immunedeconv估算免疫细胞比例

immunedeconv：一个R软件包，用于统一访问从大量RNA测序数据估算免疫细胞组分的计算方法。

an R package for unified access to computational methods for estimating immune cell fractions from bulk RNA sequencing data.

1. 安装

conda create -n deconvolution
conda activate deconvolution
conda install -c bioconda -c conda-forge r-immunedeconv## 连接超时
#install.packages("remotes")
#remotes::install_github("icbi-lab/immunedeconv")#devtools::install_github('icbi-lab/immunedeconv', repos='http://cran.rstudio.com')

2. 准备表达谱数据

The input data is a gene ×× sample gene expression matrix. In general values should be

TPM-normalized
not log-transformed.

gene_expr <- read.table("/data/query_expr_ready.txt",sep='\t',header=T)head(gene_expr)colnames(gene_expr)
rownames(gene_expr)rownames(gene_expr) <- gene_expr$IDgene_expr <- gene_expr[,-1]
exprs_matrix <- as.matrix(gene_expr)
head(exprs_matrix)

3. 估算免疫细胞比例

library(tidyr)
library(immunedeconv)res = deconvolute(exprs_matrix, "quantiseq")res = deconvolute(exprs_matrix, "quantiseq") %>%map_result_to_celltypes(c("T cell CD4+"), "quantiseq")knitr::kable(res, digits=2)res1 <- deconvolute(your_mixture_matrix, "mcp_counter")res2 <- deconvolute(your_mixture_matrix, "xcell")res3 <- deconvolute(your_mixture_matrix, "epic")## method:
#quantiseq
#timer
#cibersort
#cibersort_abs
#mcp_counter
#xcell
#epic

参考：

https://github.com/icbi-lab/immunedeconv

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3. 估算免疫细胞比例

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