Dicom批量转nii（医学影像格式转换，SPM）

实验中需要用spm12进行配准，spm12 配准只能导入nii格式，但影像是dicom格式的，需要先进行格式转换。

spm12有自带的dicom转nii功能，但需要一例一例影像转，费时费力枯燥，好在基于SPM12可以写代码进行批量转换！

1. 在matlab上安装好spm12，安装方法可参考smp12官网

2. 文件组织方式

dicom path：

保存所有dicom的目录，该目录下是一个一个的病例，每个病例的影像分开保存；

每个病例有多个序列的话，每个序列的dicom再分别用文件夹保存。

nii path：

保存格式转化后nii的目录，该目录下是一个一个的病例，每个病例的影像分开保存；

每个病例有多个序列的话，每个序列的nii再分别用文件夹保存。

注：

（一个序列有多个dicom；一个序列可能有多个，SPM12会自动给一个序列的多个nii命不同的名）

（为方便批量处理，不同病例的同一序列需要统一文件夹命名）

（nii path下的整个目录结构需要预先建立，可以写代码批量建立目录）

（该代码没有处理序列文件夹下不是dicom的情况，需要序列文件夹下直接保存且仅保存该序列的dicom，否则，代码跑不通）

3. matlab代码

%-----------------------------------------------------------------------
% Job saved on 21-Nov-2019 15:35:09 by cfg_util (rev $Rev: 7345 $)
% spm SPM - SPM12 (7487)
% cfg_basicio BasicIO - Unknown
% 用于批量 dicom 转 nii
%-----------------------------------------------------------------------
clc
spm('defaults', 'fmri');
spm_jobman('initcfg');
subjectsdir = {'E:\dicom_path'};   % dicom文件夹的位置，该目录下是一个个病例文件夹
path = 'E:\nii_path';   % 需要整理的病例列表
subjects = dir(path);   % 将各病例文件夹名存为list
subjects = {subjects.name};  % 单个或多个被试的文件夹subjects(:,[1,2]) = [];
dicom_dir = 'T1';   % 哪个序列的dicom被转为nii
nsubj = length(subjects);   % 病例个数% 遍历所有case
for  csubj = 1:nsubjmodality_list = {spm_select('CPath', subjects{csubj}, subjectsdir)};modality = spm_select('CPath', dicom_dir, modality_list);if exist(modality,'dir')==0   % 如果该case没有该序列文件夹，跳过该case，处理下一个casesprintf('No %s found for %s', dicom_dir, subjects{csubj})continueenddicom_list = spm_select('List', modality, '/*.dcm');  %该序列dicom名数组,如'1.dcm',指定后缀为dcm%dicom_list = spm_select('List', modality, '/*.');  % 该序列文件夹下的所有文件,如'IM1''1.dcm',不指定后缀nimage = size(dicom_list,1);   % 该序列dicom张数,如果张数为0，跳过该序列if nimage == 0sprintf('No functional file found for %s', subjects{csubj})continueend% 各dicom名前加上文件夹路径名，如'E:\dicom_path\case3\T1\1.dicom'new_list = cell(nimage, 1);   for i = 1:nimagenew_list{i} = fullfile(modality,dicom_list(i,:));endclear matlabbatchout_p = fullfile(path, subjects{csubj}, dicom_dir);  % nii的保存路径matlabbatch{1}.spm.util.import.dicom.data = new_list;matlabbatch{1}.spm.util.import.dicom.root = 'flat';matlabbatch{1}.spm.util.import.dicom.outdir = {out_p};matlabbatch{1}.spm.util.import.dicom.protfilter = '.*';matlabbatch{1}.spm.util.import.dicom.convopts.format = 'nii';matlabbatch{1}.spm.util.import.dicom.convopts.meta = 0;matlabbatch{1}.spm.util.import.dicom.convopts.icedims = 0;% 运行spm_jobman('run', matlabbatch);
end

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