使用Python程序读取fasta文件reads

# !/usr/bin/python3import sys
import re
from reverse_seq import *def format_seq(seq,num):l = len(seq)m = l // num #取整除fseq = ""for i in range(m+1):fseq += seq[i*num : (i+1)*num] + "\n"return fseqif __name__ == '__main__':seq_file = open(r"D:\sequence.fasta","r")out_file = open(r"D:\sequence_rervese_complement.fasta","w")seq = ""for eachline in seq_file:#>lcl|JAKRYI020000014.1_cds_KAI4295232.1_1 [locus_tag=L6164_035299] [protein=hypothetical protein] [protein_id=KAI4295232.1] [location=join(11145..11254,12514..12625,13047..13118,13225..13436,13525..13633)] [gbkey=CDS]eachline = eachline.strip()if (eachline[0] == r">"):line_match = re.match(r">\w{3}\|(\w+\.\d).+", eachline)print("1:",line_match.group())print("2:", line_match.group(1))#print("3:",line_match.group(2))reads_name = line_match.group(1)if (seq == ""):out_file.write(r">" + reads_name+"\n")  # reads名称，只保留accession号,写入第一条reads名称else:trans_seq = translate_seq(seq)rseq = trans_seq[::-1]out_file.write(format_seq(rseq,70))out_file.write(r">" + reads_name + "\n")  # 写入第二至最后一条readsseq = ""  # 处理完后，把seq置为空else:seq = seq + eachlineelse: #for循环的else子句在for循环正常结束后执行#处理最后一条序列trans_seq = translate_seq(seq)rseq = trans_seq[::-1]out_file.write(format_seq(rseq,70))out_file.close()seq_file.close()

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