用R语言绘制心形图
今天七夕,正好看到高等数学的心形线,想到心形线的函数应该可以用R语言来绘制,就尝试了一下. 心形线的参数方程为: 其中r是半径,t为弧度. 有了参数方程之后,我们的作图就变得简单了,其基本思路是:首先 ...
绘制动态心形图案：：R语言绘制心形图
原始方程源于此贴一楼:直通车整理修改后: 被窝修改成这样: x<-seq(-1.1,1.1,length = 3000) rep<-30 y<-matrix(,3000,rep) ...
使用R语言绘制地图，图审号地图：2019年中国地图-审图号GS（2019）1822号为基础制作的矢量shp 地图数据
下面介绍用R语言如何绘制: 1 加载数据 · 以民政部网站数据为例,利用R语言如何下载数据和绘制地图.民政部数据的API为http://xzqh.mca.gov.cn/data/,全国边界矢量为qua ...
R语言绘制相关性热图
1. ggplot2包ggplot函数绘制相关性热图 ### 1. ggplot2包ggplot函数绘制相关性热图 rm(list = ls()) head(mtcars[,1:6]) #查看前六行六 ...
R语言绘制堆叠面积图
areaplot包绘制堆叠面积图 library(areaplot) #数据 df <- longley x <- df$Year y <- df[, c(1, 2, 3, 4, 6 ...
R语言绘制gif动图
gapminder是我们要用到的数据,用gganimate来绘制gif动图 install.packages("gapminder") install.packages(" ...

R语言绘制气泡矩阵图

R语言绘制气泡矩阵图

示例图

实操

示例数据格式：

代码：

结果：

调整：

存留的问题：

R语言绘制气泡矩阵图相关推荐

最新文章

热门文章