Beagle填充之坑ERROR: REF field is not a sequence of A, C, T, G, or N characters at

一、哔哔两句

本来这篇文章没有报着去写的态度的，但是我遇见的这个bug目前国内还是搜索不出来，那就捯饬捯饬，做个记录吧。

二、上报错

今天在做beagle时遇见了这么个问题。就是说除了ATCG变体意外还有其他的。那就。。。
删除呗。。。

三、解决过程

No genetic map is specified: using 1 cM = 1 Mb
ERROR: REF field is not a sequence of A, C, T, G, or N characters at 1:47721496 [1]
ERROR: REF field is not a sequence of A, C, T, G, or N characters at 1:16800804 [2]
ERROR: REF field is not a sequence of A, C, T, G, or N characters at 1:60911674 [2]

解决方案：

删除非 A、T、C、G 变体：

plink --bfile V4cl36 --list-duplicate-vars ids-only suppress-first
plink --bfile V4cl36 --alleleACGT --snps-only just-acgt --exclude plink.dupvar --make-bed --out V4cl36-acgt

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