本地Blast2GO安装，及其数据库更新和导入数据中断的解决方案
http://blog.sciencenet.cn/blog-686680-748695.html
http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation/
http://www.dxy.cn/bbs/thread/15446435#15446435
本地Blast2GO安装，及其数据库更新和导入数据中断的解决方案
本文提供改进的本地化Blast2GO自动化安装脚本，以及指导如何更新数据库，并提供导入数据中断的解决方案。对无root权限的用户同样有效，同时指导如何成功运行b2g4pipe和本地Blast2GO图形界面。
——————————————————————————
本人仅安装了此程序，未跑过真实数据，且时间已久，不做任何解答，抱歉
——————————————————————————
由于Blast2GO官方网站提供的Blast2GO数据库安装教程需要用户具有root权限，而其官网上另一自动化安装脚本已过时，会出错，故文本将二者结合，并根据自身经验重新整理。
软件环境
- 操作系统 ：Linux（Centos, Ubuntu, Fedora等），最好有root权限，方便配置mysql。
- 数据库 ：Mysql（或者Mysql的分支MariaDB），要有能创建数据库权限的用户，如果没有，可以参照我另一篇日志在没有Root权限的情况下安装Mysql。
- Java运行环境：一定要Oracle JDK (6、7都行)，不要用OpenJDK，否则无法运行b2g4pipe！可参照我另一篇日志《Linux安装JDK》（内含没root权限时安装方法）。
- Local NCBI-Blast，可参照我另一篇文章《Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程》。
注：1. 除非是已经非root安装mysql在有足够磁盘空间的分区（home）下，请一定参照网上的方法把Mysql的数据库目录配置到有足够空间的目录下面！2. 安装oracle jdk，不用卸载openjdk，并切换java到oracle jdk。
sudo /usr/sbin/alternatives --config java
手动准备数据
1) 避免不稳定的网络环境使下载中断，自己用迅雷或者FTP客户端（wget也支持断点续传）下载以下4个文件（一共5.1G）：
- godatabase: http://archive.geneontology.org/latest-full/ 目录下对应的go_XXXX-assocdb-data.gz
- gene_info.gz: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz
- gene2accession.gz:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz
- idmapping.tb.gz:ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz
2) 解压文件。提示：gzip -d解压文件后会删除原来的压缩文件。
gzip -d *.gz
3）下载local_b2g_db.zip文件，并解压。内含创建数据库的b2gdb.sql文件和导入idmapping文件的java程序ImportIdMapping.class及其依赖的库mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar。
为了方便，上述文件都放到同一目录下。解压后文件清单如下：
./: 31.48 GB2.97 KB ImportIdMapping.class2.33 KB b2gdb.sql1.83 KB download_and_install.sh3.27 GB gene2accession1.32 GB gene_info22.37 GB go_201307-assocdb-data4.51 GB idmapping.tb528.18 KB mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar
导入数据库
0) 预防针。
b2gdb.sql建立数据库以及用户时，默认只赋予用户（blast2go）在本机（localhost）访问数据库（b2gdb）的权限，如下所示：
GRANT ALL ON b2gdb.* TO 'blast2go'@'localhost' IDENTIFIED BY 'blast4it';
FLUSH PRIVILEGES;如果你今后需要在自己电脑使用服务器的b2g数据库，那么你需要赋予blast2go在任意主机（%）访问数据库的权限，修改如下：
GRANT ALL ON b2gdb.* TO 'blast2go'@'%' IDENTIFIED BY 'blast4it';
FLUSH PRIVILEGES;没这样设置的结果就是，PC远程连接服务器的数据库提示connection time out，即使PC和服务器的防火墙设置无问题，仍然无法连接数据库。那么补救措施就是在服务器登陆mysql（必要时-P指定端口），运行上述两句mysql命令。
1) 配置download_and_install.sh文件：
#!/bin/sh# 配置以下7行 godbname=go_201307-assocdb-data # 根据http://archive.geneontology.org/latest-full/下assocdb-data.gz文件更改 dbname=b2gdb # 数据库 名称，不用改 dbuser=root # 数据库 用户名 dbpass=passwordofroot # 数据库 用户密码 dbhost=localhost # 数据库 所在ip dbport=3306 # 数据库 端口，3306是默认的，如果是无root权限安装的MySQL，一定要改为设置的端口，比如我的33060 path=/home/shenwei/Public/Data/local_b2g # 数据文件目录，注意路径末尾不要有“/”# 如果已经下载数据文件，下列部分保持注释 ### Download the GO database the NCBI mapping files and the PIR mapping # wget http://archive.geneontology.org/latest-full/$godbname.gz # wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz # wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz # wget ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz# 如果已经下载并解压数据文件，下列部分保持注释 ###unzip files # gzip -dv $godbname.gz # gzip -dv gene_info.gz # gzip -dv gene2accession.gz # gzip -dv idmapping.tb.gzecho 1. Create the DB Tables and user mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass < b2gdb.sql### Import data to the GO Database echo 2. Import $godbname mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass $dbname < $godbnameecho 3. Import gene2accession mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass $dbname -e"LOAD DATA LOCAL INFILE '$path"/gene2accession"' INTO TABLE gene2accession FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';"echo 4. Import gene_info mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass $dbname -e"LOAD DATA LOCAL INFILE '$path"/gene_info"' INTO TABLE gene_info FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';"echo 5. Import idmapping.tb java -cp .:mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar: ImportIdMapping $path/idmapping.tb $dbhost:$dbport $dbname blast2go blast4it echo All data imported.
注意：如果是无root权限安装的MySQL，一定要设置数据库端口为为自己设置的端口，比如我的33060，否则无法导入idmapping.tb。
如果导入数据出现中断，切勿简单地重新运行download_and_install，请参照后面的章节进行操作。
总共导入数据需要约7小时。
数据库各文件大小：
b2gdb/: 74.91 GB17.59 GB association.MYI14.82 GB evidence.MYI6.43 GB evidence_dbxref.MYI5.91 GB evidence.MYD3.90 GB association.MYD3.63 GB dbxref.MYI3.31 GB gene_product.MYI2.68 GB gene2accession.MYD2.37 GB gene_product_count.MYI2.01 GB gi2uniprot.MYI1.95 GB gene_product_synonym.MYI1.67 GB evidence_dbxref.MYD1.42 GB gene_product.MYD1.40 GB gene2accession.MYI1.28 GB gene_info.MYD1.10 GB gene_product_synonym.MYD1.10 GB gene_product_count.MYD894.13 MB gi2uniprot.MYD636.91 MB dbxref.MYD349.73 MB gene_info.MYI224.40 MB species.MYI156.21 MB graph_path.MYI55.88 MB species.MYD23.98 MB graph_path.MYD16.19 MB term_synonym.MYI10.71 MB term.MYI9.58 MB term_dbxref.MYI7.27 MB term_definition.MYD5.63 MB term2term.MYI5.16 MB term_synonym.MYD3.10 MB term.MYD2.32 MB term_dbxref.MYD1.53 MB term2term.MYD1.08 MB term_definition.MYI735.00 KB association_qualifier.MYI419.75 KB association_qualifier.MYD343.00 KB term_subset.MYI196.00 KB gene_product_homolset.MYI111.00 KB term2term_metadata.MYI87.12 KB term_subset.MYD82.42 KB gene_product_homolset.MYD49.76 KB db.MYD38.00 KB db.MYI37.67 KB term2term_metadata.MYD36.00 KB homolset.MYI35.00 KB association_species_qualifier.MYI16.73 KB species.frm14.35 KB homolset.MYD12.63 KB db.frm12.60 KB association.frm12.58 KB graph_path.frm12.57 KB term.frm12.56 KB term_synonym.frm12.54 KB gene_product.frm12.52 KB dbxref.frm12.51 KB evidence.frm11.69 KB association_species_qualifier.MYD9.06 KB gene_info.frm8.96 KB gene2accession.frm8.67 KB