circlize包可绘制的几个图形示例

以下是circlize包绘制的几个图形示例。

circular scatterplot

library(circlize)# 模拟数据集
data = data.frame(factor = sample(letters[1:8], 1000, replace = TRUE),x = rnorm(1000), y = runif(1000)
)
circos.initialize( factors=data$factor, x=data$x )# 创建区域
circos.trackPlotRegion(factors = data$factor, y = data$y, panel.fun = function(x, y) {circos.axis()
})# 添加散点
circos.trackPoints(data$factor, data$x, data$y, col = "blue", pch = 16, cex = 0.5)

library(circlize)
circos.clear()#模拟数据集
data = data.frame(factor = sample(letters[1:8], 1000, replace = TRUE),x = rnorm(1000), y = runif(1000)
)par(mar = c(1, 1, 1, 1) )
circos.initialize(factors = data$factor, x = data$x )# # 创建第一圈轨道区域
circos.trackPlotRegion(factors = data$factor, y=data$y, panel.fun = function(x, y) {circos.axis(labels.cex=0.5, labels.font=1, lwd=0.8)
})
# 添加散点
circos.trackPoints(data$factor, data$x, data$y, col = rgb(0.1,0.5,0.8,0.3), pch=20)# # 创建第二圈轨道区域
circlize::circos.trackPlotRegion(factors = data$factor, y=data$y, panel.fun = function(x, y) {circos.axis(labels=FALSE, major.tick=FALSE)
})
#添加散点
circos.trackPoints(data$factor, data$x, data$y, col = rgb(0.9,0.5,0.8,0.3), pch=20, cex=2)# # 创建第三圈轨道区域
circos.par("track.height" = 0.4)
circos.trackPlotRegion(factors = data$factor, y=data$y, panel.fun = function(x, y) {circos.axis(labels=FALSE, major.tick=FALSE)
})
circos.trackLines(data$factor, data$x, data$y, col = rgb(0.9,0.5,0.1,0.3), pch=20, cex=2, type="h")

chord diagram

library(circlize)
# 布局
layout(matrix(1:9, 3, 3)) # 绘图
for(i in 1:9) {par(mar = c(0.5, 0.5, 0.5, 0.5), bg=rgb(1,1,1,0.1) )factors = 1:8circos.par(cell.padding = c(0, 0, 0, 0)) circos.initialize(factors, xlim = c(0, 1)) circos.trackPlotRegion(ylim = c(0, 1), track.height = 0.05, bg.col = rand_color(8), bg.border = NA ) # add linksfor(i in 1:20) {se = sample(1:8, 2)circos.link(se[1], runif(2), se[2], runif(2), col = rand_color(1, transparency = 0.4)) }circos.clear()
}

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