13 对发生拷贝数变异的基因进行 KEGG 注释

数据准备

首先还是同样的读入数据，进行一定的处理。我们同样用 VEP 注释后的 maf 文件，然后取出需要用到的几列

rm(list=ls())
options(stringsAsFactors = F)
library(dplyr)
library(stringr)
# 读入数据
laml = read.maf('./7.annotation/vep/VEP_merge.maf')
laml@data=laml@data[!grepl('^MT-',laml@data$Hugo_Symbol),]
# 增加一列t_vaf，即肿瘤样本中突变位点的覆盖深度t_alt_count占测序覆盖深度t_depth的比值
laml@data$t_vaf = (laml@data$t_alt_count/laml@data$t_depth)
unique(laml@data$Tumor_Sample_Barcode)
getSampleSummary(laml)
getGeneSummary(laml)
getFields(laml)mut = laml@data[laml@data$t_alt_count >= 5 &laml@data$t_vaf >= 0.05, c("Hugo_Symbol","Chromosome","Start_Position",

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