微生物测序样本准备方法总结
微生物测序样本准备方法
原文转自 诺禾致源,链接详见文末。本人有修改,并添加自己的经验。
在微生物测序中,样本的准备从根本上是确保获得高质量DNA的前提,而样本准备也正是让众多微生物科研工作者感到困扰的重要一步。今天就给大家分类介绍一下常见的微生物样本类型及采样方法。
医口样本类型
样本 | 种类 | 推荐生物学重复 |
---|---|---|
肠道 | 粪便,粘膜 |
|
液体 | 尿,血液,脑髓液,唾液,痰,肺泡灌洗液,羊水 | 同上 |
拭子 | 口腔,生殖道,皮肤 | 同上 |
其它 | 组织,肝脏,眼部,胎盘等 | 同上 |
农口样本类型
样本 | 种类 | 推荐生物学重复 |
---|---|---|
土壤 | 普通土,根际土,稻田土,污泥,沙土 |
|
水体 | 水库,河流,污水,海水,中水,油田,尾矿池,牛奶 | 同上 |
肠道 | 动物粪便,肠道 |
|
其它 | 根内生菌,瘤胃,发酵液,单菌,病毒 | 同上 |
医口常见样本采集方法
粪便样本采集
1)准备好便盆和粪便容器,洗手,带上手套收集新鲜的粪便样本;
2)在实验室将装好受试者粪便样本,立即放在冰上进行分装并标记;
3)用无菌牙签或粪便取样器截取样品中段里部(粪便表层含有肠粘膜脱落细胞),外部容易污染,且接触空气后,部分细菌 DNA 开始降解;
4)用灭菌离心管每管称取0.5-10g左右粪便样本,每个样本取多管备份;
5)分装好后,若当天提取DNA,可以先放4°C,长期存放需先迅速放入液氮中,之后立即放入-80°C保存。
注:如粪便样品量较多或不能马上收集,最迟要在2小时之内全部收集完。肠道内容物样品采集
1)在实验对象死亡后,用无菌解剖刀,在无菌状态下取出整个肠道,切取所需肠段的内容物(条件允许的话,可在无菌操作台进行);
2)用无菌手术刀挖取内容物,立即放在冰上进行分装并标记;
3)用灭菌离心管分装,单个样本取样量:0.2-0.5g/管。为保证实验顺利进行,每个样本取多管备份,在采样允许的情况下,尽量多采集样品;
4)分装好后,若当天提取DNA,可以先放4°C,长期存放需先迅速放入液氮中,之后立即放入-80°C保存。肠道组织样本采集
1)组织样本用无菌磷酸盐缓冲液轻轻清洗,直到没有内容物流出;
2)用无菌的显微镜玻片刮取附着在表面的组织细菌进行DNA的提取;
3)长期存放需先迅速放入液氮中,之后立即放入-80°C保存。生殖道样本采集
1)48h内无性行为,不得进行私处清洗、上药等改变菌群结构的行为,30天内不能用抗生素和抗真菌类药物;
2)用无菌棉签充分取样,用无菌剪刀剪下棉签头部,放入装有Amies培养基的无菌离心管中,置于冰上带至实验室-80℃保存;
3)样本珍贵,需进行多管备份保存;
4)提取DNA时将棉签解冻,漩涡处理5min以重悬细胞。唾液样本采集
1)收集唾液样品时,用蜡胶刺激口腔分泌唾液,然后用5mL的无菌离心管收集1mL;
2)所有的样品收集完后放于-80°C下保存。
农口常见样本采集方法
普通土壤样本采集
1)根据研究目的确定采样范围,取样器具要事先消毒灭菌处理,开始采样;
2)去除表面浮土,使用乙醇火烧的铲子挖取地下5~20cm的土层;
3)去除可见杂质后,土壤过2mm筛网,每个样品从3个及以上采样点采集并混合而成,每5~10g分为一份;
4)保存于无菌离心管中,置于0℃以下运回实验室,用于抽提DNA;
5)如不能马上提取,置于-80℃保存。根际土壤样本采集
1) 使用的器具要事先消毒灭菌处理,采集20cm深的根际土壤于50mL的无菌管里;
2) 用20目的筛子过筛,去除植物根、动物残骸以及其他杂质后分装到无菌离心管里,每管3~5g,迅速放在液氮里储存;
3) 密封后立即放于-80℃储存备用。水体样本采集
1) 根据研究目的确定采样深度和范围;
2) 采集好的水样需要通过滤膜进行过滤,可以根据水样的浑浊程度选择相应孔径的滤膜;
3) 将滤膜-80℃保存备用。
