关于第一个问题，知乎上其实已经有不少问答，@Lawrence Li 和@梁海 都解答过。不过我还是想重新梳理一遍，下面我把美国人奉为圭臬的 The Chicago Manual of Style 中关于这几种符号的用法摘译出来，并作了一些补充：

HYPHEN (-)

1. 用于复合词，如：

upper-case letter

2. 用于分隔数字或字母，例如电话号码：
或名字的拼写：

1-800-621-2376
My name is Phyllis; that's p-h-y-l-l-i-s.

3. 用于排版时连接因断行而被打断的单词，例如：

Trust Law ranks the Congo as one of the most dangerous coun-
tries for sexual violence.

EN DASH (–)

1. 相当于 to。主要用于连接数字或单词，表示「到并包括」（up to and including）。不过应注意，在 from...to... 和 between...and... 的结构中，不要用 en dash 去替代中间的 to 和 and。
例句：

Her college years, 1998–2002, were the happiest in her life.
For documentation and indexing, see chapters 16–18.
In Genesis 6:13–22 we find God's instructions to Noah.
Join us on Thursday, 11:30 a.m.–4:00 p.m., to celebrate the New Year.
The London–Paris train leaves at two o'clock.
I have blocked out December 2002–March 2003 to complete my manuscript.
Her articles appeared in Postwar Journal (3 November 1945–4 February 1946).
Green Bay beat Denver 31–24.
The legislature voted 101–13 to adopt the resolution.

2. 后面什么也不接。比如用于表示年代，若事件仍在进行中，en dash 后面不要加空格。
例句：

Professor Plato's survey (1999–) will cover the subject in the final volume.
Jane Doe (1950–); or Jane Doe (b. 1950)

3. 代替 hyphen 的用途。在复合型形容词中，如果其中一个构成元素是开放型复合词，或者如果其中两个或多个构成元素是开放型复合词或带 hyphen 的复合词，那么应使用 en dash。
例句：

the post–World War II years
a hospital–nursing home connection
a nursing home–home care policy
a quasi-public–quasi-judicial body (or, better, a judicial body that is quasi-public and quasi-judicial)

在上述前三例中，post 和 World War II，hospital 和 nursing home，以及 nursing home 和 home 都是所属新的复合词中的元素，这些元素本身已经是开放型复合词，为了避免混淆和层次清晰，应使用 en dash 来连接。第四例中，quasi-public 和 quasi-judicial 是两个独立的均带 hyphen 的复合词，它们需要进一步连接起来，所以中间用了 en dash。
用来对照的反例如下：

non-English-speaking peoples
a wheelchair-user-designed environment (or, better, an environment designed for wheelchair users)
U.S.-Canadian relations

上述前两例都是单个词的复合，尽管由三个以上元素构成，一律都用 hyphen。第三例中，复合词的缩写（U.S.）视为一个词，所以也用 hyphen。
4. 其他用法：en dash 有时用作减号，尽管两者原则上并非同一个符号。另外，它也可以用于连接拥有不同校区的大学。
例句：

the University of Wisconsin–Madison
the University of Wisconsin–Milwaukee

EM DASH (—)

1. 它的用法最复杂、最灵活。为了避免混淆，一个句子不应包含超过两个 em dash，如果实在需要，应使用圆括弧。

2. 用于详述或解释。基本相当于一组逗号、圆括弧，或冒号的用途。
例句：

It was a revival of the most potent image in modern democracy—the revolutionary idea.
The influence of three impressionists—Monet, Sisley, and Degas—is obvious in her work.
The chancellor—he had been awake half the night—came down in an angry mood.
She outlined the strategy—a strategy that would, she hoped, secure the peace.
My friends—that is, my former friends—ganged up on me.

3. 用于分隔引导从句的代词。
例句：

Consensus—that was the will-o’-the wisp he doggedly pursued.
Broken promises, petty rivalries, and false rumors—such were the obstacles he encountered.
Darkness, thunder, a sudden scream—nothing alarmed the child.
Kingston, who first conceived the idea; Barber, who organized the fundraising campaign; and West, who conducted the investigation—those were the women most responsible for the movement's early success.

4. 表示思考或对话中句子结构的突然中断，有时也可用省略号代替。
例句：

"Will he—can he—obtain the necessary signatures?" asked Mill.
"Well, I don't know," I began tentatively. "I thought I might—"
"Might what?" she demanded.

