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文章目录

“宏基因组”公众号
- 一、精选文章推荐
- 二、科研经验
- 三、作者解读
- 四、扩增子、宏基因组分析
- 五、文献精读
- 六、R统计绘图
- 七、科普图文
写在后面

“宏基因组”公众号

“微生物组”是什么？这是一个近年来霸屏CNS封面的领域。

不要以为微生物组学是微生物学家的专利，任何生物都离不开微生物，脱离了微生物的研究是不完整的!

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强宏基因组学技术和成果交流传播，推动全球华人微生物组领域发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，联合海内外同行共同打造本领域纯干货技术及思想交流平台。

公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域最新成果、科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻松读文看片涨姿势。目前分享800+篇原创文章，43000+小伙伴在这里一起交流学习，欢迎投稿，感兴趣的赶快关注吧！

一、精选文章推荐

10000+

这就是我的研究生生活
Nature Biotechnology：中科院揭示籼粳稻根系微生物组与氮肥利用效率关系
专家点评Science：中英合作揭示拟南芥三萜化合物特异调控根系微生物组
宏基因组分析教程
微生物组入门必读+宏基因组实操课程
Nature综述：手把手教你分析菌群数据
Nature综述：微生物构成的氮循环网络
Nature替宠物正名：宝宝身体好，猫狗不可少
再这么配培养基，你的细菌都被毒死了！
DNA提取也能发Nature？
学术论文图表基本规范大全
Microbiome：鸡肠道宏基因集的构建(张和平、魏泓、秦楠点评)
一片看懂肠道菌群在人体中的作用
岛国科普—生命大跃进
人体上的生命：看完此片我想把身上的细菌寄生虫供起来
3分和30分文章差距在哪里？
28个实用绘图包，总有几个适合你
测序发展史，150年的风雨历程 (第二版)

二、科研经验

Nature：给博士研究生的四条箴言Four golden lessons，颜宁推荐
AI学习三步曲 1基本图形绘制 2模式图 3排版
如何优雅的提问
公众号搜索方法大全
科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号
文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical 猫咪论文
生信编程模板 Perl Shell R
生物信息之程序学习
论文Figures，你不能不知道的秘密
图表色彩运用原理的全面解析
Endnote X8云同步：有网随时读文献

三、作者解读

作者解读专栏，由论文作者，来亲自讲述文章结果和背后的故事。

Nat. Biotechnol.：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用
专家点评Science：中英合作揭示拟南芥三萜化合物特异调控根系微生物组
Sciences：用膳食纤维"钓"出15株缓解糖尿病的细菌！
Microbiome：环境过滤驱动农田生态系统土壤古菌独特的空间分布
Microbiome：根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌
Microbiome：马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展
Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？
Microbiome：鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)
Microbiome：应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关
Microbiome：利用Nanopore高通量测序技术解析污水处理体系可移动抗性基因组
Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康孕期健康对孩子至关重要
Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环
BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展
PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身
SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究
SCLS：水稻微生物组时间序列分析
中国科学：中科院遗传发育所揭示拟南芥二半萜对根系微生物组的调控机制

四、扩增子、宏基因组分析

史上最完整扩增子教程

扩增子图表解读-理解文章思路
扩增子分析流程-把握分析细节
扩增子统计绘图-冲击高分文章
QIIME2中文教程(2017.6)-把握分析趋势
16S功能预测 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun
PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列随意预测宏基因组，参考数据库增大10倍
水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA 2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归
QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程

宏基因组分析教程

Springer发表第二版“宏基因组学”研究最新指导书
宏基因组分析教程
1简介-定义、方法和数据库
2扩增子-微生物群落多样性
3PICRUSt功能预测
4宏基因组物种组成和分箱
5宏基因组功能数据库与通路
6宏转录组流程和功能
7挖掘微生物组生物标记
4500元的微生物组培训资料
微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程

五、文献精读

精读主要是指全文翻译，一字不落的阅读，通常字数过万

Science：肠道菌群又添一大功能，揭示你的真实年龄
Science：亚硝酸盐氧化细菌在黑暗海洋中的主要作用
Nature：TEDDY计划中幼儿肠道微生物组随时间的发育
Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用
NRM：人类微生物培养及培养组学culturomics
NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态
NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态
NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
NRM：多年冻土的微生物组
Nat Rev Gastroenterol Hepatol: 给医生的菌群分析指南上下
NC：恢复菌群多样性或能降低耐药性

六、R统计绘图

28个实用绘图包，总有几个适合你
热图绘制
R做线性回归
绘图相关系数矩阵corrplot
相关矩阵可视化ggcorrplot
绘制交互式图形recharts
交互式可视化CanvasXpress
聚类分析factoextra
解决散点图样品标签重叠ggrepel
添加P值或显著性标记ggpubr
Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
桑基图riverplot
微生物环境因子分析ggvegan
五彩进化树与热图更配ggtree
多元回归树分析mvpart
随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
加权基因共表达网络分析WGCNA
circlize包绘制circos-plot
使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图
R包circlize：柱状图用腻了？试试好看的弦状图

七、科普图文

在Cell、Science、Nature发表一篇论文究竟有多难？
一些你可能忽略的护牙小技巧
你看的每一篇Nature论文，都是这样出炉的！
起源、进化、创造、探索——穿越138亿年的时间之旅
艾滋病交响诗
被传染艾滋
生命简史
梅毒狂想曲
气候创造历史
厌氧君和好氧君谁是明日之子
疯狂的消化之旅——消化系统简介
生物学家也要了解的物理
哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之刷牙篇
哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之牙线篇
Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天
Cell: 为了PK抗生素而服用益生菌？后果竟然如此严重
原来益生菌是这么搞定致病菌的
CNS接连发文背书，原来生姜这么神奇
漱口水增加糖尿病，高血压风险
NEJM | 益生菌LGG治疗肠胃炎无效，Immunity|LGG促进生骨
Gut, IJC等4篇文章聚焦——吃太多红肉对身体真的不好，直指心血管疾病、乳腺癌、憩室炎
口腔菌群让你心口一致——牙疼和心脏病都会犯

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

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