linux邻近进化树分析,使用evolview美化进化树
1.evolview地址及使用
进化树美化,evolview官方地址:https://evolgenius.info//evolview-v2/#login 要求使用以下浏览器打开,不支持IE浏览器和360浏览器:
2 进化树美化
可点击以下方箭头处添加分支颜色,可点击下图红框框处查看官方详细配置说明:
然后在配置文件里面输入,需要添加颜色的分组信息,如下:
AT2G04880.1,AT2G30250.1 blue ad
AT4G01250.1,AT4G31550.1 red ad
AT4G39410.1,AT5G49520.1 yellow ad
第一列为,从一个基因到另一个基因之间,表示范围;第二列,为设置颜色,最后一列 ad表示为所有枝设置颜色;列和列之间注意用tab分隔开;
然后提交,就可以得到进化树分支颜色设置后的进化树:
2.2 进化树设置分支label的颜色等
这是设置的配置文件内容如下 ,与分支颜色设置相似,也支持单独基因设置颜色(最后一行);点击红色箭头处,然后将以下内容粘贴上去:官方配置说明
AT4G31550.1,AT4G01250.1 red ad
AT2G30250.1,AT2G04880.1 blue ad
AT1G80840.1 yellow
提交之后的结果:
2.3 进化树设置分支label的背景颜色设置
可点击上图图红框框处查看官方详细配置说明;配置文件如下:官方说明
AT4G01720.1,AT1G55600.1 red ad
AT2G40740.1,AT4G23810.1 green ad
设置之后结果:
2.4 进化树添加星号标签
设置参数如下,第一列为基因的ID,后面为设置形状以及颜色,上图图红框框处查看官方详细配置说明。详细说明见官方文档。
AT4G01250.1 triangle,red:red
AT3G58710.1 triangle,red:red
AT1G29280.1 triangle,red:red
AT2G34830.1 triangle,red:red
AT1G30650.1 triangle,red:red
AT5G52830.1 triangle,red:red
AT4G23550.1 triangle,red:red
AT2G21900.1 triangle,red:red
AT5G45050.1 triangle,red:red
AT2G30590.1 triangle,red:red
AT2G24570.1 triangle,red:red
AT3G04670.1 triangle,red:red
AT2G23320.1 triangle,red:red
AT5G28650.1 triangle,red:red
AT4G24240.1 triangle,red:red
AT4G31550.1 triangle,red:red
AT2G04880.1 star,blue:blue
AT5G56270.1 star,blue:blue
AT4G26440.1 star,blue:blue
AT3G01080.1 star,blue:blue
AT4G12020.1 star,blue:blue
AT2G03340.1 star,blue:blue
AT4G26640.1 star,blue:blue
AT1G13960.1 star,blue:blue
AT2G37260.1 star,blue:blue
AT2G38470.1 star,blue:blue
AT5G07100.1 star,blue:blue
AT2G30250.1 star,blue:blue
结果如下:
2.5 进化树分组圆环
添加分组圆环,设置按钮如下:
!grouplabelcolor=black,fontsize=14,fontcolor=black,linewidth=2
AT4G01250.1,AT4G31550.1 text=group1,fontcolor=red,linewidth=4
AT4G39410.1,AT5G49520.1 text=group2,linecolor=darkgrey,fontcolor=purple,linestyle=dashed
AT5G01900.1,AT1G66560.1 text=group3,color=darkgreen,textorientation=vertical,linewidth=4,fontsize=16
说明如下,带!号的行为全局变量,也就是默认设置参数;其他第一列用,号隔开表示范围,空格之后为各种group分组圆环的显示方式:text为分组名称,fontcolor为字体颜色,linewidth圆环粗细,textorientation控制分组名称对齐样式。
2.6 进化树批量修改基因名字
有时候我们想批量重命名基因的名字,可参考iTOL使用:https://www.omicsclass.com/article/604,然后导出nwk格式的文件再到evolview中编辑。
2.7 进化树bootstrap值修改参考
最后来一个组合图,看看设置的效果,当然我只是教大家如何使用,美观度上还是不足,见谅:
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