注:清亮水样:可选择小孔径的滤膜,一般选0.22μm或0.45μm的滤膜,过滤水样体积大于10L;
浑浊水样:过滤前静置分离悬浮颗粒,也可以用大孔径的滤膜预过滤一遍,再用小孔径的滤膜进行过滤。活性污泥及沉积物样本采集
活性污泥:从曝气池中取25mL悬浮的活性污泥样本放入无RNA酶的管中,迅速放入液氮并运送到实验室提取DNA;
地表沉积物:取距地表0-10cm的地表沉积物,每个位点取1-2kg的沉积物装入消毒聚乙烯塑料袋中,立刻置于0℃运到实验室进行DNA提取。植物内生菌样品采集
1)用流水冲洗植物根样本表面并摘到小侧根,粘根土壤粒要进行化学消毒(95%的次氯酸钠2min);
2)用无菌玻璃珠在无菌水中剧烈摇晃,物理去除细菌;
3)用手术刀片划开根部组织以释放内生菌;
4)用无菌玻璃珠在9%的生理盐水中振荡,在30℃的条件下振荡4h以分离内生菌;
5)用5μm滤膜过滤,15000rpm,4℃离心收集沉淀并置于液氮中保存。
微生物多样性研究非常规样本取样方法
小鼠肺泡灌洗液
肺部感染是一种常见疾病,病原种类多,耐药性强。支气管肺泡灌洗液( bronchoalveolar lavage fluid,BALF)直接取材于病变部位,获得病原菌的机会多,并能大幅减少口咽部定植微生物群对标本的污染,提高病原菌的分离率。
小鼠肺泡灌洗
一般为颈部和胸部解剖,气管和一侧肺叶结扎。再用穿刺针插入气管上端,生理盐水或PBS反复冲洗,一般为3遍,每遍冲洗次数根据需要决定, 3~5次即可,具体操作参考:
1)操作所需的设备(所有设备均需是无菌的);
2)小鼠麻醉并固定;
3)颈部去毛并消毒;
4)行颈部正中切口;
5)暴露剥离气管,并在气管近端穿线打活结,活结要比较松;
6)在所打活结的远端,剪开气管的1/2,行气管插管,插入后线打死结;
7)1ml注射器抽取1ml的灭菌生理盐水,通过气管插管注入气管内,注意针头不要插太深,以免损伤肺,反复抽吸三次,将液体抽出,大约能吸出0.7ml左右,放入灭菌离心管内。再抽取1ml生理盐水,重复上面的操作两次,这两次每次能抽出肺泡灌洗液0.9ml左右,也注入离心管,如果回收时遇到很大的阻力即可拔出注射器,收集灌洗液,在灌洗的时候可以轻轻的按摩一下,特别是回抽的时候可以这样做,能够提高回收的效率;
8)收集的灌洗液采用0.22um滤膜过滤后,将滤膜冻存-80℃,或直接提取DNA。
上呼吸道样本制备
上呼吸道感染有70%~80%是由病毒引起的,包括鼻病毒、冠状病毒、腺病毒、流感和副流感病毒、呼吸道合胞病毒、埃可病毒、柯萨奇病毒等。另有20%~30%由细菌引起,细菌感染可直接感染或继发于病毒感染之后,以溶血性链球菌最为常见,其次为流感嗜血杆菌、肺炎球菌、葡萄球菌等。
取样材料
无菌棉拭子、含采样液的无菌外旋塑料管。鼻腔取样
尽可能使明亮的光线照进鼻腔,将洁净的鼻咽拭子轻轻插入鼻道内鼻腭处,停留片刻后缓慢转动退出。以另一拭子拭另侧鼻孔。将拭子头浸入采样液中,尾部弃去,拧紧盖子。咽喉取样
明亮的光线从检查者肩膀上方照射进张开的口腔,让患者深呼吸,然后发“啊”音,用压舌板轻轻压舌,再用洁净的咽拭子来回擦拭双侧咽扁桃体及咽后壁,然后将拭子头浸入采样液中,尾部弃去,拧紧盖子。
注意事项:
1)咽喉取样时,拭子不能接触到口腔和舌粘膜。
2)取样时间最好在发病72小时内,晨起后。
3)鼻腔和咽部样品,可只收集一种,也可同时收集2种并混合。
皮肤样本制备
洁净的皮肤拭子(无菌棉签)来回擦拭皮肤表面,将拭子或棉签放入无菌管内,-80℃保存,干冰运输即可。建议多擦拭几个拭子,保证取样量。
Reference
- http://mp.weixin.qq.com/s/PyxyVIAJ74S2GuipVxORqQ
- http://mp.weixin.qq.com/s/jbqqfwB3y0lZaVTAthGAoA
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