relation_properties.frm8.64 KB source_audit.frm8.62 KB seq.frm8.61 KB homolset.frm8.56 KB gene_product_ancestor.frm8.54 KB term_definition.frm8.53 KB instance_data.frm8.53 KB gene_product_count.frm8.53 KB term2term.frm8.51 KB relation_composition.frm8.50 KB association_property.frm8.50 KB gene_product_homology.frm8.49 KB intersection_of.frm8.49 KB term2term_metadata.frm8.49 KB phylotree_property.frm8.48 KB assoc_rel.frm8.48 KB seq_property.frm8.47 KB association_qualifier.frm8.47 KB gene_product_property.frm8.46 KB gene_product_seq.frm8.46 KB term_dbxref.frm8.46 KB term_property.frm8.45 KB gene_product_phylotree.frm8.45 KB gene_product_homolset.frm8.45 KB association_species_qualifier.frm8.44 KB graph_path2term.frm8.43 KB gene_product_synonym.frm8.43 KB association_isoform.frm8.42 KB phylotree.frm8.42 KB gene_product_subset.frm8.42 KB gene_product_dbxref.frm8.41 KB evidence_dbxref.frm8.41 KB term_audit.frm8.40 KB term_subset.frm8.40 KB seq_dbxref.frm8.39 KB gi2uniprot.frm7.00 KB relation_composition.MYI4.00 KB source_audit.MYI4.00 KB instance_data.MYI3.00 KB relation_properties.MYI2.00 KB seq_property.MYI2.00 KB gene_product_property.MYI1.00 KB term_property.MYI1.00 KB intersection_of.MYI1.00 KB phylotree.MYI1.00 KB phylotree_property.MYI1.00 KB graph_path2term.MYI1.00 KB seq.MYI1.00 KB seq_dbxref.MYI1.00 KB gene_product_homology.MYI1.00 KB gene_product_subset.MYI1.00 KB gene_product_seq.MYI1.00 KB gene_product_phylotree.MYI1.00 KB gene_product_dbxref.MYI1.00 KB term_audit.MYI1.00 KB gene_product_ancestor.MYI1.00 KB association_property.MYI1.00 KB association_isoform.MYI1.00 KB assoc_rel.MYI289.00 B relation_composition.MYD196.00 B source_audit.MYD145.00 B relation_properties.MYD65.00 B db.opt24.00 B instance_data.MYD0.00 B gene_product_dbxref.MYD0.00 B seq_property.MYD0.00 B intersection_of.MYD0.00 B gene_product_ancestor.MYD0.00 B assoc_rel.MYD0.00 B association_isoform.MYD0.00 B term_audit.MYD0.00 B seq_dbxref.MYD0.00 B term_property.MYD0.00 B seq.MYD0.00 B phylotree.MYD0.00 B gene_product_seq.MYD0.00 B graph_path2term.MYD0.00 B gene_product_property.MYD0.00 B association_property.MYD0.00 B gene_product_phylotree.MYD0.00 B gene_product_subset.MYD0.00 B gene_product_homology.MYD0.00 B phylotree_property.MYD
运行官方的例子b2g4pipe
下载https://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip并解压。配置b2gPipe.properties文件中b2gdb信息：
// GO and B2G Data Access Basic Dbacces.dbname=b2gdb Dbacces.dbhost=localhost:3306 Dbacces.dbuser=blast2go Dbacces.dbpasswd=blast4it
1） 如果是无root权限安装的MySQL，一定要设置数据库端口为为自己设置的端口。
2） 如果是在本地运行，一定要保证服务器的mysql端口（3306）没有被防火墙屏蔽，Dbaccess.dbhost中的IP也要设置成服务器的IP。
sh ./runPipeExample.sh
