利用MEGA做序列比对

MEGA是Molecular Evolutionary Genetics Analysis的英文简称，MEGA是一款功能强大、操作简单，图形化界面的应用于分子进化遗传学分析的软件。

1993年，MEGA首次发布，2021年7月，马上到而立之年的MEGA发布了第11版，也是目前（2022年1月）的最新版本。

下载安装

进入官网（https://www.megasoftware.net/）

对于Windows 64位用户，按照官网的默认选项下载图形化界面（GUI）即可。

序列比对

将存放着序列信息的fasta格式文件拖拽到MEGA程序中，选择align。

该序列位CDS序列，单击左上角Translated Protein Sequences，转换成PEP序列，看一下序列中间是否有*（终止密码子），没有的话直接比对，有的话需要检查一下该序列是否正确。

没问题，点击上方菜单栏Alignment下的Align by ClustalW/MUSCLE或者点击下方的W /

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