CentOS 7.8下安装完美安装配置Rosetta

注意编译过程中需要海量的内存(>=64GB for -j 24)。

硬件环境

CPU: 50 cores

内存： 80GB

1. 安装依赖

yum install boost-devel libstdc++ zlib zlib-devel bzip2

2. 编译器的选择

使用GCC编译器

最新的Rosetta代码编译依赖完整的C++11特性，因此我们需要更新系统自带的gcc编译器。如果使用gcc-8.21, 完全可以编译通过Rosetta.

CentOS 7.8升级gcc-8.2

使用Clang编译器

版本Clang 3.4.2, 此外你需要额外编译clang版本的openmpi。clang3.4完全兼容C++11 regex。推荐使用！并且更加灵活和快速。

yum install epel-release
yum install clang clang-devel clang-analyzer

3.OpenMPI的编译与安装

GCC编译环境:

CentOS 7.8安装OpenMPI3.1.0

环境变量配置：

vim ~/.bash_profile

#OpenMPI
export PATH=$PATH:/usr/local/openmpi/bin
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/openmpi/lib

source ~/.bash_profile #立即生效

编译安装OpenMPI3.1.0

tar -zxvf openmpi-3.1.0.tar.gz
cd openmpi-3.1.0/
./configure --prefix=/usr/local/openmpi
make -j 48
make install

Clang编译环境:

环境变量配置：

vim ~/.bash_profile

export PATH=$PATH:/usr/local/openmpi_clang/bin

source ~/.bash_profile #立即生效

基于clang编译安装OpenMPI3.1.0

#自行编译的方法:clang.并创建软连接。
tar -zxvf openmpi-3.1.0.tar.gz
cd openmpi-3.1.0/
./configure CC=clang CXX=clang++ --prefix=/usr/local/openmpi_clang
make -j 48
make install
ln -s /usr/local/openmpi_clang/bin/mpirun /usr/local/bin/mpiclang

运行时应该使用mpiclang，而不是mpirun(gcc)，避免影响其他gcc编译软件的并行。

4.Rosetta的编译与安装

环境变量配置：

vim ~/.bashrc #打开.bashrc

#Rosetta
export ROSETTA=/opt/rosetta2019
export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database
export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin
export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN
export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH

source ~/.bashrc #立即生效

编译多线程模式版本的Rosetta, 此处以调用48个核编译为例:

tar zxvf rosetta_src_2019.12.60667_bundle.tgz
mv rosetta_src_2019.12.60667_bundle.tgz rosetta2019
cd $ROSETTA/main/source/# 使用gcc编译:
./scons.py -j 48 mode=release bin extras=mpi #gcc# 使用clang编译:
./scons.py -j 48 mode=release bin extras=mpi cxx=clang

5. 测试运行

antibody.mpi.linuxgccrelease # gcc
antibody.mpi.linuxclangrelease # clang

参考资料

1. https://zhuanlan.zhihu.com/p/58384830

2. https://www.cnblogs.com/wq242424/p/5110301.html

CentOS 7.8下安装完美安装配置Rosetta相关推荐

【经验】CentOS 5.2 下用Yum安装Apache+PHP+MySQL环境
CentOS 5.2 下用Yum安装Apache+PHP+MySQL环境 Fedora 8下用Yum安装Apache+PHP+MySQL环境 fedora8 用yum来管理安装Apache+PHP+M ...
CentOS 5.4下的Memcache安装步骤(Linux+Nginx+PHP+Memcached)
CentOS 5.4下的Memcache安装步骤分享,想要配置Linux+Nginx+PHP+Memcached运行环境的朋友可以参考下一.源码包准备服务器端主要是安装memcache服务器端,目 ...
CentOS 7 系统下使用 Pyenv 安装 Python 环境
文章目录 1. CentOS 7 系统下使用 Pyenv 安装 Python 环境 1.1. Pyenv 介绍 1.2. Linux 环境下安装 Pyenv 1.3. 使用 pyenv 编译安装 Py ...
Centos 6/ 7下通过yum安装php7环境
安装php7已经是现在linux服务器必备的一款工具了,只要做网站都会考虑到使用php7了,下面我们来看Centos 6/ 7下通过yum安装php7环境的教程. 2015年12月初PHP7正式版发布 ...
Centos 6.5下一个SNMP简单配置(snmp protocol v3，监控宝)
Centos 6.5下一个SNMP简单配置(snmp protocol v3.监控宝) jom_ch@2014/7/25 1,安装 >yum -y install net-snmp net-sn ...
CentOS 7.1下KVM的安装与配置
由于没有物理机可用,在自己的VMware Workation中CentOS 7搭建完成. 首先查看VMware Workation是否支持虚拟化,把红框内打钩即可. 虚拟化开启并安装CentOS系统, ...
centos7 安装java 8_CentOS 7.8下安装完美安装配置Rosetta
硬件环境 CPU: 50 cores 内存: 80GB 安装依赖 yum install boost-devel libstdc++ zlib zlib-devel bzip2 编译器的选择使用GC ...
linux安装gcc运行时库,现在可以在CentOS 8系统下用命令安装GCC 8.3.1版本
如果你需要在CentOS 8系统下安装GCC 8,则只需要运行相关的命令就可以了,现在安装的版本是GCC 8.3.1.如果你需要编译安装GCC源码包,则本文不适合你阅读,本文就介绍安装GCC最简单的方 ...
linux gcc 6源码安装教程,CentOS 6.5下源码安装GCC-4.8.2安装笔记整理
经历了两天的虐心,写了两篇不敢发表的gcc4.8.2安装笔记,终于成功用源码安装最新的gcc-4.8.2,虽然最初只是为了试一试c++11的几个性能,但是后来不断遇到的问题和搜索中发现的这些问题在大家 ...

CentOS 7.8下安装完美安装配置Rosetta

硬件环境

1. 安装依赖

2. 编译器的选择

使用GCC编译器

使用Clang编译器

3.OpenMPI的编译与安装

GCC编译环境:

Clang编译环境:

4.Rosetta的编译与安装

5. 测试运行

参考资料

CentOS 7.8下安装完美安装配置Rosetta相关推荐

最新文章

热门文章