测序比对软件的总结----bowtie2

#bowtie2

适用情况
chip-seq,atac-seq
使用方法

下载参考基因组
FASTA文件下载自genecode网站

wget -c -t 0 https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M29/GRCm39.genome.fa.gz

下载完成之后，解压缩文件

gunzip GRCm39.genome.fa.gz

1.生成索引文件

  bowtie2-build GRCm39.genome.fa mouse_h39

bowtie2-build–bowtiw2的程序
GRCm39.genome.fa–刚下载出来的基因组文件
mouse_h39–自己给index的命名

2.把自己的数据FASTQ文件比对到基因组上
单末端使用 “-U”

bowtie2 --local -x mouse_h39 -U /xx/xx/SRR2243229_1_trimmed.fq -S SRR2243229_1_trimmed.fq.sam

双末端 “-1 -2”

bowtie2 --local -x mouse_h39 -1 /xx/xx/SRR12207279_1_trimmed.fq -2 /xx/xx/SRR12207279_2_trimmed.fq -S /xx/xx/SRR12207279.sam

bowtie2 --程序
–local 比对模式
-x上一步生成的索引文件
-U 单末端的数据
-1 自己的数据的一端
-2 自己的数据的另一端
-S 输出的完成之后的SAM文件

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