origin数据平滑_独门绝技！Origin挑战绘制细胞分化轨迹热图

|撰文：莫北

热图是组学文章中最常见的展示基因表达模式的图表。

在单细胞转录组拟时分析中最令人印象深刻的是细胞分化轨迹热图。

那么，这种复杂热图，Origin可以绘制吗？答案是肯定可以！绘制效果如下：

下面我们就一起看看如何用Origin2020绘制这样好看的热图吧！

数据准备

这里用到的范例数据来自于Monocle2包自带的范例数据，已对数据做过滤、标准化、归一化处理。

范例数据下载链接如下：https://www.omicshare.com/forum/thread-5965-1-1.html

关于新版的画热图插件已经上传到了OS 论坛上了，大家可以前去下载。

下载链接：https://www.omicshare.com/forum/thread-3573-1-1.html

将数据粘贴到Origin 2020的表格中，如下图。

然后，在view菜单下打开Apps（快捷键：Alt+9）窗口，找到对应的聚类热图插件。

点击HeatMap Dendrogram图标，打开绘图选项窗口，绘图的设置如下图。

数据归一化（Standardize）这里选择None(范例数据已做过Z-score归一化)，聚类选择Rows，对数据矩阵的行进行聚类，聚类方法（Cluster Method）保持默认，距离类型选择Squared Euclidean。

然后点击Ok，即可完成热图绘制。

绘制的初始结果如下图，由于数据量不大，可以点右侧的按钮关掉“快速模式”。

细节调整

删掉横轴上糊成一坨的文字标签，使用Mini Toolbars快速修改配色，这里选我个人觉得最好看的Rainbow Balance色板，如下。

由于颜色数量较少，渐变色过渡不够平滑，导致出现“迷彩色”的效果。

双击热图，在Z Title图层Colormap选项下调整Fill颜色数量，点击Level可设置颜色条的刻度数值和范围。

Major Levels设置主刻度个数，Minor Levels设置主刻度中间插入的颜色数量，建议多添加一些颜色（至少让每一“拟时间”点对应一种颜色）让颜色渐变条更光滑，其他参数不用调。

右键图例颜色条，在属性窗口可调整颜色条的方向、刻度标签的位置等。注意，颜色条两端的颜色默认是黑色和白色，双击颜色条可隐藏掉，具体方法如下。

接着，双击热图，在弹出的Plot Details 窗口找到Layer1的Size选项，这里可调整热图的上边距和高度，让热图处于画布的合适位置。

调整后的效果如下：

接下来为热图添加“gap”，以实现类似R语言pheatmap包的绘图效果。

由于Origin2020的热图工具并不具有此类功能，要想实现此功能只能另想它法。我最初尝试在特定坐标添加Grid，结果失败了。后来又联想到通过为坐标轴添加“Break”的方法实现为热图添加“gap”。

添加了“gap”的热图效果如下，整体来看效果还不错，但由于插入了Gap，临近的聚类树出现了偏移。

鼠标选中热图四周的坐标轴，按Delete键删除。然后，双击热图，在弹出的Plot Details 窗口取消Row图层（聚类树）与Layer1图层（热图）的链接，方法如下。

然后，使用Origin自带的矩形工具、文字工具、对齐工具手工添加注释颜色条及其图例。方法将在明天的《如何用Origin绘制好看的 Q值热图》里介绍，这里先不作赘述。

添加注释颜色条的效果如下：

当然，如果在Z Title图层Colormap选项下调整颜色填充方式，将按照GridLines填充改为“Fill to Contour lines”，会得到更“写实”的热图效果，如下图。

后期调整

针对上文提到的聚类树 “错位”问题，期待下一版本的Origin能解决掉。这里我想到的办法是导出PDF格式的矢量图，在Ai(Adobe illustrator)中做简单的平移，方法如下：

在Ai中调整后的效果如下：

满意后，导出所需格式的图片，最终的绘制效果如下：

对Origin绘图感兴趣的老师同学们可以前往Omicshare在线课堂观看课程链接：http://omicshare.com/class/home/index/series?id=40

今天的分享就到这里啦~

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