07 不同 vcf 注释结果转 maf

ANNOVAR

ANNOVAR 注释后拿到的结果，还需要做一个处理，就是在每一个 ${id}.hg38_multianno.txt文件中增加两列，为 Tumor_Sample_Barcode 和 Matched_Norm_Sample_Barcode，而最后的一列 Otherinfo 我们暂时丢弃掉（如果你需要就不要丢弃），添加上这两列信息之后再把所有的 vcf 文件合并成一个 annovar_merge.vcf。处理的方法如下：

cat config | while read id
do grep -v '^Chr' ./7.annotation/annovar/${id}.hg38_multianno.txt | cut -f 1-20

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