但如果中断来自于所引用材料的外部，em dash 应当出现在引号的外面。例如：

"Someday he's going to hit one of those long shots, and"—his voice turned huffy—"I won't be there to see it."

5. 替代逗号，或与逗号一起使用。如果在需要使用 em dash 时，需要用逗号来分隔从句和独立分句时，逗号可以省略。
例句：

Because the data had not been fully analyzed—the reason for this will be discussed later—the publication of the report was delayed.

但如果 em dash 出现在引用材料的末尾表示中断，应当在说话人的身份之前用逗号。例句：

"I assure you, we shall never—," Sylvia began, but Mark cut her short.

6. 和其他标点连用。一般来说，em dash 可以跟在问号、感叹号的后面，但不能跟在逗号、冒号、分号的后面，也几乎不能跟在句号的后面。
例句：

All at once Richardson—can he have been out of his mind?—shook his fist in the ambassador's face.
Only if—heaven forbid!—you lose your passport should you call home.

7. 用于代替引号。有些法语作家常用 em dash 代替引号表示对话，每段话另起一段。
例句：

—Will he obtain the necessary signatures?
—Of course he will!

8. 用于索引。
例句：

—body armor: cuirass, 135–36, 147, 152,
244, 258, 260, 311; greaves, 135, 179,
260; helmets, 101, 135, 147, 221, 243,
258

2-EM 和 3-EM DASHES (—— and ———)

双重和三重的 em dash 相对少见，但也是正规的标点符号，可以介绍一下。

2-em dash 用来表示单词拼写不全，或名字的省略，或粗话的省略，或无法识别的字迹等。如果整个单词都丢失了，2-em dash 的左右两侧都应留出空格，如果只有一部分丢失，那么在 2-em dash 和单词现存部分之间不应有空格。如果 2-em dash 代表整个单词的结束，那么之后应留出正常的词间空格。
例句：

"The region gives its —— to the language spoken there.
Admiral N—— and Lady R—— were among the guests.
David H——h [Hirsch?] voted aye.

3-em dash 用于参考文献（bibliography），后面接一个句号（.），表示和上一条是同一个作者。
例句：

———. The Last Dinosaur Book. Chicago: University of Chicago Press, 1998.

关于 en dash 和 em dash的用法，在英、美略有习惯差异，例如有的英国出版机构，如剑桥大学出版社、企鹅、劳特里奇等，喜欢用两边带空格的 en dash 来替代两边不带空格的 em dash，但这在美国很少见，而另一部分英国出版机构，如牛津大学出版社，也支持美国那种两边不带空格的 em dash 风格。

下面解决第二个问题，在科学论文中，这几种标点的使用有什么特殊之处。

一般性的使用，如连接复合词、数字、年代等，和上面介绍的普通用法一致，但有两点或许需要特别注意。

1. 慎用 en dash

为了避免和减号混淆，有的地方最好不要用 en dash。
例句：

with temperature of −5 to 25°C 【正确】
with temperature of −5–25°C 【错误】

−4 to −6°C 【正确】
−4– −6°C 【错误】

2. 少用 em dash

有一部分科技论文写作参考书，例如 Mastering Scientific and Medical Writing: A Self-help Guide，认为在科技论文中三种 em dash 一律不应采用，em dash 经常表示一种强有力的打断，如果可能，最好用更平滑、更柔和的圆括弧替代。

权威的 Scientific Style and Format: The CBE Manual for Authors, Editors, and Publishers 也不推荐在参考文献中使用 3-em dash 来表示相同作者这一格式。

Book printing differs significantly from ordinary typing with respect to dashes, hyphens, and minus signs. In good math books, these symbols are all different; in fact there usually are at least four different symbols:
　　　a hyphen (-);
　　　an en-dash (–);
　　　an em-dash (—);
　　　a minus sign (-).
Hyphens are used for compound words like ‘daughter-in-law’ and ‘X-rated’. En-dashes are used for number ranges like ‘pages 13–34’, and also in contexts like　‘exercise 1.2.6–52’. Em-dashes are used for punctuation in sentences—they are　what we often call simply dashes. And minus signs are used in formulas. A　conscientious user of TeX will be careful to distinguish these four usages, and here is how to do it:
　　　for a hyphen, type a hyphen (-);
　　　for an en-dash, type two hyphens (--);
　　　for an em-dash, type three hyphens (---);
　　　for a minus sign, type a hyphen in mathematics mode ($-$).

