生物信息学常见数据格式 • fasta • fastq • gff/gtf 练习题
含有>多少行
练习1：
1.人类Y染色体上有多少个基因呢？
2.在Y染色体的注释文件中有第三列哪些类型呢？
3.匹配exon 的行，然后反向输出
4.匹配CDS 或者UTR 的行
5.查找example.fq文件包含@ 的行并统计
6.查找example.fq文件以@ 开头的行并统计
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz |cut -f 3|headzcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz | cut -f 3|grep -v "#" |head
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz|cut -f 3|grep -v "#"|grep "gene"|head
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz|cut -f 3|grep -v "#"|grep "^gene"|head
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz|cut -f 3|grep -v "#"|grep -w "gene"|sort|uniq|wc -lzcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz|cut -f 3|grep -v "#"|grep -w "gene"|sort|uniq
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz|cut -f 3|grep -v "#"|grep -w "gene"|sort|wc -lzcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz|cut -f 3|grep -v "#"|grep -w "gene"|wc -l
1.人类Y染色体上有多少个基因呢？
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz| cut -f 3| grep -w 'gene'| wc -l
已知Homo这个文件就是Y染色体的gff3文件，我们先进行解压缩观看，即使用zcat这一命令，而后使用 head -30查看一下大致内容，注意不要直接zcat，通过了解gff3文件的格式，得知第三列为为类型，我们需要先通过cut这一命令取第三列（-f）的内容，而后通过grep这一命令筛选gene这一关键词，需要注意的是，如果不加上参数约束，pseudogene也会被筛选出来，因此需要加上 -w 这一次参数，最后使用wc统计即可。
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz|cut -f 3|grep -v "#"|grep "^gene"|sort|uniq -c
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz|cut -f 3|grep -v "#"|grep -w "gene"|sort|uniq -c
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz|head
看有多少个 注释文件
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz|grep '#'
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz|grep -v '#'|head
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz|grep -v '#'|less -SN
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz|grep -v '#'|head -1
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz |cut -f 3|headzcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz | cut -f 3|grep -v "#" |head
2.在Y染色体的注释文件中有第三列哪些类型呢？
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz | cut -f 3|grep -v "#" |sort|uniq -c前期步骤同上，不过在取完第三列之后，先用sort查看一下，发现里面有很多以#号开头的内容，因此我们需要先反选带有#号的内容，使用-v参数即可，
为了只显示类型，我们先sort后uniq，即可显示具体的类型，使用-c参数即可显示出现的次数。
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz | cut -f 3|grep -v "#" |sort|uniq -c|sortzcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz | cut -f 3|grep -v "#" |sort|uniq -c|sort -k 1
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz | cut -f 3|grep -v "#" |sort|uniq -c|sort -n -k 1
3.匹配exon 的行，然后反向输出
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz |grep "exon"|less -SNzcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz |grep -v "exon"|less -SN
4.匹配CDS 或者UTR 的行
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz |grep -e 'CDS' -e 'UTR'|less -SN
zcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz |grep -E 'CDS|UTR'|less -SNzcat Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz |grep 'CDS\|UTR'|less -SN
5.查找example.fq文件包含@ 的行并统计
cat example.fq|head
cat example.fq|grep '@'|wc -1cat example.fq|grep -c '@'
cat example.fq|grep -c '^@'cat example.fq|grep -v '^@'|less -SN
cat example.fq|wc -1cat example.fq|grep '^@'|grep -v '@ERR'|less -SN
cat example.fq|grep '^@'|grep -v -n '@ERR'|less -SN
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