#!/bin/bash # Windows中不要上面这行！！！！！！！！！！！！！# -Xmx1024M 指定java最大可使用内存，根据情况更改 java -Xmx1024M -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in 10_BlastResults_2011.xml -out results/myproject-prop b2gPipe.properties -v -annot -dat -img -ips ipsr -annex -goslim -wiki html_template.html# Windows中把冒号改成分号！！！！！！！！！！！！！ # java -Xmx1G-cp *;ext/*; es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in 10_BlastResults_2011.xml -out results/myproject-prop b2gPipe.properties -v -annot -dat -img -ips ipsr -annex -goslim -wiki html_template.html
注意：如果是在windows上运行，要将其中的冒号“:”改为分号“;”，文件名后缀改为.bat，直接双击文件运行。
#!/bin/bash # Windows中不要上面这行！！！！！！！！！！！！！# -Xmx1024M 指定java最大可使用内存，根据情况更改 java -Xmx1024M -cp *:ext/*: es.blast2go.Blast2GO# Windows中把冒号改成分号！！！！！！！！！！！！！ # java -Xmx1024M -cp *;ext/*; es.blast2go.Blast2GO
进入到b2g4pipe目录,运行脚本（windows中直接双击.bat文件）:
sh ./Blast2GO_GUI.sh
注意：如果是无root权限安装的MySQL，Host需要加上自定义的mysql端口，比如192.168.1.2:33060，192.168.1.2为服务器IP。
下载解压新的assocdb-data文件后，注释download_and_install.sh中其它导入数据的命令，只保留第二步：
### Import data to the GO Database echo 2. Import $godbname mysql -h$dbhost -u$dbuser -p$dbpass $dbname < $godbname
并运行download_and_install.sh。不用担心与旧的数据冲突，它们会被自动删除然后更新。
2）gene2accession、gene_info、idmapping.tb的更新：
由于它们是以导入数据文件的方式导入数据库，需要登陆到数据库中，手动清空对应的原来数据表中的数据：
$ mysql -u root -p
Enter password:mysql> use b2gdb;
Database changedmysql> truncate table gene2accession;
Query OK, 0 rows affected (16.67 sec)mysql> truncate table gene_info;
Query OK, 0 rows affected (2 min 2.49 sec)mysql> truncate table gi2uniprot;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)mysql> quit
Bye注意，上面truncate table gi2uniprot花费0.00 sec是因为当时我还没有导入idmapping.tb，即gi2uniprot中还没有数据，所以速度很快。
- Blast2GO安装 http://blog.sciencenet.cn/blog-402211-629228.html
- Blast2GO Documentation http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources
- Local Blast2GO Database Installation http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources/35-localb2gdb
- 其它无数Google出来的页面
至于，PC远程连接服务器的数据库提示connection time out的情况，请参照前文“导入数据库”的“0) 预防针”部分。
本地Blast2GO安装，及其数据库更新和导入数据中断的解决方案
本文提供改进的本地化Blast2GO自动化安装脚本，以及指导如何更新数据库，并提供导入数据中断的解决方案。对无root权限的用户同样有效，同时指导如何成功运行b2g4pipe和本地Blast2GO图形界面。
——————————————————————————
本人仅安装了此程序，未跑过真实数据，且时间已久，不做任何解答，抱歉
——————————————————————————
由于Blast2GO官方网站提供的Blast2GO数据库安装教程需要用户具有root权限，而其官网上另一自动化安装脚本已过时，会出错，故文本将二者结合，并根据自身经验重新整理。
软件环境
- 操作系统 ：Linux（Centos, Ubuntu, Fedora等），最好有root权限，方便配置mysql。
- 数据库 ：Mysql（或者Mysql的分支MariaDB），要有能创建数据库权限的用户，如果没有，可以参照我另一篇日志在没有Root权限的情况下安装Mysql。
- Java运行环境：一定要Oracle JDK (6、7都行)，不要用OpenJDK，否则无法运行b2g4pipe！可参照我另一篇日志《Linux安装JDK》（内含没root权限时安装方法）。
- Local NCBI-Blast，可参照我另一篇文章《Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程》。
注：1. 除非是已经非root安装mysql在有足够磁盘空间的分区（home）下，请一定参照网上的方法把Mysql的数据库目录配置到有足够空间的目录下面！2. 安装oracle jdk，不用卸载openjdk，并切换java到oracle jdk。
sudo /usr/sbin/alternatives --config java
手动准备数据
1) 避免不稳定的网络环境使下载中断，自己用迅雷或者FTP客户端（wget也支持断点续传）下载以下4个文件（一共5.1G）：
- godatabase: http://archive.geneontology.org/latest-full/ 目录下对应的go_XXXX-assocdb-data.gz
- gene_info.gz: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz
