未比对上的bam reads 处理

查看

bam文件 flags 4代表read未比对上；

samtools view -f 4 *bam|less -S

提取

提取unmapped序列:

samtools view -b -h -f 4 *.bam > unmapped.bam

-h 文件包含header line;-f,提取;-b,输出为bam格式

###-F参数是过滤的意思（filter）；类似grep -v

samtools view -b -h -F 4 *.bam > mapped.bam

F意思为过滤掉以4为标签的序列

提取双端序列都mapping到参考序列（4+8）的结果

samtools view -bF 12 *.bam > mapped.bam

3.bam2fastq

bamToFastq -bam file_unmapped.bam -fq1 unmappedR1.fastq -fq2 unmappedR2.fastq

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