在线作图|在线做UMAP降维分析

UMAP降维分析

UMAP（Uniform Manifold Approximation and Projection）是一种可伸缩的降维方法，在单细胞基因组学中应用广泛，它能最大程度保留原始数据特征的同时大幅度降低特征维数。相对于t-SNE降维方法，UMAP能弥补t-SNE在高维单细胞分析中容易丢失大规模信息(集群间关系)、计算时间较慢以及无法有效地表示非常大的数据集等方面的不足。

TUTU云工具使用
小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图（www.cloudtutu.com，免费的哦~），操作步骤如下：
①登录网址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录，不必注册，直接使用，不必担心隐私泄露，是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏（全部分析）里找到UMAP分析，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作。

上传文件

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别)
a)准备一个数据矩阵（形式参照示例数据，如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表，也可以是测量数据，例如身高、体重、表型等）；
b)表格需要带表头和列名，每一列为样本名，每一行为各种指标数据名，例如OTU、基因ID、身高、代谢物名称等；
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。

参数设置

2.1 在界面右侧编辑分组信息：需要对所有样品进行分组，本网站支持在线修改分组名称的功能。有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必须检查分组名称)

2.2 元素大小：图中显示的元素图形大小
2.3 是否添加椭圆：
椭圆1：按正常计算方法可能画不出椭圆
椭圆2：强制添加椭圆
否：不添加椭圆
2.3 椭圆粗细：按需自行设置
2.4 领域采样点数量：领域采样点数量请小于样本数
2.5 标签大小：图中整体图形及图例文字大小设置

下载文件

点击“运行”开始作图，点击“下载”保存PDF格式的矢量图。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。

作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图，可通过矢量图处理软件进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。

写作建议

XXXX was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.
尊敬的用户，如果图图云平台在您的科研中有幸提供了些许帮助，我们期望您能在方法学或者致谢中提及我们，引用方法如下：XXXX analysis was performed on Tutools platform (http://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website. 目前平台还处于测试阶段，使用过程中有任何疑问或者报错欢迎随时联系小编反馈。您的反馈和建议是我们最大的动力~

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