在TeX中，连字符需要使用手动添加的并不多，因为TeX的断词算法相当强大，断行+断词的情况下会自动添加连字符。如需添加其他的断字选项，可使用\hyphenation{mom-ent}这个命令进行仿制。而对于连字符的形式，你都可以换成任意的符号形式，这需要使用\hypenchar命令进行调整。

而em-dash和en-dash的生成机制是TeX的tfm中预先设定好的ligature作用得到的。这个方法省事一点。TeX用户需要的只是多敲入-即可。减号呢，也是用连字符可以输入的，在TeX中会自行转换。至于混用，则就不是TeX的问题，是作者的偏好了。

• Hyphen (-)

Hyphen 就是连字号，主要用在以下几种情况：

1. 行末单词换行，例如
   We, therefore, the represen-
   tatives of the United States
   of America…
2. 连接前缀与后缀，例如
   co-workeranti-intellectual
3. 连接复合词的各个组成部分，例如
   28-year-old woman
4. 分隔数字，例如
   Tel: 585-362-4115
   ISBN: 7-80087-535-0

• En dash (–)

En dash 是连接号，其长度等于大写字母 N，是 em dash 的一半，主要用在以下几种情况：

1. 连接数字表示起止范围，相当于中文里的「～」，例如
   June–July 1967
   1:00–2:00 p.m.
   pp. 38–55
   President Jimmy Carter (1977–81)
2. 表示两者之间的关系和联系，相当于中文里的「－」，例如
   The Supreme Court voted 5–4 to uphold the decision.
   Boston–Hartford route
   mother–daughter relationship
   The Glass–Steagall Act
3. 在复合词构成的形容词定语中替代 hyphen，例如
   pre–Civil War era
   Pulitzer Prize–winning novel
   public-school–private-school rivalries
   New York–London flight

在使用 en dash 时要注意，其前后都不留空格，除非是不留空格影响美观的时候，例如用「12 June – 3 July」替代「12 June–3 July」。
此外，由于 en dash 的长度通常与加号（+）一样，所有有的时候也被用来替代减号（−），但实际上 en dash 与减号是不同的。

• Em dash (—)

Em dash 的长度等于大写字母 M，使用方法与中文的破折号（——）类似， 主要用在以下几种情况：

1. 替代逗号，将一个特定的概念从一个句子的主要从句中分离出来，例如
   Sometimes writing for money—rather than for art or pleasure—is really quite enjoyable.
2. 分隔一个插入的想法或从句，例如
   I can’t believe how pedantic Ken is about writing—I mean, doesn't he have anything better to do?
3. 表示对话被打断，例如
   “I reached in and pulled the spray can out of my pants—” 
   “In front of the police?”

在使用 em dash 时也要注意，其前后都不留空格。
另外，还有 2-em dash 和 3-em dash 两种用法：

• 2-em dash

2-em dash 即两个 em dash 连写，主要用于：

1. 表示在单词中省略了字母，例如
   Mr. H—— and Mr. S—— entered into a legal agreement.
2. 表示在句子中省略了单词，这时前面需要加空格，例如
   I distinctly heard him say, “Go away or I’ll ——”.

• 3-em dash

3-em dash 即三个 em dash 连写，主要用于：

1. 表示在句子中省略了单词，与 2-em dash 的第二种用法相同
2. 在参考文献目录中，如果紧接着的条目作者相同时用以省略，例如
   Acemoglu, Daron, 1999. “Patterns of Skill Premia” NBER Working Paper No. 7018.
   ———, 2001. “Directed Technical Change”, NBER Working Paper No. 8287.

