安装平台：centos，intelicc，ifort，mpich3(intel编译器编译)，fftw3(intel编译器编译)；jpeg8a(intel编译器编译)。确定Icc ifort安装在正确，并加入到环境变量，which icc命令会有正确路径显示，mpich3 fftw3 jpeg安装在/opt/下面

1、解压，在src/目录下输入：make yes-all(先把所有包安装了)

2、在src/目录下输入：make no-lib(卸载一些需要链接外部数学库的package)

3、安装lib/下的poems、mean和reax三个包：

cd ~/LAMMPS/lib/meam

gedit Makefile.lammps

其中

meam_SYSINC =

meam_SYSLIB = -lifcore -lsvml–liompstubs5 -limf画线部分改为-lgfortran

meam_SYSPATH = -L/opt/intel/fce/10.0.023/lib删除画线部分

make -f Makefile.ifort  (安装meam)

cd ~/LAMMPS/lib/poems

make -f Makefile.icc

cd ~/LAMMPS/lib/reax

更改Makefile.lammps中的lompstub为liompstubs5

make –f Makefle.ifort

然后src/目录下make yes-poems, make yes-meam, make yes-reax

4、修改src/MAKE/目录下的Makefile.linux如下：

CC =           icc

CCFLAGS =      -O

DEPFLAGS =     -M

LINK =         icc

LINKFLAGS =    -O

LIB =          -lstdc++

ARCHIVE =      ar

ARFLAGS =      -rc

SIZE =         size

MPI_INC =      -I/opt/mpich3/include -DMPICH_SKIP_MPICXX

MPI_PATH =     -L/opt/mpich3/lib

MPI_LIB =      -lmpich -lmpl -lpthread

FFT_INC =      -I/opt/fftw/include -DFFT_FFTW3

FFT_PATH =     -L/opt/fftw/lib

FFT_LIB =      -lfftw3

JPG_INC =      -I/opt/jpeg8b-intel/include

JPG_PATH =     -L/opt/jpeg8b-intel/lib

JPG_LIB =      -ljpeg

5、在src/目录下make linux，正常的话会生成lmp_linux可执行文件，可讲其copy到bench或者example文件夹下测试。

下面是安装过程中可能遇到的问题：

Jpeg9a没有通过，但是jpeg8b通过了，可以是因为lammps版本比jpeg9a版本高。

错误：ld: cannot find –lompstub

(此问题是intel编译器遇到的问题)

lib/reax/Makefile.lammps-lompstub -> -liompstubs5lib/meam/Makefile.lammps-lompstub -> -liompstubs5

测试：将lmp_linux复制到example/colloid文件夹，在终端运行：./lmp_linux

出现错误：./lmp_linux: error while loading shared libraries: libjpeg.so.8: cannot open shared object file: No such file or directory

解决：修改环境变量，在~/.bashrc中加入下面一行：

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/jpeg8b-intel/lib:$LD_LIBRARY_PATH

LD_LIBRARY_PATH是动态库路径，动态库.so文件编译时候不需要，编译的时候需要静态库.a文件。没有.so文件但是正确指定了.a文件的路径，可以正常编译成可执行文件，但是运行的时候会出错。所以需要将.so文件路径加到LD_LIBRARY_PATH中，因为程序运行的时候自动搜索这些路径需找相应的.so文件。

切换到计算机点上遇到类似问题：./lmp_linux: error while loading shared libraries: libifcore.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

解决：在~/.bashrc中加入下面一行：

Export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/composer_xe_2013.1.117/compiler/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH

计算节点上intel的动态库路径和主节点不一致，所以需要添加。

另外可以在~/.bashrc中加入下面两行：

export PATH=/home/wangyanfang/LAMMPS/src:$PATH

export PATH=/opt/mpich3/bin:$PATH

加入第一行后，以后运行程序时不用再将lmp_linux复制到相应目录，直接用lmp_linux

第二行是平行的时候用到的mpi，个人推荐mpich3，比较简单，不用启动mpd，直接运行mpiexec就行，例如：mpiexec -n 4 lmp_linux

安装平台：centos，gcc ,g++，mpich3(intel编译器编译)，fftw3(intel编译器编译)，jpeglib；

Icc ifort安装在/opt/intel下，mpich3 fftw3 jpeglib安装在/share/apps/下面

特别注意：此安装步骤是在只有gnu编译器情况下，如果有intel编译器，需要把intel的相关环境变量删掉，which icc没有输出的情况再编译安装mpich3和fftw3

1、解压，在src/目录下输入：make yes-all(先把所有包安装了)

2、在src/目录下输入：make no-lib(卸载一些需要链接外部数学库的package)

然后src/目录下make yes-poems。。。。。。。

4、修改src/MAKE/目录下的Makefile.g++如下：

CC =           g++

CCFLAGS =      -g -O # -Wunused

DEPFLAGS =     -M

LINK =         g++

LINKFLAGS =    -g -O

LIB =

ARCHIVE =      ar

ARFLAGS =      -rc

SIZE =         size

MPI_INC =      -I/share/apps/mpich3-gnu/include -DMPICH_SKIP_MPICXX

MPI_PATH =     -L/share/apps/mpich3-gnu/lib

MPI_LIB =      -lmpi

FFT_INC =      -I/share/apps/fftw-gnu/include -DFFT_FFTW3

FFT_PATH =     -L/share/apps/fftw-gnu/lib

FFT_LIB =      -lfftw3

JPG_INC =      -I/share/apps/jpeg-gnu/include

JPG_PATH =     -L/share/apps/jpeg-gnu/lib

JPG_LIB =      -ljpeg

5、在src/目录下make g++，正常的话会生成lmp_g++可执行文件，可讲其copy到bench或者example文件夹下测试。这样安装的在集群计算节点也能正常运行。

附录A：

查看已经安装了那些包

make package-status

需要特殊安装就

make yes-meam

make yes-reax

make yes-peri即make yes-*

也可以make yes-all，会因缺少文件出错所以不建议，也可都卸载make no-all

(几个特殊的package:meam,poems,reax,gpu,user-atc需要特别安装，如下)

同时注意，因为你用的是gfortran编译器，所以里面有个Makefile.lammps的文件需要修改一下，poems不用它用的是g++编译器：

cd /mnt/lmp/lib/meam

gedit Makefile.lammps

其中

meam_SYSINC =

meam_SYSLIB = -lifcore -lsvml –lompstub-limf画线部分改为-lgfortran

meam_SYSPATH = -L/opt/intel/fce/10.0.023/lib删除画线部分

make -f Makefile.gfortran   (安装meam)

cd /mnt/lmp/lib/poems

make -f Makefile.g++

cd /mnt/lmp/lib/reax

gedi