python计算目标文件夹中各文件的GC含量

由于需要批量迅速的计算大量散装文件的GC含量，学习他人已有的代码，稍做修改，将两个功能合起来。

代码：

from collections import OrderedDict
import os

path ='D:\\????'
#更换文夹路径，下一层是待计算文件

def get_filelist(dir):

Filelist = []

for home, dirs, files in os.walk(path):

for filename in files:

# 文件名列表，包含完整路径

Filelist.append(os.path.join(home, filename))

# # 文件名列表，只包含文件名

# Filelist.append( filename)
return Filelist

if __name__ =="__main__":

Filelist = get_filelist(dir)
print(len(Filelist))

for file in Filelist:
print(file)
ID_name = ''
temp_dict = OrderedDict()
with open(file,'r') as f:

for line in f:
if line.startswith('>'):
ID_name = line.strip()
temp_dict[ID_name] = '' #给temp_dicr[ID_name]一个空值，为了将ID存进字典里。

else:
temp_dict[ID_name] += line.strip() #这里也需要.strip()

for ID,seq in temp_dict.items():
GC_num = seq.count('G') + seq.count('C')
# if len(seq) == 0:
# continue
GC_ration = GC_num/len(seq)
print (ID + " ====> " +"%.8f"%GC_ration)
f.close()

代码来源：

GC含量计算：

https://www.cnblogs.com/nklzj/p/6275729.html#!comments

文件夹遍历：

https://blog.csdn.net/C_chuxin/article/details/83446602

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