AmiGO2:在线浏览和查询GO信息的利器

2024-05-16 05:54:42

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GO数据库的信息是非常庞大的，为了有效的检索和浏览GO数据库的信息，官方提供了AmiGO, 可以方便的浏览，查询和下载对应信息，官网如下

http://amigo.geneontology.org/amigo/landing

Broswer功能，采用树状结构，提供了GO的层级分类信息，示意图如下

鼠标单击某个对应的分类，会弹出如下对话框

点击Term的链接，可以查看该层级下，所有的Gene Ontology 信息，而且可以下载，示意图如下

通过树状浏览器，可以方便的根据功能对GO数据库进行筛选。

search功能，提供了3种数据的查询方法

Annotations
Ontology
Genes and gene products

在检索时，支持不同的筛选条件，而且可以自定义的下载数据。

1. Annotations

该页面提供了物种的GO注释信息，页面如下

在页面右侧的菜单栏, 可以根据如下条件对结果进行过滤

通过Download按钮可以下载数据。

2. Ontology

该页面可以对所有Go Tems进行查询和筛选，示意图如下

目前共有44997个Go Tems, 在页面右侧的菜单栏，可以根据Ontology source和SubSet进行筛选。

Ontology source 指的是GO的三大类型，通过+将对应的条件添加到筛选条件中，目前，BP共有29682个Go Tems;MF共有11120个GO Terms;CC 共有4195个Go Tems。

Subset 代表Go slim, 指的是Go 数据库的子集，可以根据研究物种的范围筛选合适的Go skim。

筛选完成后，可以通过Custom DL下载对应结果，一次最多下载100000条记录。点击下载按钮，首先选择需要下载的列，这里我选择如下3列

得到的数据如下

GO:0015009 corrin metabolic process biological_process
GO:0015010 tetrahydrocorphin metabolic process biological_process

第一列GO编号，第二列描述信息，第三列分类，通过这种方式可以方便的得到所有Go Terms的信息。

3. Genes and gene products

该页面提供了基因产物和GO之间的对应关系，示意如下

在页面右侧的菜单栏, 可以根据如下条件对结果进行过滤

除了以上基本功能外，AmiGO2 还提供了很多实用的小工具，比如Visuzlize功能，可视化的展示某个Go Terms 在整个GO 数据库中的位置。

在输入框输入GO编号就行了，示意结果如下

会画出输入的Go Terms到根节点的结构，更多的功能请移步官网。

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