那么，如何在电脑上输入这几种符号呢？

• Hyphen (-)

Hyphen 的 Unicode 编码是 U+2010，在 MS Word 里可以先输入 2010 再按 Alt + X。
不过在 ASCII 编码系统中，hyphen 被编为45号字符「hyphen-minus」，也就是我们电脑键盘上「0」和「=」之间的那个「-」。在通常情况下我们直接使用这个符号就可以了。

• En dash (–)

En dash 的 Unicode 编码是 U+2013，在 MS Word 里可以先输入 2013 再按 Alt + X，更简便的方法是利用 MS Word 的自动更正功能：按空格，按两下「-」，再按空格，例如输入「this is -- a test」，将转换为「this is – a test」（当然，要注意 en dash 前后一般是不留空格的）。
En dash 在 Windows 里可以用 Alt + 0150 （即按下 Alt 键的同时依次按下 0150）来输入，在 Mac 里可以用 ⌥+ - 来输入，在 TeX 里可以用 -- 输入，在 HTML 里可以用 – 来输入。

• Em dash (—)

Em dash 的 Unicode 编码是 U+2014，在 MS Word 里可以先输入 2014 再按 Alt + X，更简便的方法是利用 MS Word 的自动更正功能：不加空格，直接按两下「-」，例如
输入「this is--a test」，将转换为「this is—a test」
Em dash 在 Windows 里可以用 Alt + 0151 来输入，在 Mac 里可以用 ⌥ + ⇧ + - 来输入，在 TeX 里可以用 ---输入，在 HTML 里可以用 — 来输入。

• Minus sign (−)

减号的 Unicode 编码是 U+2212，在 MS Word 里可以先输入 2212 再按 Alt + X。
减号在 TeX 里可以用 $-$ 输入，在 HTML 里可以用 − 来输入。显示全部

果仁

-{}-

搞定～
LaTeX sees two hyphens as a single token representing another sort of hyphen. By using a {} token. You say to LaTeX things before and after the {} chars have another context. TeX can only read multiple chars as one token if they are in the same context.

U+2013（–）和U+2014（—）就是没什么特别含义的dash，在不同的语言中可以有不同的使用方法。magasa的答案说的实际是英文的用法，而在中文里，U+2014（—）被称作破折号，使用方法当遵循《中华人民共和国国家标准标点符号用法》（http://www.sasac.gov.cn/n1180/n1271/n6716920/n6716950/n6723785/6723901.html）必须成对使用。

4.10 破折号
4.10.1 破折号的形式为“——”。
4.10.2 行文中解释说明的语句，用破折号标明。例如：

a) 迈进金黄色的大门，穿过宽阔的风门厅和衣帽厅，就到了大会堂建筑的枢纽部分——中央大厅。
b) 为了全国人民——当然包括自己在内——的幸福，我们每个人都要兢兢业业，努力工作。

4.10.3 话题突然转变，用破折号标明。例如：

“今天好热啊！——你什么时候去上海？”张强对刚刚进门的小王说。

4.10.4 声音延长，象声词后用破折号。例如：

“呜——”火车开动了。

4.10.5 事项列举分承，各项之前用破折号。例如：

根据研究对象的不同，环境物理学分为以下五个分支学科：
——环境声学；
——环境光学；
——环境热学；
——环境电磁学；
——环境空气动力学。

U+2014（—）在Unicode规范中有一句注释"may be used in pairs to offset parenthetical text"，这个作用适用于多种语言，在中文中对应于4.10.2的描述。

实际上Unicode中，"Dash"型的字符比你想象的要多 它们家族的成员包括：
U+002D HYPHEN-MINUS -
U+058A ARMENIAN HYPHEN ֊
U+05BE HEBREW PUNCTUATION MAQAF ־
U+1400 CANADIAN SYLLABICS HYPHEN ᐀
U+1806 MONGOLIAN TODO SOFT HYPHEN ᠆
U+2010 HYPHEN ‐
U+2011 NON-BREAKING HYPHEN ‑
U+2012 FIGURE DASH ‒
U+2013 EN DASH –
U+2014 EM DASH —
U+2015 HORIZONTAL BAR ―
U+2E17 DOUBLE OBLIQUE HYPHEN ⸗
U+2E1A HYPHEN WITH DIAERESIS ⸚
U+2E3A TWO-EM DASH ⸺
U+2E3B THREE-EM DASH ⸻
U+301C WAVE DASH 〜
U+3030 WAVY DASH 〰
U+30A0 KATAKANA-HIRAGANA DOUBLE HYPHEN ゠
U+FE31 PRESENTATION FORM FOR VERTICAL EM DASH ︱
U+FE32 PRESENTATION FORM FOR VERTICAL EN DASH ︲
U+FE58 SMALL EM DASH ﹘
U+FE63 SMALL HYPHEN-MINUS ﹣
U+FF0D FULLWIDTH HYPHEN-MINUS －