基于RDKit探索DrugBank
如题:仅供参考
#导入依赖包
#!/usr/bin/python3from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit import DataStructs
from rdkit.Chem import Draw
import pandas as pd
#载入数据
#获取数据集中第一个分子
drugbank = Chem.SDMolSupplier('structures.sdf')
drugbank[0]
#获取数据集中第一个分子名称
drugbank[0].GetProp('GENERIC_NAME')
#输出数据集中分子包含的属性
properties = drugbank[0].GetPropNames()
for prop in properties:print(prop)
#获取数据集中批准的药物数目
approved = []
for drug in drugbank:if drug and 'approved' in drug.GetProp('DRUG_GROUPS'):approved.append(drug)
len(approved)
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