层次聚类(cluster.AgglomerativeClustering)并通过TSNE进行可视化分析
单纯从层次聚类的角度来看,既有自顶向下,也有自底向上。从每一个样本一个聚类簇到所有样本一个聚类簇,或者所有样本是一个聚类簇到最后每一个样本都是一个聚类簇。
聚合层次聚类是一种自下而上的算法,首先将每个样本都视为一个簇,然后开始按一定规则,将相似度高的簇进行合并,最后所有样本都形成一个簇或达到某一个条件时,算法结束。
确定簇与簇之间相似度是该算法的要点,而这里的相似度是由簇间距离来确定的,簇间距离短(小)的相似度高,簇间距离长(大)的相似度低。
TSNE是由T和SNE组成,也就是T分布和随机近邻嵌入(Stochastic neighbour Embedding )。
manifold.TSNE
TSNE = T+ SNE两个部分构成。
使用TSNE进行可视化的代码如下:
#输入为数据,聚类标签,以及图标的标题
def plot_embedding(data, label, title):
x_min, x_max = np.min(data, 0), np.max(data, 0)
data = (data - x_min) / (x_max - x_min)
fig = plt.figure
层次聚类(cluster.AgglomerativeClustering)并通过TSNE进行可视化分析相关推荐
- 【Python-ML】SKlearn库层次聚类凝聚AgglomerativeClustering模型
# -*- coding: utf-8 -*- ''' Created on 2018年1月25日 @author: Jason.F @summary: 无监督聚类学习-层次聚类(hierarchic ...
- 【Python】sklearn机器学习之层次聚类算法AgglomerativeClustering
文章目录 基本原理 绘图层次 定义距离 基本原理 和Birch聚类相似,层次聚类也是一种依赖树结构实现的聚类方法,其核心概念是相似度.根据相似度,可以将所有样本组织起来,从而构建一棵层次聚类树. 其中 ...
- 基因组层次聚类实战小案例
基因组层次聚类实战小案例 预处理数据集 层次聚类 聚类结果分析 预处理数据集 提供的数据集是字符串形式,且不符合聚类的要求,需要进行转置,因此对数据进行预处理. 1.读入103个基因组的名称 原数据格 ...
- Hierarchical Cluster 层次聚类
R: Hierarchical Cluster 层次聚类 发表于2年前(2014-10-05 12:05) 阅读(1884) | 评论(0) 0人收藏此文章, 我要收藏 赞0 目录[-] 构造数据 ...
- python层次聚类_python中做层次聚类,使用scipy.cluster.hierarchy.fclusterdata方法 | 学步园...
python机器学习包里面的cluster提供了很多聚类 但是没有看明白ward_tree的返回值代表了什么含义,遂决定寻找别的实现方式. 经过查找,发现scipy.cluster.hierarchy ...
- Python层次聚类sci.cluster.hierarchy.linkage函数详解
1 函数原型: scipy.cluster.hierarchy.linkage(y, method='single', metric='euclidean', optimal_ordering=Fal ...
- 层次聚类算法(hierarchial cluster)
聚类算法 常见的聚类算法可以分为四类: 基于连通模型(connectivited-based):如层次聚类,按照对象之间的距离聚类.(距离的定义可以有很多种). 基于中心点(centroid-base ...
- Python机器学习——Agglomerative层次聚类
层次聚类(hierarchical clustering)可在不同层次上对数据集进行划分,形成树状的聚类结构.AggregativeClustering是一种常用的层次聚类算法. 其原理是:最初 ...
- 层次聚类python_用python绘制层次聚类图
层次聚类(Hierarchical clustering)代表着一类的聚类算法,这种类别的算法通过不断的合并或者分割内置聚类来构建最终聚类. 聚类的层次可以被表示成树(或者树形图(dendrogram ...
最新文章
- Android Training - 使用IntentService运行任务(Lesson 2 - 发送任务给IntentService)
- jquery.each读取json数据
- JavaWeb 基于Session的用户登陆注销实现
- java8安装_JMeter必知必会系列(2) JMeter安装部署
- 关于mybatis的association和collection主键映射问题
- cad文本改宋体字型lisp_给CAD初学者的一些建议
- C++远征离港篇-学习笔记
- 调整Excel的打印线
- Fizz Buzz 面试题
- GPS测量中的数据格式——RINEX格式说明
- 任正非亲自参与,2021数字化转型再造华为!
- steam搬砖项目,运用汇率差赚钱,利润可达30%
- Java实现N元一次方程组求解
- 跟着团子学SAP PS:项目版本管理-项目模拟功能(CJV1/CJV2/CJV3/CJV4)
- 周纪三 周慎靓王元年(辛丑,公元前320年)——摘要
- 车载颚式移动破碎机让资源重生,刻不容缓
- 适用于程序员的钢琴、五线谱入门教程
- pycharm快捷键记录
- 双十二大家都在买哪些书?这份书单请码住
- 平面解析几何----抛物线上两弦OAOB的斜率之和为定值和直线AB过定点的关系