生信小白入门必看网站!常用数据库分享
新手上路,如何快速了解自己课题,含有DNA、RNA序列等信息的核酸数据库肯定是需要了解滴。今天分享一部分大家会比较常用到的,可结合自己的研究背景挑选使用,主要是应用在组学研究or基因功能研究中。
生信小白入门必看网站!常用数据库分享https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkwNjQyNTUwMw==&mid=2247484394&idx=1&sn=7cc46fdb51804446516ceb37941e85ce&chksm=c0e9e61af79e6f0cfd9eeaf1605bb5984c06fa6a5671e830bfbb763711ca7b4fc695b6905be3&token=33868450&lang=zh_CN#rd
1、由美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)开发维护,隶属美国国立卫生研究院(National Institutes of Health, NIH)。
数据库链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
2、phytozome基因组文件下载网站
需要提前注册,才能下载基因组文件使用,注册免费,流程非常简单,可以直接点网站的右上角Login找到注册位置即可。
注册网站:https://contacts.jgi.doe.gov/registration/new?_gl=1*9odg16*_ga*MTQ3NDcxNzMxMC4xNjgxNzQ4NTY0*_ga_YBLMHYR3C2*MTY4NzQzMTY4MC40LjAuMTY4NzQzMTY4MC4wLjAuMA..
输入Arabidopsis thaliana 查找拟南芥基因组信息
根据需要下载自己需要的信息,gff3、pep、cds文件。
网站:https://phytozome-next.jgi.doe.gov/
3、pfam文件下载,以PF03106(WRKY)为例
点generate得到PF03106_seed.txt的pfam文件
可以进一步利用hmmer构建隐马尔可夫模型(Hidden Markov model, HMM),代码如下:
hmmbuild WRKY.hmm PF03106_seed.txt
4、psRNATarget,寻找miRNA目的靶基因
等待几分钟即可
编辑切换为居中
添加图片注释,不超过 140 字(可选)
网站:https://www.zhaolab.org/psRNATarget/
5、启动子上游转录因子查找Promoter Analysis
网站:http://plantpan.itps.ncku.edu.tw/promoter.php
6、planttfdb植物转录因子数据库
收录了156个物种的转录因子数据库数据
TF list, CDS and Protein sequences for 156 species (157 organisms)
拟南芥一共有2296个转录因子,属于58个基因家族中,这为研究基因家族的小伙伴提供了非常快键的查询信息。
网站:http://planttfdb.gao-lab.org/download.php
7、分子育种数据查询工具Molecular Breeding
物种的农艺性状数据,地理位置信息都非常齐全。
网站:https://www.mbkbase.org/
好了今天的分享就到这里为止,喜欢的小伙伴,点赞加收藏,转发朋友圈扩散!
生信小白入门必看网站!常用数据库分享相关推荐
- powershell 开发入门_详谈Ubuntu PowerShell(小白入门必看教程)
早在去年八月份PowerShell就开始开源跨平台了,但是一直没有去尝试,叫做PowerShell Core. 这里打算简单介绍一下如何安装和简单使用,为还不知道PowerShell Core on ...
- 五分钟教你使用vue-cli3创建项目(三种创建方式,小白入门必看)
五分钟教你使用vue-cli3创建项目(三种创建方式,小白入门必看) 一.搭建vue环境 安装Nodejs 官网下载Nodejs,如果希望稳定的开发环境则下LTS(Long Time Support) ...
- 笔记本计算机接口类型,小白入门必看!笔记本电脑常见接口都在这了
原标题:小白入门必看!笔记本电脑常见接口都在这了 对很多没接触过或者刚接触笔记本电脑的朋友来说,笔记本电脑的接口是个比较令人头疼的问题,一是接口种类繁多,二是很多接口长得比较像,不易分辨,下面就给大家 ...
- 计算机显卡可分为哪几类,小白入门必看:笔记本电脑分为哪几类?
对于有购买意向.但是从未接触过笔记本电脑的朋友来说,首先应该对笔记本电脑的类别有一个大致的认识,之后才能根据自己的需求来选择产品. 笔记本电脑依据用途定位,大概分为以下几类: 优点:轻薄笔记本在重量. ...
- 带你一步步从PC(电脑)网页自适应到手机端网页(小白入门必看)
最近帮老师改个网站,将PC端网页改为手机端网页,虽然对于有一定开发经验的前端开发者是很easy的事情,但是呢,对于小白来说,还是很一头雾水的.下面咱们就从头来进行实战,看看自适应到手机端到底是怎么回事 ...
- Linux基础常见指令讲解(小白入门必看)
观前提示 本篇文章有5348词,看完需28分钟左右. 文章目录 观前提示 写在前面 ls指令 pwd指令 cd指令 touch指令 mkdir指令 rmdir&&rm指令 man指令 ...
- 软件测试需要学什么?测试小白入门必看!
很多新手,不知道软件测试学习该如何开始,软件测试需要掌握哪些知识.以下是个人对测试的理解,以及测试经验,希望会对各位有所帮助! 1.测试基础理论 不管有没有计算机基础,测试理论的学习都是首要的,不管你 ...
- C++音视频开发核心知识,小白入门必看基础知识
经常收到一些网友的来信或者留言,反馈如下这样的困惑: "我是一名应届毕业生,该如何快速地成长起来" "我只懂 C/C++,是学 Android 开发有前途,还是 iOS ...
- 新手小白入门必看!如何批量注册Twitter账号?
Twitter是目前海外比较流行的社媒营销平台,所以很多从事跨境电商行业的朋友都需要利用多个Twitter账号来推广营销,但是注册和管理多个Twitter账号其实并不是简单的事情.龙哥将会在这里详细讲 ...
最新文章
- linux操作系统应急方案,服务器操作系统应急预案
- linux 下Eclipse的安装
- Codeforces Round #320 (Div. 1) [Bayan Thanks-Round] A A Problem about Polyline(数学)
- android java广播,[原]Android应用程序发送广播(sendBroadcast)的过程分析
- springboot的war和jar包
- vue base64图片不显示_技巧 | word中插入的图片显示不完整怎么办?
- Spring 类管理机制
- Linux平台安装go并配置go环境
- Linux shell配置环境变量
- HDU 3420 Bus Fair [补]
- 高性能抗干扰宽带自组网电台——T3M2-20W视距100km测试
- 《洞见》罗伯特·赖特
- 跨域及处理跨域的三种方式
- python上方菜单栏不见了如何恢复_CorelDRAW菜单栏不见了,如何恢复
- OSPF虚连接(VLINK)配置案例
- “永恒之蓝”第一弹-关于防范感染勒索蠕虫病毒的紧急通知
- 【码农话健身】入门级腿部锻炼
- [招聘信息]Automation Engineer@EMC
- Kafka Eagle
- 计算机网络04之流量控制