合并多个fasta文件，并重命名基因名称

准备：

将多个fasta文件置于D:\PyCharm\py_code\test\RC和D:\PyCharm\py_code\test\KS路径中

以下代码保存于D:\PyCharm\py_code\test\MergeFasta.py,运行即可得到AllFasta.fasta

备注：原本fasta的基因名称为NCBI上的名称，重命名后为(Organism)ProteinID.faa，RC和KS即Organism

import osdef MergeFasta(path):listLocal = []for file in os.listdir(path):  # 遍历path中的文件if os.path.isdir(file):  # 判断是否是文件夹Local = os.path.join(path, file)  # 创建路径listLocal.append(Local)  # 路径写入listfor local in listLocal:  # 读取list中的路径os.chdir(local)  # 修改当前工作路径organism = os.path.basename(local)  # 获取路径中倒数第1个文件名for filein in os.listdir(local):  # 读取文件if os.path.splitext(filein)[1] == '.fasta':  # 判断是否是fasta压缩文件newname = (organism + '(' + os.path.splitext(filein)[0] + ')')  # 创建基因名称gene = open(filein, 'r')#打开fasta文件Result = open(os.path.join(path, 'MergeFasta.fasta'), 'a+')#创捷MergeFasta.fasta文件for line in gene:if '>' in line:#获取第一行基因名称，并修改line1 = ('>' + newname + '\n')Result.write(line1)elif line != '\n':#写入基因序列，因为fasta文件中可以能又空行的情况Result.write(line)path = os.getcwd()
MergeFasta(path)

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