无需写代码的高颜值富集分析神器
富集分析是了解一个基因集功能倾向性的一个方式,在组学研究领域应用广泛。常见的有基于差异基因的Over-representation
分析,也就是常说的GO、KEGG富集分析和Functional class scoring
分析,如GSEA。这两种富集分析算法不同,但可以都支持同样的注释集,如GO、KEGG或其他类型的注释。基本原则只有一个:基因集的基因名字与注释集的基因名字能匹配。剩下的就是了解下原理去操作了。
下面三篇文章建议仔细多读几遍,尤其是原理解释部分。对以后的分析事半功倍。做了两年多的培训的体验是:学不会是因为没时间。时间用到了,自然就会了,培训现场的进度就是最好的支持证据。我们的培训希望在3天时间告诉大家需要3个月到半年可以掌握的知识,多读几遍也就都会了 (跑题了)。
GO、GSEA富集分析一网打进
GSEA富集分析 - 界面操作
去东方,最好用的在线GO富集分析工具
赠你一只金色的眼 - 富集分析和表达数据可视化
今天给大家介绍的是Cytoscape的插件——ClueGO。ClueGO能以网络图的形式来展示GO富集结果。
除了在线工具和R代码,今天带来的是网络绘制工具Cytoscape的一个插件ClueGO
,支持200多个物种,支持数据库实时更新,支持多个注释数据集,支持多集合富集结果比较和网络图展示。配合Cytoscape的网络操作,可以做更多探索。下面看看怎么安装和使用吧。
ClueGO安装
官网下载
(http://apps.cytoscape.org/apps/cluego)
Cytoscape的APP Manager中下载
ClueGO激活
ClueGO第一次使用需要按照提示申请license
,申请网址为:http://www.ici.upmc.fr/cluego/cluegoLicense.shtml。点击Request a license key
,填写基本信息之后提交审核,审核时间可能需要几天。拿到license之后点击App-ClueGO
,在弹出的提示框中输入license
即可激活ClueGO。
简单使用ClueGO
1. 上传数据
可以粘贴基因的id
、symbol
等或从本地上传文件 (富集分析的基因集只需要基因名字),我们以ClueGO的示例文件“CluePediaExampleFile_Th1RelatedGenes.txt”为例,并选择其对应物种和自动识别Gene id
类型选项。
2.选择富集数据集和富集标准
默认是BP(Biological Process),我们增加常用的CC(Cellular Component)和MF(Molecular Function)
然后勾选以下选项,目的是只显示p值<=0.05的富集结果。具体选择的富集显著性P value
,可自行调整。
3.富集分析和结果展示
点击start
开始进行富集分析
运行结束后,会跳出一个简述富集结果信息的提示框,包括物种
, 基因名字
,匹配的注释信息
,重叠度
和冗余度
等信息。
Cytoscape的网络视图中展示的是富集结果的网络图。每个节点是代表性富集通路
,节点的连线表示通路之间的共有的基因数
,颜色表示该节点的富集情况分类
(隶属于哪个功能组,颜色也可以和表格形式的的ClueGO结果对应)。
结果导出为矢量图
结果保存为表格或Excel格式
ClueGO优势
1. 物种丰富,并支持手动下载
本地有人类和小鼠可选,也可根据需要下载,支持近200个物种。
2. 物种注释手动更新
(前面推荐的GOEAST是每周更新,这个可以认为是实时更新。R中的注释包相比来说更新的慢了些,需要社区发布新版本或自己整理。)
3. 多种网络布局和自由网络设计
多种网络布局类型选择
style
选项可对网络的颜色,节点,网络等进行修改
4. 多个数据集比较
同时导入2组或多组基因列表,可以进行比较分析。
富集结果:
首先跳出了一个简述富集结果信息的提示框,和单组分析类似,包括物种
, 基因名字
,匹配的注释信息
,重叠度
和冗余度
等信息,但是额外统计了了两组共有的基因的富集结果。
Cytoscape的网络视图中展示的是富集结果的网络图。
每个节点是代表性富集通路
,节点的连线表示通路之间的共有的基因数
,颜色表示该节点的富集情况分类
,而两组单独的,综合的,共有的富集通路等均可在ClueGO results详细看到。
5. 链接外源数据库
看到感兴趣的基因、通路,可以直接选择需要的外源数据库查询获得更多信息。
更多Cytoscape的使用
1. Cytoscape教程1
2. Cytoscape之操作界面介绍
3. 新出炉的Cytoscape视频教程
4. Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图
5. Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析
6. 生信宝典之傻瓜式 (五) 文献挖掘查找指定基因调控网络
7. 没钱买KEGG怎么办?REACTOME开源通路更强大
学习津贴
单篇留言点赞数的第一位(点赞数至少为8)可获得我们赠送的在线基础课的9折优惠券。
越留言,越幸运。
主编会在每周选择一位最有深度的留言,评论者可获得我们赠送的任意一门在线课程的9折优惠券(偷偷告诉你,这个任意是由你选择哦)。
高颜值免费在线绘图
猜你喜欢
10000+:菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发NatureCell专刊肠道指挥大脑
系列教程:微生物组入门 Biostar 微生物组 宏基因组
专业技能:学术图表 高分文章 生信宝典 不可或缺的人
一文读懂:宏基因组 寄生虫益处 进化树
必备技能:提问 搜索 Endnote
文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical
扩增子分析:图表解读 分析流程 统计绘图
16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun
在线工具:16S预测培养基 生信绘图
科研经验:云笔记 云协作 公众号
编程模板: Shell R Perl
生物科普: 肠道细菌 人体上的生命生命大跃进 细胞暗战 人体奥秘
写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难,我们建立了“宏基因组”专业讨论群,目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论,获得专业解答,欢迎分享此文至朋友圈,并扫码加主编好友带你入群,务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份,另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助,首先阅读《如何优雅的提问》
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组”
点击阅读原文,跳转最新文章目录阅读
无需写代码的高颜值富集分析神器相关推荐
- 不需编程/无需写代码的中文英文文本分析教程,免费傻瓜式,多图预警
这里讲解如何使用KH Coder.整个过程不需要编程知识. 有两种导入数据的方式,第一种是将所有的文字放到一个txt文件中:第二种是将文字放到多个txt文件中,这些文件放到一个文件夹下.因为第二种更加 ...
