GEO2R/GEOquery的结果可能是错的！！！

前言

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集）等内容。

在准备GEO/TCGA培训时，因为部分数据来自NCBI GEO数据库，就系统梳理了GEO数据库的结构和存储方式，顺便也看了GEO2R的使用。然后就发现了一个问题，可能直接使用GEO2R的分析结果是错误的。

原因见下图（官网介绍截图）

而GEO2R的R代码使用的是GEOquery获取GSEMatrix，所以如果我们自己写代码这样获取非原始数据时，也有可能得到的数据是不可比的。

所以，还是建议使用工具或命令之前，好好读一下帮助文档，做到心中有数，知其所以然。如果能基于原始数据进行分析，可以做更多的质控和更深入的比较。如果不能，分析之前看下数据的分布是否均一 (median-centered)。

所以生信宝典的原理类文章，值得好好阅读。

典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集
典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - 数据获取到标准化
GO、GSEA富集分析一网打进
GSEA富集分析 - 界面操作
WGCNA分析，简单全面的最新教程
PCA主成分分析实战和可视化附R代码和测试数据
一文掌握GSEA，超详细教程

从课件中截取GEO简介部分分享如下：

GEO2R/GEOquery的结果可能是错的！！！相关推荐

为什么GEO2R/GEOquery的结果可能是错的？
为什么GEO2R/GEOquery的结果可能是错的? 在准备GEO/TCGA培训时,因为数据部分来自NCBI GEO数据库,就系统梳理了GEO数据库的结构和存储方式,顺便也看了GEO2R的使用.然后就 ...
基因功能不确定？做一下单基因GSEA怎么样？
生物信息学习的正确姿势 NGS系列文章包括NGS基础.在线绘图.转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这).ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程).单细胞 ...
可视化之为什么要使用箱线图？
生物信息学习的正确姿势 NGS系列文章包括NGS基础.高颜值在线绘图和分析.转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这).ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流 ...
生信宝典教程大放送，一站式学习生信技术
生物信息学包含生物数据分析.数据可视化.重复工作程序化,是生物.医学科研必备的技能之一.生信宝典精心组织生信学习系列教程.生信工具精品教程,通过大量的生信例子.关键的注释.浓缩的语句和录制的视频帮助快 ...
送书 | 知乎阅读300w+的生信学习指南（更新版）
先送书在上周的留言送书活动中,恭喜下面这位读者获得书籍"Oracle高性能系统架构实战大全",请及时与生信宝典编辑(shengxinbaodian)联系. 2020过去三分之一了 ...
单基因GSEA，还是基于单基因表达谱分组后的GSEA？
今天在讨论群看到有群友提问单基因GSEA怎么做?.之前也看到过这个概念,但一直不清楚这个单是什么含义,一直以为是用单个基因做GSEA.如果之前看过生信宝典的一文掌握GSEA,超详细教程,一定会特别熟 ...
生信宝典文章集锦，一站式学习生信！众多干货，有趣有料
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题.但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程 ...
单基因gsea_单基因GSEA怎么做？
生物信息学习的正确姿势 NGS系列文章包括NGS基础.在线绘图.转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这).ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程).单细胞 ...
GEO2R数据下载速度慢、基因注释、差异分析、火山图、热图及后续处理
GEO2R数据分析首先感谢生信技能树大神jmzeng1314提供的github包,由于我这边访问github比较困难,因此我已经导入到我的 gitee 托管平台 https://gitee.com/ ...

GEO2R/GEOquery的结果可能是错的！！！

GEO2R/GEOquery的结果可能是错的！！！相关推荐

最新文章

热门文章