Linux010 Miniconda安装及使用

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0.8112020.08.01 19:49:48字数 401阅读 321

简介

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，可以在多个操作系统上（包括 Linux，Mac OSX 和 Windows）使用，Conda 允许用户可以从不同的 channels下载所需的软件包，用户也可以自己对 channels源进行配置。
Anaconda 是一个用于科学计算的 Python 发行版，支持 Linux, Mac, Windows, 包含了众多流行的科学计算、数据分析的 Python 包。Anaconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 下载。
Miniconda 是一个 Anaconda 的轻量级替代，默认只包含了 python 和 conda，但是可以通过 pip 和 conda 来安装所需要的包，Miniconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载。
Bioconda是专门用来提供生信软件的 channel，提供有超过7000个的生信软件

Miniconda安装包下载

清华大学开源软件镜像站：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/
检索关键词anaconda

image.png

image.png

找到最新的Linux版本，复制地址
使用wget命令下载软件包

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh

或

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

下载完成后运行

bash Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

软件安装完成后，需要刷新环境变量才能启动，我自己选择输入命令 source ~/.bashrc

#上面的base应该是MiniConda3的基础环境，说明该程序已经启动了

source ~/.bashrc

也可以重新打开一下

安装完成后，会在XXX用户主目录下自动生成一个Miniconda3目录（/home/XXX/Miniconda3）
添加清华镜像chanel
Anaconda 镜像使用帮助：https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels r
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge

运行conda -V查看版本号，确认是否安装成功
查看添加的源
```
 cat ~/.condarc
```
linux下vi文本编辑命令(例:~/.bashrc)
```
vi ~/.condarc
```

conda使用方法

usage: conda [-h] [-V] command ...conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.Options:positional arguments:commandclean        Remove unused packages and caches.config       Modify configuration values in .condarc. This is modeledafter the git config command. Writes to the user .condarcfile (/home/caoqiansheng/.condarc) by default.create       Create a new conda environment from a list of specifiedpackages.help         Displays a list of available conda commands and their helpstrings.info         Display information about current conda install.init         Initialize conda for shell interaction. [Experimental]install      Installs a list of packages into a specified condaenvironment.list         List linked packages in a conda environment.package      Low-level conda package utility. (EXPERIMENTAL)remove       Remove a list of packages from a specified conda environment.uninstall    Alias for conda remove.run          Run an executable in a conda environment. [Experimental]search       Search for packages and display associated information. Theinput is a MatchSpec, a query language for conda packages.See examples below.update       Updates conda packages to the latest compatible version.upgrade      Alias for conda update.optional arguments:-h, --help     Show this help message and exit.-V, --version  Show the conda version number and exit.conda commands available from other packages:env

安装conda后取消命令行前出现的base，取消每次启动自动激活conda的基础环境

方法一：

# 退出base环境回到系统自动的环境
conda deactivate

方法二

# 永久关闭默认启动base
conda config --set auto_activate_base false
# 激活base
conda activate base
# 恢复默认启动base
conda config --set auto_activate_base true

卸载conda

首先，在家目录~有一个miniconda3的文件夹，使用rm命令将它删除

rm -rf miniconda3

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