- gene2accession.gz:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz
- idmapping.tb.gz:ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz
2) 解压文件。提示：gzip -d解压文件后会删除原来的压缩文件。
gzip -d *.gz
3）下载local_b2g_db.zip文件，并解压。内含创建数据库的b2gdb.sql文件和导入idmapping文件的java程序ImportIdMapping.class及其依赖的库mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar。
为了方便，上述文件都放到同一目录下。解压后文件清单如下：
./: 31.48 GB2.97 KB ImportIdMapping.class2.33 KB b2gdb.sql1.83 KB download_and_install.sh3.27 GB gene2accession1.32 GB gene_info22.37 GB go_201307-assocdb-data4.51 GB idmapping.tb528.18 KB mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar
导入数据库
0) 预防针。
b2gdb.sql建立数据库以及用户时，默认只赋予用户（blast2go）在本机（localhost）访问数据库（b2gdb）的权限，如下所示：
GRANT ALL ON b2gdb.* TO 'blast2go'@'localhost' IDENTIFIED BY 'blast4it';
FLUSH PRIVILEGES;如果你今后需要在自己电脑使用服务器的b2g数据库，那么你需要赋予blast2go在任意主机（%）访问数据库的权限，修改如下：
GRANT ALL ON b2gdb.* TO 'blast2go'@'%' IDENTIFIED BY 'blast4it';
FLUSH PRIVILEGES;没这样设置的结果就是，PC远程连接服务器的数据库提示connection time out，即使PC和服务器的防火墙设置无问题，仍然无法连接数据库。那么补救措施就是在服务器登陆mysql（必要时-P指定端口），运行上述两句mysql命令。
1) 配置download_and_install.sh文件：
#!/bin/sh# 配置以下7行 godbname=go_201307-assocdb-data # 根据http://archive.geneontology.org/latest-full/下assocdb-data.gz文件更改 dbname=b2gdb # 数据库 名称，不用改 dbuser=root # 数据库 用户名 dbpass=passwordofroot # 数据库 用户密码 dbhost=localhost # 数据库 所在ip dbport=3306 # 数据库 端口，3306是默认的，如果是无root权限安装的MySQL，一定要改为设置的端口，比如我的33060 path=/home/shenwei/Public/Data/local_b2g # 数据文件目录，注意路径末尾不要有“/”# 如果已经下载数据文件，下列部分保持注释 ### Download the GO database the NCBI mapping files and the PIR mapping # wget http://archive.geneontology.org/latest-full/$godbname.gz # wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz # wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz # wget ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz# 如果已经下载并解压数据文件，下列部分保持注释 ###unzip files # gzip -dv $godbname.gz # gzip -dv gene_info.gz # gzip -dv gene2accession.gz # gzip -dv idmapping.tb.gzecho 1. Create the DB Tables and user mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass < b2gdb.sql### Import data to the GO Database echo 2. Import $godbname mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass $dbname < $godbnameecho 3. Import gene2accession mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass $dbname -e"LOAD DATA LOCAL INFILE '$path"/gene2accession"' INTO TABLE gene2accession FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';"echo 4. Import gene_info mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass $dbname -e"LOAD DATA LOCAL INFILE '$path"/gene_info"' INTO TABLE gene_info FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';"echo 5. Import idmapping.tb java -cp .:mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar: ImportIdMapping $path/idmapping.tb $dbhost:$dbport $dbname blast2go blast4it echo All data imported.
