Lammps命令与in文件
一、各类文件
1 in :程序写入
2 log :写入状态信息(if the switch is used?)
3 screen : 决定结果的是否进行屏幕输出
4 var name : 定义一个变量,name指变量名,可为字母也可为字符串,形式$x / $ {abc}
二、指令系统介绍
1.一般来说指令的顺序并不重要,但在以下几种情况中必须注意:1. LAMMPS并不是全部读完所有指令才执行,而是读一行执行一次,因此下面的两组语句是不同的:
timestep 0.5 #以下的两个模拟其步长均为0.5 fmsec run 100 run 100run 100 #第一个模拟采用缺省值步长为1 fmsec timestep 0.5 run 100 #第二个采用步长为0.5 fmsec
2. 某些指令只在其他指令之后才生效,如要得到系统温度必须先进行各种定义
3 .若A指令在B之前,B可以引用A定义的变量
三、in语法规则
1.在LAMMPS中要区分大小写,一般指令名称用小写字母,文件及用户定义ID Strings 用大写。
2. LAMMPS对每行语句的语法要求如下:
- 当语句太长一行放不下时,在语句一行结束的时候输入字符 “&” 表示下一行的语句接着上一行继续。
- #注释,但有例外
- 紧跟在$后的为定义变量
- 单词间用空格隔开
- 第一个词为指令名,后面的字段都是相关的参数
四. 语句结构
1.Lammps官网命令,写in data文件时注意看:https://lammps.sandia.gov/doc/Commands_all.html
2.in文件包括四个部分:初始值,定义原子和盒子,设定条件,run
- 大致了解这些命令如下 #附断裂实例操作 : https://youtu.be/M8NPAk0Cs7Q
- lattice(晶格参数),region(选择一个而区域),create_box(创建一个盒子),create-atoms(创建原子)——通过这四个命令创建原子(按晶格的方式),这种方式适合没有分子拓扑信息的晶体,如金属,盐等有规则晶体信息的物质。
五.撰写data,in文件并计算
以TIP4P水分子为例。#用in文件撰写简单的小分子模拟
水分子模型参数(看下面in文件对照着来看):Lammps官网-教程-8.5节howto discussions:https://lammps.sandia.gov/doc/Howto.html
#强力安利软件:UltraEdit——超强大的文本编辑器,编辑in data文件。(真的超好用,之后遇到很多更复杂的文件,如力场,记事本已经无法满足了,会乱序)
data file for tip4p3 atoms 2 bonds 1 angles #非刚体结构in文件中不能写masses,刚体的话要写。 full中read_data格式无masses Coords #坐标 x y z 1 1.360 1.39 0.570 2 1.770 0.81 1.220 3 0.430 1.31 0.740Types #原子编号 类型1 1 2 2 3 2Charges #电荷1 -1.0484 2 0.5242 3 0.5242 #下面时拓扑信息 可看最开头总数 Bonds #键的编号 键的类型 谁和谁连在一起1 1 1 2 2 1 1 3Angles #一个角1 1 2 1 3
# in file for tip4p model echo screen #调试用,打印到屏幕或log文件。 none or screen or log or both units real #lj or real or metal or si or cgs or electron or micro or nano dimension 3 #2 or 3 boundary p p p #p f s m atom_style full #重要 full:molecular + charge; atomic:only the default values;charge:charge bond_style harmonic angle_style harmonic #创建一个box,并选择一个区域把水放进去 region box block 0 10 0 10 0 10 #规划区域:定义一个长方体区域叫box,长宽高 单位angstrom create_box 2 box bond/types 1 angle/types 1 extra/bond/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1 #create_box N region-ID keyword value .....;box支持多少种(大于等于实际最大值):原子类型 键 角 每个原子包含键和角 molecule tip4 mol.data #导入模型,需要molecule安装包才支持。 #read_data tip4.data #计算完后,生成restart.data,再把in文件改一下并且下面的设置部分改一下继续算。 #region w2 block 10 30 10 30 10 30 #可定义一个之间空的区域w2 lattice sc 5.0 #设置晶格:晶胞类型,晶格常数。让加入的原子分子在个点上。注意边界也有分子 create_atoms 0 region w1 mol tip4 515 units box #从0开始,实际上没有0这种原子类型。设1之后,加上分子就有三种原子类型,上面create_atoms可改为3 #create_atoms 0 random 10 1234 w1 mol tip4 12 3units box #random不用在格点上,故lattice可不用。随机生成,前面部分是生成原子,如果后面跟了分子,则是生成以随机点为质心的分子,前面注意要对应box要支持这种分子的拓扑结构,要对应。如果没跟分子,不能从0开始 mass 1 15.9994 #原子类型,质量 mass 2 1.008neighbor 2.0 bin #截断半径相关的东西 neigh_modify delay 0 every 1 check yes #邻近原子列表更新速度 pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.125 8.5 #相互作用势:原子编号类型, 键和角的相互作用势:OM距离 ,截断 pair_coeff 1 1 0.1852573718 3.1589 pair_coeff 1 2 0.0000000000 1.5795 pair_coeff 2 2 0.0000000000 0.0000bond_coeff 1 1000 0.9572 angle_coeff 1 3000 104.52kspace_style pppm/tip4p 1.0e-5 #计算长程库仑项,需要kspace安装包才支持dump 1 all custom 10 tip4.lammpstrj id type x y z #将信息写入tip4.lammpstrj,此后可用vmd打开视图 dump_modify 1 sort id #dielectric 80.0 fix 1 all shake 0.0001 2 0 b 1 a 1 #设置偏差控制精度提示,步数,步数,键和角 fix 2 all nve #系综,后面可跟定义的参数 fix 3 all temp/rescale 1 300 300 1 1.0 1.0 #minimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 #能量最小化参数,指数越大最小化成都越深 thermo 1000 timestep 0.05 #步长fs run 100000 write_data tip41.data #输出 write_restart tip41.restart
转载于:https://www.cnblogs.com/zll-52011/p/10158480.html
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