VBM后的双样本t检验

上一篇文章写到做完了VBM，做完后因为数据一般都是患者组和HC组，这两个组之间需要进行比较，那么我们就要进行双样本t检验。
这里介绍双样本t检验的做法。
依然使用的是SPM-fMRI。

1.第一步是选择Specify 2nd-level

打开以后我们可以看到这个界面，Directory就选择自己准备保存数据的文件夹。
注意：我们要做双样本t检验，打开这个界面我们会发现，Design下面默认的是单样本t检验，我们点击Design，选择Two-sample t-test。
选择完以后，就会发现有以下这些需要选择。Group 1 scans和Group 2 scans就分别选择HC组和患者组的灰质图像即可。就是上一篇文章中最后得到的smwc1xxxx图像。

之前也提到了一般是将颅内体积作为协变量来进行t检验。那么这里的Multiple covariates就需要选择New：Covariates来添加一个协变量。这里的File(s)选择时可以是.mat或者是.txt文档。我这里使用的是.txt.

txt文件的创建：
这个txt文件里应包含所有被试的颅内体积，例如前面共选择了10例HC和10例患者，那么.txt文件里应该有20个数据，并且注意顺序，应该与之前的选择顺序一致。HC在前或者患者在前。

其余的不用动，运行以后会得到一个 SPM.mat文件。

2.estimation

对上一步生成的.SPM文件进行估计，从首页选择estimate或者是直接在batch上方找到都可以。

这一步很简单，直接在select SPM.mat选择上一步得到SPM.mat文件就可以。
这一步可能会弹出是否要覆盖之前得到的SPM.mat，选择继续就可以。

3.对比

这个我在首页没有看到，在batch里可以直接选择。
SPM.mat的选择就选上一步estimate后的结果。在Contrast Sessions里选择T-contrast。
Name可以随便命名，我建议是你比较的是哪两组就写哪两组的名字，例如：HC-xx患者这种。
重要的是Weghts vector这里，我是输入的[-1 1]。这里的意思实际上就是怎么比较，
如果输入【1 -1】，得到的结果如果是正值就是A-B>0,以灰质体积为例，就可以理解为B组的灰质体积相对A组减少。如果是负值，那么意味着A-B<0，理解为B组的灰质体积相对A组增加。个人认为这样不清楚，不如写【-1 1】，结果为正就是体积增加，结果为负就是体积减少。当然这也和A和B组的顺序相关，看个人怎么选择。

其余的就没有什么了，可以运行得到结果。
这个spmT图就是最终我们得到的双样本t检验结果。这是一个nii图像，可以使用xjview打开，然后对其进行FDR校正或者FWE校正，看自己需要。xjview也可以report激活的脑区，还是很方便的。对图像进行校正后，可以使用xjview把图保存下来，再使用brainnet viewer看看，也可以得到比较好看的图。至于brainnet viewer的使用我前面有写过，可以参考一下。

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