circos软件的安装详解
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circos 是一款perl 语言开发的画图软件,提供了染色体相关数据的一种可视化方式。其制作的图表精美,被科研工作者广泛使用。
官网如下:
http://circos.ca/
首先看下安装过程,官网上提供了3种压缩包
- 软件源代码压缩包
- 使用手册的压缩包
- 相关工具的压缩包
在下图中,circos-0.69.6.tgz
就是源代码的安装包,circos-tutotials-9.67.tgz
就是使用手册的安装包, circos-tools-0.22.tgz
就是相关工具的压缩包
http://circos.ca/software/download/
安装时,我们只需要使用源代码的安装包就可以了。由于是使用perl 语言开发的,所以不需要编译。只需要下载解压缩即可,具体过程如下:
wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz
tar xzf circos-0.69-6.tgz
cd circos-0.69
解压缩之后就可以了。安装好之后,可以用自带的例子测试一下
cd circos-0.69/example/../bin/circos -conf etc/circos.conf
运行成功之后,会在当前目录生成circos.png
和circos.svg
两张图片
如果上述图片正常生成了,说明circos
安装成功,可以使用了。
如果没有正常生成,说明缺少一些模块。下面命令可以查看依赖的perl 模块是否都安装成功了,缺少哪个模块,安装哪个模块就可以了。
>circos -modules
ok 1.38 Carp
ok 0.39 Clone
ok 2.63 Config::General
ok 3.3 Cwd
circos的命令非常简单,只需要提供一个配置文件circos.conf
就行了,程序会根据配置文件,自动读取数据和相关配置,然后生成图片。学习circos
的过程,实际上就是理解conf
配置文件中,每项配置的含义和作用。
用于测试的这个配置文件是用于炫技的,充分展示了circcos 的强大,但是并不适用于circos的学习。在官网还很贴心的提供了circos-tutotials-9.67.tgz
包,这个包中提供了大量的配置文件的示例,由浅入深将circos的所有功能进行展示,在学习的过程中,直接看这个包里的内容就可以了。
官网还提供了一个更加详尽的教程,网址如下
http://circos.ca/tutorials/lessons
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