火山图 volcano

一、数据集准备

主要用到的就是log2foldchange和pvalue/padj值

二、画图

library(ggplot2)k_DIPG17_2_1_merge_2vs1_25 <- read.csv("DIPG17_2_1_merge_2vs1_25.csv")
DIPG17_2_1_merge_2vs1_25_up<-subset(k_DIPG17_2_1_merge_2vs1_25,pvalue<0.05 & log2FoldChange >1)
DIPG17_2_1_merge_2vs1_25_down<-subset(k_DIPG17_2_1_merge_2vs1_25,pvalue<0.05 & log2FoldChange < -1)
DIPG17_2_1_merge_2vs1_25_none<-subset(k_DIPG17_2_1_merge_2vs1_25,pvalue>0.05 | (log2FoldChange< 1 &log2FoldChange> -1))up_2vs1_25<-dim(DIPG17_2_1_merge_2vs1_25_up)[1]
down_2vs1_25<-dim(DIPG17_2_1_merge_2vs1_25_down)[1]
none_diff_2vs1_25<- dim(DIPG17_2_1_merge_2vs1_25_none)[1]
total<-up_2vs1_25+down_2vs1_25uplable=paste("Up :",up_2vs1_25)
downlable=paste("Down :",down_2vs1_25)
none_diff_lable=paste("No Change:",none_diff_2vs1_25)DIPG17_2_1_merge_2vs1_25_up$sig<-uplable
DIPG17_2_1_merge_2vs1_25_down$sig<-downlable
DIPG17_2_1_merge_2vs1_25_none$sig<-none_diff_lable
k_DIPG17_2_1_merge_2vs1_25<-rbind(DIPG17_2_1_merge_2vs1_25_up,DIPG17_2_1_merge_2vs1_25_down,DIPG17_2_1_merge_2vs1_25_none)
logpadj= -log10(k_DIPG17_2_1_merge_2vs1_25$padj)p <- ggplot(k_DIPG17_2_1_merge_2vs1_25)+geom_point(aes(x=log2FoldChange,y=logpadj,color=sig),size=0.8)
p <- p + ggtitle(paste(""))+xlab("log2FoldChange")+ylab("-log(padj)")+expand_limits(x=c(-10,10))
p<-p+scale_color_manual(values=c("blue","grey","red"))
p

得到火山图

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