注意：如果是无root权限安装的MySQL，一定要设置数据库端口为为自己设置的端口，比如我的33060，否则无法导入idmapping.tb。
如果导入数据出现中断，切勿简单地重新运行download_and_install，请参照后面的章节进行操作。
总共导入数据需要约7小时。
数据库各文件大小：
b2gdb/: 74.91 GB17.59 GB association.MYI14.82 GB evidence.MYI6.43 GB evidence_dbxref.MYI5.91 GB evidence.MYD3.90 GB association.MYD3.63 GB dbxref.MYI3.31 GB gene_product.MYI2.68 GB gene2accession.MYD2.37 GB gene_product_count.MYI2.01 GB gi2uniprot.MYI1.95 GB gene_product_synonym.MYI1.67 GB evidence_dbxref.MYD1.42 GB gene_product.MYD1.40 GB gene2accession.MYI1.28 GB gene_info.MYD1.10 GB gene_product_synonym.MYD1.10 GB gene_product_count.MYD894.13 MB gi2uniprot.MYD636.91 MB dbxref.MYD349.73 MB gene_info.MYI224.40 MB species.MYI156.21 MB graph_path.MYI55.88 MB species.MYD23.98 MB graph_path.MYD16.19 MB term_synonym.MYI10.71 MB term.MYI9.58 MB term_dbxref.MYI7.27 MB term_definition.MYD5.63 MB term2term.MYI5.16 MB term_synonym.MYD3.10 MB term.MYD2.32 MB term_dbxref.MYD1.53 MB term2term.MYD1.08 MB term_definition.MYI735.00 KB association_qualifier.MYI419.75 KB association_qualifier.MYD343.00 KB term_subset.MYI196.00 KB gene_product_homolset.MYI111.00 KB term2term_metadata.MYI87.12 KB term_subset.MYD82.42 KB gene_product_homolset.MYD49.76 KB db.MYD38.00 KB db.MYI37.67 KB term2term_metadata.MYD36.00 KB homolset.MYI35.00 KB association_species_qualifier.MYI16.73 KB species.frm14.35 KB homolset.MYD12.63 KB db.frm12.60 KB association.frm12.58 KB graph_path.frm12.57 KB term.frm12.56 KB term_synonym.frm12.54 KB gene_product.frm12.52 KB dbxref.frm12.51 KB evidence.frm11.69 KB association_species_qualifier.MYD9.06 KB gene_info.frm8.96 KB gene2accession.frm8.67 KB relation_properties.frm8.64 KB source_audit.frm8.62 KB seq.frm8.61 KB homolset.frm8.56 KB gene_product_ancestor.frm8.54 KB term_definition.frm8.53 KB instance_data.frm8.53 KB gene_product_count.frm8.53 KB term2term.frm8.51 KB relation_composition.frm8.50 KB association_property.frm8.50 KB gene_product_homology.frm8.49 KB intersection_of.frm8.49 KB term2term_metadata.frm8.49 KB phylotree_property.frm8.48 KB assoc_rel.frm8.48 KB seq_property.frm8.47 KB association_qualifier.frm8.47 KB gene_product_property.frm8.46 KB gene_product_seq.frm8.46 KB term_dbxref.frm8.46 KB term_property.frm8.45 KB gene_product_phylotree.frm8.45 KB gene_product_homolset.frm8.45 KB association_species_qualifier.frm8.44 KB graph_path2term.frm8.43 KB gene_product_synonym.frm8.43 KB association_isoform.frm8.42 KB phylotree.frm8.42 KB gene_product_subset.frm8.42 KB gene_product_dbxref.frm8.41 KB evidence_dbxref.frm8.41 KB term_audit.frm8.40 KB term_subset.frm8.40 KB seq_dbxref.frm8.39 KB gi2uniprot.frm7.00 KB relation_composition.MYI4.00 KB source_audit.MYI4.00 KB instance_data.MYI3.00 KB relation_properties.MYI2.00 KB seq_property.MYI2.00 KB gene_product_property.MYI1.00 KB term_property.MYI1.00 KB intersection_of.MYI1.00 KB phylotree.MYI1.00 KB phylotree_property.MYI1.00 KB graph_path2term.MYI1.00 KB seq.MYI1.00 KB seq_dbxref.MYI1.00 KB gene_product_homology.MYI1.00 KB gene_product_subset.MYI1.00 KB gene_product_seq.MYI1.00 KB gene_product_phylotree.MYI1.00 KB gene_product_dbxref.MYI1.00 KB term_audit.MYI1.00 KB gene_product_ancestor.MYI1.00 KB association_property.MYI1.00 KB association_isoform.MYI1.00 KB assoc_rel.MYI289.00 