docker安装gamit_Ubuntu Linux下安装GAMIT
从安装的过程来看,Ubuntu Linux在台式机上会安装gcc,但是笔记本上则不会,所以在第一次装的时候并没有成功,虽然从头到尾都安装了,没有中断,但最后采用doy验证的时候没有通过。
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本文要用到的GAMIT 10.35文件下载在Linux公社5 号FTP服务器
Linux公社(LinuxIDC.com) 5 号FTP服务器【关于GAMIT】资源浏览查询:
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下文是根据原文加自己的安装过程,总结出的内容,蓝色为原文,内容可能上下有出入,但不影响安装。
出入的部分主要是软件的版本显示问题(原文是10.34,我安装的是10.35)和安装路径。
首先,安装GCC,因为在root模式下,命令行没有sudo
apt-get build-dep gcc
链接1采用两种方法,比较了大小后决定采用第一条,就是上面的命令。
通过gcc --version确认版本为 GCC 4.3.3
Gamit安装需要csh(tcsh)环境、GNU gfortran 4.2编译器和libx11-dev库支持。gfortran是软件推荐使用的编译器。libx11-dev是X11的程序开发库,它提供的lib.h和 libx11.a(libx11.so)是Gamit安装必须用到的两个库文件,主要是为Globk的提供图形库支持。以上三个条件却一不可。
Ubuntu系统没有csh,默认为bash。因此要先安装csh。
Ubuntu系统自带了gcc4.2,但是却没有安装gfortran编译器。而你安装时安装程序会调用默认的gfortran编译器,除非你指定gcc为你的编译器。
首先,以root身份登录,打开终端,输入
apt-get install csh
系统自动下载并安装csh,安装完成后在终端输入
chsh
提示
正在更改 root 的 SHELL
请输入新值,或直接敲回车键以使用默认值
登录 Shell [/bin/bash]:
输入
/bin/csh
修改bash为csh。重新起动Ubuntu,并以root身份登录,打开终端,输入
# echo $SHELL
返回s“/bin/csh”,说明SHELL修改成功。
接着输入
apt-get install gfortran
系统自动下载并安装gfortran。
在输入
apt-get install libx11-dev
系统自动下载并安装libx11-dev库支持。
安装gamit 10.35
定位到gamit的下载路径(即安装路径)
准备工作:
chmod +x install_software
修改install_software文件内容
“usr -name libX11.a”为"usr -name libX11.so",一个是静态共享库,一个是动态共享库。
makefile.config,修改:
# X11 library location - uncomment the appropriate one for your system
# Generic (will work on any system if links in place)
X11LIBPATH /usr/lib/X11
X11INCPATH /usr/include/X11
# Specific for Sun with OpenWindows
#X11LIBPATH /usr/openwin/lib
#X11INCPATH /usr/openwin/share/include/X11
# Specific for PC Solaris 10
#X11LIBPATH /usr/openwin/lib/
#X11INCPATH /usr/openwin/share/include/X11
# Specific to Linux RedHat 7,8 and 9, RH-FC1 -> 3
#X11LIBPATH /usr/X11R6/lib
#X11INCPATH /usr/X11R6/include/X11
# Specific to FC5
#X11LIBPATH /usr/lib
#X11INCPATH /usr/include/X11
# Specific for MIT HP and Sun for Release 5
#X11LIBPATH /usr/lib/X11R5
#X11INCPATH /usr/include/X11R5
# Specific for IBM AIX4.2
#X11LIBPATH /usr/lpp/X11/lib
#X11INCPATH /usr/lpp/X11/include
# Specific for MacOSX
#X11LIBPATH /usr/X11R6/lib
#X11INCPATH /usr/include/X11
为:
# X11 library location - uncomment the appropriate one for your system
# Generic (will work on any system if links in place)
#X11LIBPATH /usr/lib/X11
#X11INCPATH /usr/include/X11
# Specific for Sun with OpenWindows
#X11LIBPATH /usr/openwin/lib
#X11INCPATH /usr/openwin/share/include/X11
# Specific for PC Solaris 10
#X11LIBPATH /usr/openwin/lib/
#X11INCPATH /usr/openwin/share/include/X11
# Specific to Linux RedHat 7,8 and 9, RH-FC1 -> 3
#X11LIBPATH /usr/X11R6/lib
#X11INCPATH /usr/X11R6/include/X11
# Specific to FC5(F6,F7,F8 )
X11LIBPATH /usr/lib
X11INCPATH /usr/include/X11
# Specific for MIT HP and Sun for Release 5
#X11LIBPATH /usr/lib/X11R5
#X11INCPATH /usr/include/X11R5
# Specific for IBM AIX4.2
#X11LIBPATH /usr/lpp/X11/lib
#X11INCPATH /usr/lpp/X11/include
# Specific for MacOSX
#X11LIBPATH /usr/X11R6/lib
#X11INCPATH /usr/include/X11
gamit/libraries压缩包里,修改Makefile.config/Makefile.config.bak中的一组参数
MAXSIT 55
MAXSAT 32
MAXATM 13
MAXEPC 2880
将MAXATM改为25。
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