基因课笔记3：从源代码安装samtools、fastqc的安装、环境变量和shell

1、从源代码安装samtools

创建一个samtools安装目录

mkdir samtool

进入安装目录

cd samtool

wget samtools的下载url
tar -jxvf samtools的安装包

//tar -zxvf xxx.tar.gz
//tar -jxvf xxx.tar.gz

进入解压目录

less README

阅读readme文档

less INSTALL

//阅读INSTALL文档，查看编译安装方法

./configure --prefix=/home/u3034/samtool

//设置安装环境，这里是安装在/home/u3034/samtool这个目录下，否则容易出现安装失败

make
//编译
make install
//安装

2、fastqc的安装

mkdir fastqc

//创建一个fastqc安装目录

cd fastqc
wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip
unzip 一个zip的压缩文件

//解压

cd FastQC/chmod a+x fastqc
//给所有用户添加可执行权限./fastqc -h

3、环境变量

echo $PATH
//查看环境变量路径echo PATH=$PATH:/home/u3034/samtool等等
//添加环境路径，下次就失效vi .profile
//在最后一行加上echo PATH=$PATH:/home/u3034/samtool等等source .profile

vi a.sh
//编写一个shell脚本，里面写命令内容，方便查看
sh a.sh
//执行shell的命令

a.sh的内容

nohup fastqc test.1.fastqc &
nohup fastqc test.2.fastqc &

//nohup后台继续执行，就算与远程服务器断开来连接也继续执行，日志保存在nohup.out中；&
两条命令同时执行

ps:
1、blast预编译版本下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz
修改时间：2019/3/12 上午8:06:00
2、blast源码下载地址：
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz.md5
修改时间：2019/3/12 上午8:09:00

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