Gromacs 的第一步_能量最小化
我们在进行分子动力学模拟的时候,由于我们获得的pdb文件(如蛋白质文件)是通过x射线得到的,其中含有很多能量过高的键角、扭曲等,所以我们在进行分子动力学模拟的第一步就是要将这些不合理的点扭转回来。建议在分子动力学模拟之前先用vmd观察一下所要进行模拟的物质,这便于你理解和操作接下来的内容。
我在这里选用的是葡萄糖氧化酶 (1GPE)。用vmd看到的图像是:
Gromacs需要的是一个全原子文件,我们可以看一下 RCSB网站上给出的pdb文件类型都包含了哪些信息。
这篇博文给出了详细解答,请移步https://www.cnblogs.com/klausage/p/10803308.html下面我们要将pdb文件中含有ATOM行全部提取出来,注入到1GPE_atoms.pdb文件中去,代码如下
grep ATOM 1GPE.pdb > 1GPE_atoms.pdb
接下来我们要处理的对象就由1gpe转变成1gpe_atoms了,这里建议不要直接在console里面直接写命令,可以写一个sh,在这里我写的是em.sh.
在第一步,我们要先产生top文件,这个文件里包含了你要确定的力场(这很重要),
gmx pdb2gmx -f 1GPE_ATOM.pdb -o struct.pdb -ignh
-ignh是指忽略氢原子的意思,你会得到一个top文件,还有一个structural.pdb,这个struct.pdb和刚才的全原子文件并没有什么不同。在执行命令后,你要选择你的立场。
随后 你要这个蛋白质放进盒子里,从而建立周期边界条件,
gmx editconf -f struct.pdb -d 1.0 -bt cubic -o editconf.pdb
这里的-d 指距离盒子距离为1.0um -bt 是指要确定盒子形状,这里cubic确定的是立方体 -o 合成editconf。pdb文件。
下一步我们要向这个盒子加入溶液,
gmx solvate -cp editconf.pdb -cs spc216.gro -o genbox.pdb -p topol.top
-cp是指溶质,cs是指溶剂,对整体引入物质的时候一定要通知topol.top,不然会执行失败。
随后要向盒子内部加入离子
gmx genion -s grompp.tpr -p topol.top -conc 0.15 -neutral -o genion.pdb
-neutral 的含义是指保证电中性,之后要对体系进行预处理
gmx grompp -f MDP/em.mdp -c genion.pdb -o 1gpe.tpr -p topol.top -maxwarn 1 -v
其中的mdp文件后面会系统的讲,
gmx mdrun -deffnm 1gpe -v
运行系统能量最小化。
Gromacs 的第一步_能量最小化相关推荐
- 关于LAMMPS能量最小化
本文来源:"分子动力学"公众号 原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/f5xk0dqJtD4DET__j4m0Tw LAMMPS能量最小化有几种方法? 适 ...
- 最大化_成本最小化与利润最大化
(一)成本最小化:在某一个给定的产量下,满足其总成本最小化生产的点(曲线直线相切,RTS=w/r)而且因为产量给定了,所以TC和AC最小化是一个意思. 小插曲:成本最小化时mc=ac,在ac最低点(无 ...
- 加快网站速度的最佳做法_(1)最小化http请求
原文地址:[url]http://developer.yahoo.com/performance/rules.html[/url] 自己做了点翻译: 最小化HTTP请求 80%的用户响应时间是花在前端 ...
- 三维网格去噪算法(L0范数最小化,包含二维图像去噪)
参考文章(技术来源):Mesh denoising via L0 minimization 上面参考文章提出了一种基于L0范数最小化的三角网格去噪算法.该思想由二维图像平滑引申而来,所以先从基于L0范 ...
- lammps构建高熵合金模型+结构优化初步筛选能量最小的结构
文章目录 前言 一.ubuntu并行安装Lammps 安装教程 二.单个高熵合金建模 参考资料 操作步骤 三.构建1000个高熵合金模型筛选能量最小的结构 参考资料 操作步骤 1.构建高熵合金模型 2 ...
- 牛批!简单几步,无坑部署最小化 K8S 集群
点击下方"民工哥技术之路",选择"设为星标" 回复"1024"获取独家整理的学习资料! 虽然网上有大量从零搭建 K8S 的文章,但大都针对老 ...
- nfa确定化 dfa最小化_深度学习中的优化:梯度下降,确定全局最优值或与之接近的局部最优值...
深度学习中的优化是一项极度复杂的任务,本文是一份基础指南,旨在从数学的角度深入解读优化器. 一般而言,神经网络的整体性能取决于几个因素.通常最受关注的是网络架构,但这只是众多重要元素之一.还有一个常常 ...
- 多人手柄联网游戏_多人联网游戏:迈出的第一步
多人手柄联网游戏 As part of our commitment to solving challenges for connected games development, we've focu ...
- l20范数最小化求解系数方程_贪婪组稀疏方法(Greedy group sparsity)
l20范数最小化求解系数方程_贪婪组稀疏方法(Greedy group sparsity) 本文章部分参考Fast group sparse classification l20范数最小化求解系数方程 ...
- 差分隐私 机器学习_满足差分隐私的经验误差最小化方法
手上的东西有点进行不下去,滚过来写专栏作下回顾.上次聊了聊差分隐私的定义,那么现在我们要在差分隐私的框架上实现机器学习任务. 关于差分隐私机器学习这个方向,Kamalika Chaudhuri 在ni ...
最新文章
- 重磅!单目深度估计方法:算法梳理与代码实现
- BZOJ 2724蒲公英 (分块) 【内有块大小证明】
- 物联网时代下的MCU,是市场倒逼还是彼此互相成就
- qt自定义控件的样式
- mysql 按月和年累加_广西柳州市市场监管局公布市2020年11月(第一批)电梯按需维保试点名单...
- 数据库开发总结(ADO.NET小结)
- Go语言实现文本文件拷贝
- python中列表中的字典的排序问题
- ssh 连接访问被拒绝
- JVM篇-JVM内存结构与存储机制
- 计算机应用基础电子教案吉林,中等职业学校计算机应用基础课程改革初探.doc...
- Vue3.0教程 (一)vue脚手架安装和搭建
- sklearn.LabelEncoder解决未见过值问题ValueError y contains previously unseen labels [69]
- 修改jsp代码之后浏览器报500错误问题以及解决方法
- 状态机实现的三种方法-C语言
- RuntimeError: CUDA out of memory. Tried to allocate 模型训练 GPU 显存不够报错总结
- UnityUI超简单实现敌方血条近大远小的效果
- 郑莉java课后答案,Java语言程序设计(郑莉)第三章课后习题答案
- 打造一个属于自己的ip代理工具 ProxyRoot
- Python:7-1 jmu-python-分段函数数学函数 (15分)
热门文章
- Shell编程-正则表达式及正则表达式在线测试网站
- spring boot 整合kettle调用ktr与kjb文件
- win10msmpeng占内存_win10内存占用率太高怎么办
- HTML2——图像、超链接
- 无法导入C:\Users\Administrator\Desktop\***.reg:未将所有数据都成功写入到注册表中。某些项是由系统或其他进程打开的,或者你没有足够的权限执行此操作。
- python画笔属性_python 画图 turtle 模块介绍之(一)
- NBUT1582 比赛吃鸡腿
- python连接sftp下载文件及文件夹
- linux 薄膜键盘驱动,一份*级薄膜键盘的简历— HHKB 静电容 键盘
- Xcode (xip)官方原版下载 Xcode 所有历史版本