ITK学习笔记（十二） SimpleITK获取二值图像bbox

sitk_ seg_ img = sitk . ReadImage( m )
bbox =get_ bbox_ from mask(sitk_ seg_ _img)def get_bbox_from_mask(bin_mask):# One is : sitk.LabelShapeStatisticsImageFilter()#          Input: bin_mask#          Output: bbox<x,y,z, length, width, height>#                  here, x y z --> (R, A, S) when direction=(1,1,1)#          Note: for GetArrayFromImage , it is <z, y, x># Front idx = 1, background idx = 0label_filter = sitk.LabelShapeStatisticsImageFilter()label_filter.Execute(bin_mask)bbox = label_filter.GetBoundingBox(1)return bboxdef get_bbox_from_volme_and_mask(sitk_seg_img):# Another is : sitk.LabelStatisticsImageFilter()#          Input: <raw_img ,bin_mask>#          Output: bbox = <x_min, x_max, y_min, y_max, z_min, z_max>#          Note: for GetArrayFromImage , it is <z, y, x># Front idx = 1, background idx = 0label_filter = sitk.LabelStatisticsImageFilter()label_filter.Execute(sitk_seg_img, sitk_seg_img)bbox = label_filter.GetBoundingBox(1)return bbox

 def get_bbox_from_mask(self, bin_mask):# One is : sitk.LabelShapeStatisticsImageFilter()#          Input: bin_mask#          Output: bbox<x,y,z, length, width, height>#                  here, x y z --> (R, A, S) when direction=(1,1,1)#          Note: for GetArrayFromImage , it is <z, y, x># Front idx = 1, background idx = 0label_filter = sitk.LabelShapeStatisticsImageFilter()label_filter.Execute(bin_mask)bbox = label_filter.GetBoundingBox(1)return bboxdef landmarkCanal(self):canalBoneNode = slicer.util.getFirstNodeByClassByName("vtkMRMLLabelMapVolumeNode", self._canal_seg)segbounds = np.zeros([6])canalBoneNode.GetBounds(segbounds)print("segbounds \n", segbounds)itkImagelabel = sitkUtils.PullVolumeFromSlicer(canalBoneNode)itkImagelabel = sitk.Cast(itkImagelabel, sitk.sitkUInt8)bbox = self.get_bbox_from_mask(itkImagelabel)print("bbox: \n", bbox)

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