Python脚本：将mol2分子库文件拆分为单个mol2文件

如题：将mol2分子库文件拆分为单个mol2文件

用法：

python split_multimol2.py multi-mol2.mol2 out_dir

注释：python 脚本文件 mol2分子库输出目录

split_multimol2.py：

#Python2 or Python3
#AspirinCode 2018
#Script that splits a multi-mol2 file into individual mol2 files.
#python split_multimol2.py multi-mol2.mol2 out_dirimport sys
import osdef split_multimol2(multimol2):"""Splits a multi-mol2 file.Parameters----------multimol2 : strPath to the multi-mol2 file.Returns----------A generator object for lists for every extracted mol2-file. Lists containthe molecule ID and the mol2 file contents.e.g., ['ID1234', '@<TRIPOS>MOLECULE...'"""with open(multimol2, 'r') as mol2file:line = mol2file.readline()while not mol2file.tell() == os.fstat(mol2file.fileno()).st_size:if line.startswith("@<TRIPOS>MOLECULE"):mol2cont = []mol2cont.append(line)line = mol2file.readline()molecule_id = line.strip()while not line.startswith("@<TRIPOS>MOLECULE"):mol2cont.append(line)line = mol2file.readline()if mol2file.tell() == os.fstat(mol2file.fileno()).st_size:mol2cont.append(line)breakmol2cont[-1] = mol2cont[-1].rstrip() # removes blank line at file endyield [molecule_id, "".join(mol2cont)]def write_multimol2(multimol2, out_dir):"""Splits a multi-mol2 file into smaller multi-mol2 files.Parameters-----------multimol2 : strPath to the multi-mol2 file.out_dir : str:Output directory. New files will be named<molecule_name_1>.mol2, ... <molecule_name_n>.mol2Returns-----------chunks : intNumber of files written."""if not out_dir:os.mkdir(out_dir)single_mol2s = split_multimol2(args.MOL2_FILE)for mol2 in single_mol2s:out_mol2 = os.path.join(args.OUT_DIR, mol2[0]) + '.mol2'with open(out_mol2, 'w') as out_file:for line in mol2[1]:out_file.write(line)out_file.write('\n')def write_multimol2_chunks(multimol2, chunk_size, out_dir):"""Splits a multi-mol2 file into smaller multi-mol2 files.Parameters-----------multimol2 : strPath to the multi-mol2 file.chunksize : intNumber of mol2 files per chunk.out_dir : str:Output directory. New files will be named<multimol2>_1.mol2, ... <multimol2>_n.mol2Returns-----------chunks : intNumber of files written."""if not os.path.exists(out_dir):os.mkdir(out_dir)out_path_stem = os.path.dirname(multimol2)out_file_stem = os.path.basename(multimol2).split('.mol2')[0]cnt = 0chunks = 1out_file = open(os.path.join(out_dir, out_file_stem)+'_%d.mol2' % chunks, 'w')for mol2 in split_multimol2(multimol2):cnt += 1if cnt == chunk_size:cnt = 0chunks += 1out_file.close()out_file = open(os.path.join(out_dir, out_file_stem)+'_%d.mol2' % chunks, 'w')out_file.write(mol2[1] + '\n')out_file.close()return chunksif __name__ == '__main__':import argparseparser = argparse.ArgumentParser(description='Splits a multi-mol2 file into individual mol2 files',formatter_class=argparse.RawTextHelpFormatter)parser.add_argument('MOL2_FILE')parser.add_argument('OUT_DIR')parser.add_argument('-c', '--chunksize', help='Number of MOL2 structures per file (1 by default)', type=int)parser.add_argument('-v', '--version', action='version', version='split_multimol2 v. 1.1')args = parser.parse_args()if args.chunksize:write_multimol2_chunks(multimol2=args.MOL2_FILE, chunk_size=args.chunksize, out_dir=args.OUT_DIR)else:write_multimol2(multimol2=args.MOL2_FILE, out_dir=args.OUT_DIR)

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