USEARCH11新功能简介

USEARCH是继Mothur、QIIME后的第三大流行扩增子分析流程，目前引用11588次。由Robert Edgar大神独立编写。官方网址：http://www.drive5.com/usearch/

详细介绍，请参阅

扩增子分析神器USEARCH
扩增子分析还聚OTU就真OUT了

软件优缺点

优点

跨平台
体积小巧
易用

缺点

软件64位版收费
代码不开源

v11新功能

就在2018年7月末，USEARCH(Ultra-fast sequence analysis)扩增子分析神器迎来了其第11个大版本，

具体有哪些新功能呢？

详见此页：

http://www.drive5.com/usearch/manual/whatsnewv11.html

主要新增了6大新功能，21个新命令，下面进行简介。

新特征

机器学习：主要包括随机森林、多次交叉验证、OTU分类重要性，包括的命令有森林训练、森林分类和森林交叉验证

改进嵌合体检测
新增了两种Alpha多样性指数：Mirror estimator、 Singleton-free (FE) estimator
Octave plot(八度图)展示Alpha多样性，方便观察样本品中真实序列、测序错误和嵌合体数量

样品组间多样性比较

同一性交驻验证特征预测的准确率

新命令

calc_lcr_probs: Calculate lowest common rank probabilities 计算序列物种分类各级概率
cluster_tree: Construct clusters from tree using distance cutoff 基于树文件聚类
distmx_split_identity: Split distance matrix into test/training pair for CVI 拆分距离矩阵为测试和训练集
fastx_syncpairs: Sort forward and reverse reads into the same order 双端序列找成队并排序
fastx_trim_primer: Remove primer-binding sequence from FASTx file 引物匹配并切除
forest_classify: Classify data using random forest 随机森林分类预测
forest_train: Train random forest classifier 随机森林分类器建立
nbc_tax: Predict taxonomy using RDP Naive Bayesian Classifier algorithm 采用RDP算法预测分类学物种注释
otutab_binary: Convert OTU table with counts to presence(1) / absence(0) 转换OTU表为二元(有、无)形式
otutab_forest_classify: Classify samples using random forest 样品随机森林分类
otutab_core: Identify core microbiome in OTU table 鉴定OTU表中核心微生物组
otutab_forest_train: Train random forest classifier on OTU table 基于OTU表的随机森林训练
otutab_otus: Extract OTU labels from OTU table 提取OTU表中的OTUs
otutab_rare: Sub-sample OTU table to same number of reads per sample 抽样标准化OTU表
otutab_samples: Extract sample labels from OTU table 提取OTUs表中样品名
otutab_select: Identify OTUs which are informative (correlate with metadata) 鉴定更有信息的OTUs,，即组间差异OTUs
otutab_xtalk: Identify cross-talk using improved algorithm (UNCROSS2) 改进算法鉴定嵌合
search_pcr2: In-silico PCR, search for matches to primer pair 电子PCR，基于引物匹配扩增区
subtree: Extracts subtree under given node 提取树中指定结点的子树
tabbed2otutab: Convert read mapping file (read+OTU) to OTU table 单行表格转换为OTU表
tree_subset: Extract subset of tree for given set of leaf labels 根据树叶标签提取子集

猜你喜欢

10000+：菌群分析宝宝与猫狗梅毒狂想曲提DNA发Nature Cell专刊肠道指挥大脑

系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组宏基因组

专业技能：学术图表高分文章生信宝典不可或缺的人

一文读懂：宏基因组寄生虫益处进化树

必备技能：提问搜索 Endnote

文献阅读热心肠 SemanticScholar Geenmedical

扩增子分析：图表解读分析流程统计绘图

16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun

在线工具：16S预测培养基生信绘图

科研经验：云笔记云协作公众号

编程模板: Shell R Perl

生物科普: 肠道细菌人体上的生命生命大跃进细胞暗战人体奥秘

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份，另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍未解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读