B relation_composition.MYD196.00 B source_audit.MYD145.00 B relation_properties.MYD65.00 B db.opt24.00 B instance_data.MYD0.00 B gene_product_dbxref.MYD0.00 B seq_property.MYD0.00 B intersection_of.MYD0.00 B gene_product_ancestor.MYD0.00 B assoc_rel.MYD0.00 B association_isoform.MYD0.00 B term_audit.MYD0.00 B seq_dbxref.MYD0.00 B term_property.MYD0.00 B seq.MYD0.00 B phylotree.MYD0.00 B gene_product_seq.MYD0.00 B graph_path2term.MYD0.00 B gene_product_property.MYD0.00 B association_property.MYD0.00 B gene_product_phylotree.MYD0.00 B gene_product_subset.MYD0.00 B gene_product_homology.MYD0.00 B phylotree_property.MYD
运行官方的例子b2g4pipe
下载https://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip并解压。配置b2gPipe.properties文件中b2gdb信息：
// GO and B2G Data Access Basic Dbacces.dbname=b2gdb Dbacces.dbhost=localhost:3306 Dbacces.dbuser=blast2go Dbacces.dbpasswd=blast4it
1） 如果是无root权限安装的MySQL，一定要设置数据库端口为为自己设置的端口。
2） 如果是在本地运行，一定要保证服务器的mysql端口（3306）没有被防火墙屏蔽，Dbaccess.dbhost中的IP也要设置成服务器的IP。
sh ./runPipeExample.sh
#!/bin/bash # Windows中不要上面这行！！！！！！！！！！！！！# -Xmx1024M 指定java最大可使用内存，根据情况更改 java -Xmx1024M -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in 10_BlastResults_2011.xml -out results/myproject-prop b2gPipe.properties -v -annot -dat -img -ips ipsr -annex -goslim -wiki html_template.html# Windows中把冒号改成分号！！！！！！！！！！！！！ # java -Xmx1G-cp *;ext/*; es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in 10_BlastResults_2011.xml -out results/myproject-prop b2gPipe.properties -v -annot -dat -img -ips ipsr -annex -goslim -wiki html_template.html
注意：如果是在windows上运行，要将其中的冒号“:”改为分号“;”，文件名后缀改为.bat，直接双击文件运行。
#!/bin/bash # Windows中不要上面这行！！！！！！！！！！！！！# -Xmx1024M 指定java最大可使用内存，根据情况更改 java -Xmx1024M -cp *:ext/*: es.blast2go.Blast2GO# Windows中把冒号改成分号！！！！！！！！！！！！！ # java -Xmx1024M -cp *;ext/*; es.blast2go.Blast2GO
进入到b2g4pipe目录,运行脚本（windows中直接双击.bat文件）:
sh ./Blast2GO_GUI.sh
注意：如果是无root权限安装的MySQL，Host需要加上自定义的mysql端口，比如192.168.1.2:33060，192.168.1.2为服务器IP。
下载解压新的assocdb-data文件后，注释download_and_install.sh中其它导入数据的命令，只保留第二步：
### Import data to the GO Database echo 2. Import $godbname mysql -h$dbhost -u$dbuser -p$dbpass $dbname < $godbname
并运行download_and_install.sh。不用担心与旧的数据冲突，它们会被自动删除然后更新。
2）gene2accession、gene_info、idmapping.tb的更新：
由于它们是以导入数据文件的方式导入数据库，需要登陆到数据库中，手动清空对应的原来数据表中的数据：
$ mysql -u root -p
Enter password:mysql> use b2gdb;
Database changedmysql> truncate table gene2accession;
Query OK, 0 rows affected (16.67 sec)mysql> truncate table gene_info;
Query OK, 0 rows affected (2 min 2.49 sec)mysql> truncate table gi2uniprot;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)mysql> quit
Bye注意，上面truncate table gi2uniprot花费0.00 sec是因为当时我还没有导入idmapping.tb，即gi2uniprot中还没有数据，所以速度很快。
- Blast2GO安装 http://blog.sciencenet.cn/blog-402211-629228.html
- Blast2GO Documentation http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources
- Local Blast2GO Database Installation http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources/35-localb2gdb
- 其它无数Google出来的页面
至于，PC远程连接服务器的数据库提示connection time out的情况，请参照前文“导入数据库”的“0) 预防针”部分。
本地Blast2GO安装，及其数据库更新和导入数据中断的解决方案相关推荐
- python批量导入mysql_用python批量向数据库(MySQL)中导入数据
用python批量向数据库(MySQL)中导入数据 现有数十万条数据,如下的经过打乱处理过的数据进行导入 数据库内部的表格的数据格式如下与下面的表格结构相同 Current database: pyt ...