- RPA(影刀)无需写代码抓取某东的商品信息
大家好,我是翔宇! 有的小伙伴不会写代码,但也想采集一些数据,RPA就是一个最好的选择.今天我就带大家用RPA(影刀)无需写代码抓取某东的商品信息,主要采集到的数据有以下字段,数据达到近5000条. ...
- 无需写代码!谷歌推出机器学习模型分析神器,代号What-If
铜灵 编译整理 量子位 出品 | 公众号 QbitAI 今天,谷歌推出了已开源的TensorFlow可视化工具TensorBoard中一项新功能:What-If Tool,用户可在不编写程序代码的情况 ...
- What-If 工具:无需写代码,即可测试机器学习模型
文 / Google AI 软件工程师 James Wexler 构建有效的机器学习 (ML) 系统需要提出许多问题.仅仅训练一个模型,然后放任不管,是远远不够的.而优秀的开发者就像侦探一样,总是不断 ...
- 无需写代码---建网站
只要一小时,谁都能轻松建立个人网站 2021年自己建网站的步骤 wordpress建站,阿里云上推荐小白用的,全部可视化操作,不用写代码.
- Emlog自动采集发布-Emlog自动采集发布无需写代码规则发布模块
Emlog采集插件,什么是Emlog采集插件,可以实现自动采集发布吗?不用像火车头一样写规则吗?今天给大家分享一款免费的Emlog采集发布工具:只需要输入关键词或输入指定域名就能实现采集,采集后自动发 ...
- 无需写代码!可一键生成前后端代码的开源工具
作者 | HelloGitHub-小鱼干 来源 | HelloGitHub(ID:GitHub520) JeecgBoot 是一款基于代码生成器的低代码开发平台,零代码开发.JeecgBoot 采用开 ...
- 傻瓜式软件开发工具推荐!无需写代码,拼图式极速制作手机APP
因为从事互联网领域的工作,所以总会收到很多朋友的询问,表示想建立一个App,或创业,或是增长线上渠道,或者仅作为个人的一个小工具,小平台,但是又苦于不懂软件开发技术,咨询专业的外包公司,价格都太高,不 ...
- 无需写代码,在EXCEL表中定位坐标所在地图位置
一 前言 EXCEL是我们日常工作学习数据处理的办公软件,操作易上手,几乎人人都会用.EXCEL表格能够处理各种数据,包括经纬度坐标数据,然而EXCEL自带的功能仅能对坐标数据进行增删改等常规的操作. ...
最新文章
- Codeforces 768E:Game of Stones
- mysql远程连接 Host * is not allowed to connect to this MySQL server
- html5 canvas 学习
- search has not been saved
- 用Python写网络爬虫pdf
- linux6.4 安装oracle11g 出现错误ORA-01078和LRM-00109错误
- 1-3-顺时针旋转矩阵
- Linux中的redis集群搭建
- PhoneGap出现错误,找不到www/index.html页面
- python机器学习库keras——AutoEncoder自编码、特征压缩
- 异步电机matlab仿真 推荐 辅导书,异步电机模型Matlab仿真
- H3CNE实验(一)静态路由
- Science观点:不同细菌物种间极少合作—合理利用细菌间普遍存在的竞争关系来替代抗生素...
- 微信小程序头像自动生成小程序源码
- 压缩包密码破解-PkCrack(明文攻击)
- C语言—各种数据类型间的混合运算
- python中的Empty suite
- eCharts二三维地图总结
- 计算机xp bios密码设置方法,如何设置电脑的密码
- 17级智能信息处理与控制团支部大会