单基因gsea_又是神器！基于单基因批量相关性分析的GSEA

2024-06-02 09:36:20

有这样的使用场景么？

1.已经确定研究的基因，但是想探索他潜在的功能，可以通过跟这个基因表达最相关的基因来反推他的功能，这种方法在英语中称为guilt of association，协同犯罪。
2.我们的注释方法依赖于TCGA大样本，既然他可以注释基因，那么任何跟肿瘤相关的基因都可以被注释，包括长链非编码RNA。

这个方法以前阐述过：
单基因批量相关性分析的妙用

但是这个方法有个小缺陷，并不知道最后富集的通路是正向影响还是反向影响，也就是无法判断方向。判断方向的工具也不是没有，GSEA就是一个。所以，我想能不能把批量相关性分析和GSEA结合起来。

GSEA需要的gene set是现成的没有问题，但是genelist没有，这里我们可以把所有基因跟单个基因的相关性系数当做LogFC，有正有负，就解决了geneList的问题。这个想法不是我的，是我的一个学员的，不过他要解决的是microRNA把基因的问题。

下面来实战一下：

1.首先加载数据

这个数据是我下载了TPM数据，然后提取出乳腺癌的数据得来的。

load(

2.写一个函数批量计算相关性

这个函数只要输入一个基因，他就会批量计算这个基因跟其他编码基因的相关性，返回相关性系数和p值。

function

3.并行化运行函数

以PCDC1这个基因为例

library(

这是返回的结果

4.制作genelist

## 转换

5.运行GSEA分析

library(clusterProfiler)

作图看整体分布

### 看整体分布

本次结果中全是激活的

6.特定通路作图

library(enrichplot)

PCDC1跟阿拉法干扰素正相关，这个事情没什么好说的吧。

好了，我们又掌握了一个特别强悍，实用的技能。我是果子，明天见。

单基因gsea_又是神器！基于单基因批量相关性分析的GSEA相关推荐

生信分析R语言助力作图----单基因批量相关性分析
单基因批量相关性分析嘻嘻嘻~~~,晚上秒变生信分析小白,一个游走在生物学和计算机变成之间的小白,享受着里面的快乐和痛苦.不停的挣扎,不停的成长,多学习,多尝试,一定会有意想不到的收获.加油!!! 首 ...
单基因批量相关性分析 TCGA基因相关性分析单基因批量相关性分析的妙用
首先,做这个相关性分析,在这里需要安装几个R包. https://blog.csdn.net/leianuo123/article/details/102613945 https://mp.weixi ...
基于c#的相关性分析_基于数字高程模型的城市地貌与地名相关性分析——以兰州市为例...
江西地名研究基于数字高程模型的城市地貌与地名相关性分析--以兰州市为例文/张鹏丽,李育提要:以兰州市为例,使用 ASTER 30米分辨率的数字高程模型DEM并提取了兰州市周边所有地名信息:通过 ...
单基因gsea_最新3分+单基因生信套路拆解，你学会了没
20+工具,0-9分期刊<生信期刊推荐+SCI写作工具>免费领扫描下方二维码免费领取☟☟☟ 挑圈联靠解读3+单基因套路文章大家好,我是我科.今天给大家带来的一篇单基因分析套路的文献拆解 ...
基于c#的相关性分析_不同区间衰退路径下锂离子电池的性能相关性及温度适用性分析...
锂离子电池在不同容量区间和不同工况应力下使用衰退性能不同.北京交通大学国家能源主动配电网技术研发中心.北京电动车辆协同创新中心.北京新能源汽车股份有限公司的研究人员孙丙香.刘佳.韩智强.任鹏博.张维戈 ...
基于c#的相关性分析_开源Math.NET基础数学类库使用(11)C#计算相关系数
数据集的基本统计计算是应用数学,以及统计应用中最常用的功能.如计算数据集的均值,方差,标准差,最大值,最小值,熵等等.Math.NET中的MathNet.Numerics.Statistics命名空间 ...
寻找影响葡萄酒质量的化学成分（基于R，相关性分析）
哪个化学成分影响葡萄酒的质量? 单变量情节部分从数据可得,该数据集有4898 条数据和13个变量. 查看 quality 的分布从图中可得,质量分数的分布范围是3至9,大部分的质量分数居中,最多为 ...
r语言相关性作图_R语言：多个基因的相关性分析与展示
R语言:多个基因的相关性分析与展示.关于批量相关性分析,我们发过两个帖子.单基因批量相关性分析的妙用,又是神器!基于单基因批量相关性分析的GSEA.两两分析的肯定也是没有问题: 现在的问题是,如果是多 ...
r语言相关性作图_R绘图：相关性分析与作图
公众号"生信小课堂" TCGA数据分析课程:生物信息学教学相关性分析是我们生信分析中必不可少的技能,单基因的批量相关性分析,可以用于做单基因的GO,KEGG富集分析和GSEA分析 ...

最新文章

热门文章