- 微信小程序云开发——常用功能2：操作云数据库一键批量导入数据（导入json文件）
微信小程序云开发--常用功能2:操作云数据库一键批量导入数据(导入json文件) 今天我们要添加100条数据.下面的过程是先创建一条记录,然后导出这条数据看json文件中是如何编辑字段的,然后仿照这个 ...
- 华夏名网虚拟主机如何导入mysql/mssql数据库,怎样自已导入数据到华夏名网数据库
华夏名网虚拟主机如何导入mysql/mssql数据库,怎样自已导入数据到华夏名网数据库 华夏名网代理客服losoon经常帮用户导数据和数据库,现总结一点经验,为更多的华夏名网用户提供方便,如何自已导入 ...
- python 数据导入mysql_用python批量向数据库(MySQL)中导入数据
用python批量向数据库(MySQL)中导入数据 现有数十万条数据,如下的经过打乱处理过的数据进行导入 数据库内部的表格的数据格式如下与下面的表格结构相同Current database: pyth ...
- 《项目经验》--简单三层使用DataTable向数据库表批量导入数据---向SqlServer多张张表中导入数据
前面已经介绍过如何向数据库的一张表中批量导入数据,详情见博客<项目经验---简单三层使用DataTable向数据库表批量导入数据---向SqlServer一张表中导入数据>:本文主要介绍如 ...
- navicat没安装mysql怎么连接_在本地不安装mysql 数据库 能连接吗?
展开全部 本地不安装mysql 服务器是可以的,但是至少要安装客户端, 也要安装一个 ODBC 的驱动.62616964757a686964616fe78988e69d833133336564623 ...
- solr从数据库为solr_home导入数据
针对5.3以后的导入数据 1. 在solr_home里添加core容器 该solr_home是安装solr到tomcat时配置的,参见:将solr安装到tomcat里 在该solr_home里新一个文 ...
- Navicat 连接 Oracle数据库并，导入数据泵（.dmp）
如有什么质疑的地方,希望可以和大家一起探讨,共同进步. 一.安装方法: 1.首先下载Navicat Premium和Oracle Database Oracle Database官网下载地址:http ...
- android动态更新数据库数据,Android数据库更新——上万条数据的插入
在实际情况下,很可能遇到会向一个表中插入10万条数据,而这样的数据库更新,如果用寻常的方式,在SQLiteOpenHelper.onUpdate()方法中不断的执行SQL语句,那么效率是可想而知的,甚 ...
- SQL Server数据库中批量导入数据的四种方法总结
在软件项目实施的时候,数据导入一直是项目人员比较头疼的问题.其实,在SQL Server中集成了很多成批导入数据的方法.有些项目实施顾问头疼的问题,在我们数据库管理员眼中,是小菜一碟.现在的重点就是, ...
最新文章
- java 调用autoit_Java中调用AutoIt操作控件
- 这种奇奇怪怪的符号，只能用latex打出来，如果实在不行，＞---|--＞＞也行
- 上海内推 | 极氪智能科技百万年薪「氪学家」项目招聘规控/感知算法工程师
- 2021牛客NOIP提高组第二场T2——方格计数（组合数计数）
- html5 摄像头 直播,详解HTML5 使用video标签实现选择摄像头功能
- 并发编程的数据竞争问题以及解决之道
- 获取脚本路径_如何快速有效的写ftp脚本
- Struts2框架学习之一：Hello World程序
- 零基础搭建Hadoop大数据处理-初识
- 3个月攻破CCNA：12周教程资料盘点
- 聪明人为何无法征服世界？
- @RunWith的使用
- 十年风雨，一个普通程序员的成长之路（三）铜陵：大雪与加班
- 华为手机如何安装google play, chrome等
- JAVA代码实现人物照片的人像分割 | 百度AI
- 以下哪种数据结构的查找效率最高
- 今年出现了5种电子商务SEO趋势
- 《MySQL 入门教程》第 06 篇 备份与恢复
- Candence常用操作快捷键
- 从零开始学riscv之建房子，先打地基