IGV变异可视化设置要点
IGV变异可视化设置要点
IGV基因组浏览器(interactive genome visualization)是目前最常用的基因组学可视化工具,本文简单介绍一下NGS生信进行SNV、INDEL变异可视化的常用设置和基础操作。
变异可视化
- 点击菜单栏View-Preferences-Alignments,在Downsampling栏目,取消Downsample reads,或者下面两个文本框填入想要的reads数。
解释:Downsampling降采样,在高深度测序区域只显示部分reads,对于低频突变特别不友好,我甚至见过一个10几条reads支持的低频变异连一条支持reads都不显示的情况。如果需要查看高深度测序区域变异情况最好取消降采样。
- Alignment Track Options栏目,Color alignments by选择“READ_STRAND”,这样不同链的reads会用红蓝双色分别显示,有助于可视化变异的链偏好性
- Show mismatched bases,显示不匹配的碱基,变异可视化的基础,必选
- Show center line,显示中心线,有助于定位到当前展示的变异,必选
基本操作
- 在中心线位置的碱基处右键选择按碱基排序,会优先显示变异碱基
- 点击某一位置的覆盖度track,显示该位置各碱基变异分布情况
- 右键选择按成对reads查看,可以看到变异在双端测序的成对reads上的覆盖情况
IGV变异可视化设置要点相关推荐
- R语言ggplot2可视化设置轴坐标上的数值全部为整数实战:display only integer values on axis
R语言ggplot2可视化设置轴坐标上的数值全部为整数实战:display only integer values on axis 目录 R语言ggplot2可视化设置轴坐标上的数值全部为整数实战:d
- R语言ggplot2可视化设置不同的图像主题(theme):使用各种不同的主题(theme)可视化数据、单的黑白主题theme_bw主题(theme)、默认的主题(theme)可视化数据
R语言ggplot2可视化设置不同的图像主题(theme):使用各种不同的主题(theme)可视化数据.单的黑白主题theme_bw主题(theme).默认的主题(theme)可视化数据 目录
- R语言ggplot2可视化设置数据点的大小、设置数据点的颜色、设置数据点边缘线条的厚度(point border thickness)实战
R语言ggplot2可视化设置数据点的大小.设置数据点的颜色.设置数据点边缘线条的厚度(point border thickness)实战 目录
- 《CATIA V5 从入门到精通(第二版)》——2.5 草绘可视化设置(Visualization)
本节书摘来自异步社区<CATIA V5 从入门到精通(第二版)>一书中的第2章,第2.5节,作者: 高飞 , 李昕 更多章节内容可以访问云栖社区"异步社区"公众号查看. ...
- 永磁同步直线电机仿真实例,仿真教学 maxwell16.0版本 包括图中模型以及一个仿真设置要点word文档教程
永磁同步直线电机仿真实例,仿真教学 maxwell16.0版本 12槽11极 包括图中模型以及一个仿真设置要点word文档教程 ID:69100643350855880陈cola
- oracle设置会计科目管理器,系列之四:ORACLE EBS基础设置要点简介(E) - season的日志 - 网易博客...
ORACLE EBS 基础设置要点简介 九.结语 (注:网站批量发图有问题,上传后显示不清楚.点击图片打开后,质量尚可. 七.工作流 系统关于工作流的设置工作包含两部分工作,一是基于企业的特殊需要,使 ...
- ansys的kbc_ANSYS中接触单元参数设置要点
ANSYS中接触单元参数设置要点 一.ANSYS接触单元几个关键选项的含义 The element KEYOPTS allow you to control several aspects of co ...
- Python+matplotlib可视化设置图例位于柱状图下方
推荐教材: <Python数据分析.挖掘与可视化>(慕课版)(ISBN:978-7-115-52361-7),董付国,人民邮电出版社,定价49.8元,2020年1月出版,2021年3月第6 ...
- unity 可视化渲染管线_如何为高端可视化设置Unity的高清渲染管道
unity 可视化渲染管线 Prior to Unite Copenhagen in September 2019, Unity collaborated with Lexus and its age ...
- 面试六要点_家庭办公室设置要点:改善空间的6条原则
面试六要点 A good home office setup is the sum of its parts. Great Wi-Fi isn't going to offset the mounti ...
最新文章
- 随想_8_Windows_XP_Explorer_错误
- GPT2文本生成有问题?这里有些潜在解决思路
- numpy给数据新增一个维度np.newaxis及其使用场景
- GAN处理手写图片数据集
- 第七章:清楚简洁的英文 --《英语科技写作(文法与修辞原则)》by 方克涛
- Spring Boot系列教程六:日志输出配置log4j2
- linux系统反应优化,细说Linux系统优化-实践篇【转载】
- [Jquery Plugin]Jquery Tabs 插件简介-更友好地组织你的页面 (转)
- python禁用键盘鼠标_在Python中禁用或锁定鼠标和键盘?
- vue项目中使用百度离线地图(最新全面爬坑版)
- 减少域名DNS解析时间将网页加载速度提升新层次
- java高速公路收费管理计算机毕业设计MyBatis+系统+LW文档+源码+调试部署
- 王立柱《c语言》3.5.4
- association的使用
- windows下用mobaxterm代替mtputty
- 【尾篇】《信息资源管理》第7章 | 企业与政府信息资源管理
- 爱数oracle备份软件,爱数备份软件下载 爱数备份卫士 数据备份软件
- android 注册广播代码(备用)
- 上海贝尔RG100A-CA无线猫破解教程
- 什么是ARM处理器?ARM处理器有哪些优点?
热门文章
- 【P5385】【Cnoi2019】须臾幻境(LCT)
- 计算机知网期刊排名,中国知网网络首发期刊榜单发布,《重庆医学》进入高发文量TOP50(科技类)...
- python添加模块搜索路径和包的导入_python添加模块搜索路径和包的导入方法
- ADS1256 24位ADC模块
- LTE 中的ANR以及TNL介绍
- Ajax 入门Demo
- 【Android】PC端同步手机画面
- Windows Home Server V2 Code Name Vail Preview
- 浅析数据仓库和建模理论
- 2022“杭电杯”中国大学生算法设计超级联赛(2)题解报告