sangerbox平台使用(六)富集分析
富集分析作为当前被生信分析的常规手段已经被用的越来越多。目前能够进行富集分析的方式有很多,如DAVID在线工具,R语言的clusterProfiler包等。但是对于DAVID在线工具来说,界面很友好,操作简单,缺点也很明显,更新较慢,背景数据集更新不够,导致富集分析的结果不是很准确。而R语言的clusterProfiler包恰好相反,操作复杂,还需要学习编程很麻烦,但是他是直接链接到官网上的背景数据集,不存在更新速度不够快的问题。
sangerbox开发了一个基于R语言的clusterProfiler包做富集分析的工具,链接为:
http://sangerbox.com/AllTools?tool_id=10068674
在富集分析之后,会进行相应的简单的可视化,包括常规的点图。但是默认都是选择最显著的前10或者20,30来做的。
当然该工具也有一定的弊端,富集分析时只能做的人这个物种,无法做其他的物种的。
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